生物分类学的早期发展
自哥伦布发现新大陆以后，特别是西欧各国纷纷向北美移民之后，随着新的植物和动物的发现、开发和利用，广泛的植物和动物资源考察成为一种时髦的而且经久不衰的科学活动。与此同时，近代植物园和动物园相继建立。
在植物园中，其中建立较早的，有创建于1545年前后的意大利的帕多瓦植物园、比萨植物园，以及在同一时期创建的荷兰的莱顿植物园等。此后不久，西欧各国的皇家植物园也相继建立起来。由于生物考察与生物养殖的兴起，采集生物标本和进行生物分类，便成为近代早期生物学研究的基本内容。
由于在近代早期以及近代以前的生物学主要是以生物分类学为基本内容的，因此生物分类学本身是一门极为古老的科学。古希腊时期亚里士多德在对生物进行观察和解剖的基础上，曾对分类原则和分类系统进行过初步研究。在分类原则上，他反对把生物划分为相反的两类这种对分原则(如分为陆上生物与水生生物；有翅动物与无翅动物等），而主张选取尽可能多的不同特征进行分类。在分类系统上，他把生物从低等向高等的发展序列依次划分为11个等级，并初步提出了类和纲这样的分类学概念。
继亚里士多德后，他的学生德奥弗拉斯特(公元前372-前287年）进一步推进了生物分类学的研究。德奥弗拉斯特在初创双名制命名法的基础上，给许多植物命了名，并进行了初步分类。由于他首创双名制命名法和奠定生物分类的初步基础，因此被西方生物学家誉为古代植物学之父，他的《植物的历史》与《植物的探究》亦被视为古代植物学的经典著作。就一定的意义而言，西方近代生物分类学的发端，正是以德奥弗拉斯特为代表的古希腊主物分类学为直接的理论渊源的。
文艺复兴运动兴起后，随着古希腊生物学的复兴，特别是由于生物考察与生物养殖的兴起，近代生物分类学在意大利、英国、荷兰、瑞典等沿海国家逐渐发展起来。近代生物分类学从16世纪中期兴起后，在此后持续一个半世纪的发展之中，不但积累了丰富的物种资料，而且还由于不同的宗教背景的影响，初步形成了两种不同的分类法：人为分类法与自然分类法。
人为分类法的基本方法是，选取植物和动物的某一个器官的形态特征为分类的主要标准，然后把生物物种人为地划分为不连续的、有等级序列的若干级类别。这种分类法形成和发展于天主教流行的国家。近代生物分类学的先驱、意大利生物学家契沙尔比诺(1524-1603年）和另一个生物学家马尔比基(1628-1694年）则是人为分类法的代表人物。
契沙尔比诺是近代生物分类学中的人为分类法的开创者，他深受亚里士多德的生殖灵魂论及其最初的人为分类法的影响，认为生物的生殖器官是机体的灵魂，而这种生殖灵魂，对植物来说，则表现为果和根：靠果繁殖，靠根生长。因此，在植物分类中，他以果和根的形态特征作为分类的主要标准，在其于1583年出版的16册本的《论植物》中，以南欧地区的植物和少数动物为分类对象，初步建立起了近代的第一个生物分类的人为系统。
此后过了70余年，意大利的另外一些生物学家试图把契沙尔比诺的人为分类法广泛地运用到包括动物在内的所有生物物种的分类上，从而建立起完整的生物分类系统。最先把人为分类法引入动物分类学的生物学家，是显微解剖学的奠基人之一的马尔比基。他在1661年发现毛细血管之后，对契沙尔比诺的人为分类法进行了研究，试图建立一个把一切生物都纳入等级序列系统的分类体系。他认为，对动物来说，呼吸器官的完善程度是生物呈等级序列的主要标准，于是，他以生物的呼吸器官的形态特征为主要依据，将所有生物按植物、昆虫、鱼类、高等动物、人这种等级序列进行了统一的分类。
自然分类法的基本方法是，选取植物和动物的多种器官乃至全部器官的形态特征作为分类的标准，然后把生物物种自然地划分为连续的、彼此有亲缘关系的若干类别。这种分类法形成和发展于新教比较流行的国家，如荷兰生物学家洛比留斯(1538-1616年）、瑞士生物学家鲍兴(1560-1634年）、英国地质和生物学家约翰.雷伊则是这种分类法的代表人物。
自然分类法强调分类中的多标准，强调物种之间的亲缘关系。运用这种方法，瑞士植物学家鲍兴曾在1623年完成了对他当时所知的近6000种植物的分类。鲍兴在建立他的植物的自然分类体系时，还广泛地采用了在16世纪中期已有人采用的双名制命名法，从而扩大了双名制命名法的影响。
继鲍兴之后，约翰.雷伊进一步推动了自然分类法的发展，他在研究17世纪中期以前的植物分类法时认为，在选用分类标准时，不仅要注意植物的果和根，也要注意植物的花、叶和其他器官的形态特征。1660年，雷伊运用自然分类法建立了一个植物的自然分类体系。此后，雷伊逐渐转向动物学的研究和地质学的研究，并对当时尚处于萌芽时期的比较解剖学进行了最初的研究，在此基础上，雷伊进一步推广了自然分类法的运用范围，在1693年又建立起了一个动物的自然分类体系。这样，雷伊也在生物分类学中建立起了一个统一的自然体系。
自然分类法强调在生物分类中采用多种标准，强调生物物种之间的亲缘关系，比较符合生物物种类别及其关系的本来面目。但由于这种分类标准太多，不易掌握；而且由于此分类法与天主教教义相悖，因此此分类法影响甚小。
17世纪末，植物学中的一大新发现也对人为分类法的发展起了直接的推动作用。1692年，英国植物学家格鲁(1641-1712年）发现了植物的有性繁殖，1694年，德国图宾根大学的植物学教授卡梅拉留斯(1665-1721年）以及其他的一些生物学家进一步证实了格鲁的发现。由于格鲁和卡梅拉留斯等人的发现使人们认识到植物的雄蕊实际上是它的雄性器官，而它的雌蕊实际上是它的雌性器官，这就更增强人们对植物具有生殖灵魂这一观念的信奉。植物有性生殖的发现，加强了生物分类学中的人为分类法的优势。
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