1990年代末，中国引进2艘956E/EM“现代级”驱逐舰，配套采购Shtil-1（SA-N-7）舰载防空系统（9M38/9M317导弹、3S90单臂发射架、MR-750“顶板”雷达、6部MR-90“前罩”火控雷达）；同期052B驱逐舰（168/169）也直接装该俄制系统，这是中方获得Buk-M1舰载技术的唯一官方渠道；
当时，俄官方（俄联邦军事技术合作局、Rosoboronexport）仅向中方出口Shtil-1成品系统、配套导弹及有限维护/生产技术支持，未转让Buk-M1陆基完整生产图纸、核心火控与雷达源码；合作限定在舰载防空技术范畴，不涉及陆基Buk-M1/SA-11的完整技术转移；
而中方立项在1999年7月：红旗-16正式立项（早于现代级完整交付），明确以Shtil-1（Buk-M1舰载版） 为技术基础，走中俄联合研发+中方自主改进、陆海通用路线；
俄方向中国科研部门转让9M38/9M317导弹的边条翼布局、单室双推力固体火箭发动机、半主动雷达制导（半主动末制导+指令修正） 核心设计原理、部分结构参数与测试数据；中方获得导弹弹体、推进、制导的基础技术方案，非完整生产图纸；此外，俄方还向中国提供Shtil-1的火控逻辑、多目标照射机制、与“顶板”三坐标雷达的协同接口；协助中方适配国产舰载雷达与垂发系统，未转让MR-90火控雷达的完整源码与生产技术；
俄罗斯“阿尔玛兹-安泰”提供舰载防空系统的总体架构、导弹-雷达-指挥的交联规范、抗干扰与低空掠海拦截的算法参考，它还负责协助中方完成早期试验与定型验证；
中国研究透彻SA-N-7系统以后，针对自身储备和未来军改、战争的需求，放弃了了它的倾斜式发射模式，采用垂发发射装置：我国舍弃俄Shtil-1的单臂倾斜发射，自研H/AKJ-16垂直发射系统（冷发射），适配054A护卫舰，反应速度、火力密度大幅提升（单舰32单元，多目标能力增强）；经过更新发射药、弹体材料、制导系统、动力装置等，俄制原版9M317最大射程约25–30km，而红旗-16A（海/陆）射程提升至40km、最低射界15m、多目标能力（1个火力单元跟踪8/打击4）、抗干扰与低空反导能力全面超越Shtil-1；
为了确保通用化需求，我国基于舰载SA-17部分技术，自主开发陆基红旗-16A，配国产新型相控阵搜索/火控雷达（无源）、高机动轮式底盘，实现野战防空，完全脱离俄Buk-M1陆基的履带式、裸弹倾斜发射架构—最核心的还是中国半导体工业、稀土材料的飞速跨代，让红旗16迅速跻身先进中程模块防空导弹行列；
它的后续升级（红旗-16B/C、LY-80出口型）均为中方完全自主改进，射程增至70km+，俄方未再提供技术支持，符合中俄军贸与技术合作边界；
红旗-16出口巴基斯坦、中国海/空军服役以后，针对用户反馈的意见、使用经验，中国又对红旗+16实施改进：全面提升有效杀伤距离、制导头改进、燃料改进、弹体重新改进等……
按照用户意见和使用反馈，取消红旗-16早期弹体的主弹翼，仅保留尾翼（光杆弹），大幅减阻、提速、增程；弹体加长、采用单室双推力新型固体火箭发动机：最大斜距160km（红旗-16B仅70km）；最低拦截高度7m、最高25km，覆盖超低空到中高空；制导体制为“捷联初制导+指令中制导+间断照射半主动/主动双模雷达末制导”（前代仅半主动+指令），末端自主寻的、抗干扰极强、多目标能力跃升；
弹体机动控制采取“气动力+直接侧推复合控制”，末端最大过载35G，可横移机动，大幅提升对高机动战机、弹道导弹拦截概率；最大飞行速度4马赫+，可拦截超音速巡航导弹、战术弹道导弹（射程≤1000km），实现防空反导一体化；
配套系统也进行了全新升级：雷达升级为固态有源相控阵雷达（前代无源），集搜索/跟踪/照射/敌我识别一体；对常规战机探测≥250km，可同时跟踪12批、拦截8批目标（前代跟踪48、拦截6）—俄罗斯试图按照这个思路改进SA-17，但是遇到了技术和材料、外部环境（制裁）的瓶颈，项目推进不尽如人意，所以，俄军的中程防空系统面对乌克兰的无人机群始终处于下风；
经过改进和测试，中国人民解放军自用（红旗-16F）在2018—2021年完成方案设计、地面/靶场实弹测试（拦截战机、巡航导弹、战术弹道导弹靶标），通过军方定型验收；2022年，珠海航展以外贸FE型首次亮相，自用F型同步完成定型、进入小批量试装；2023—2024年，中国陆军防空部队、海军（054B护卫舰）逐步列装，形成初始作战能力；央视军事、《解放军报》、俄罗斯军工综合体新闻网确认其已进入解放军现役装备序列，用于替换早期红旗-16A/B，强化中远程区域防空与反导能力 ；
巴陆军2017年采购3个营LY-80（红旗-16BE），2018交付、2021实战部署、2022全面列装，使用验证良好。接着，巴方基于LY-80使用经验，2023年签署红旗-16FE采购合同；2024年完成首批交付、巴陆军防空部队接收，巴基斯坦《国防杂志》、Times of Islamabad、简氏防务确认其为巴军首个第四代防空反导系统；
巴军在2024—2025年完成实弹测试、人员培训、战备值班，部署于印巴边境、关键城市/港口，用于拦截印度“布拉莫斯”、“大地”等导弹与战机，巴军方官方确认其已正式入役、形成战斗力；
总体而言，红旗-16经过快速更新和改进，已经完全超越俄制SA-17系防空导弹，简氏防务（Jane's）、Army Recognition在2022珠海航展确认FE型参数，于2024—2025持续跟踪中、巴列装进展，认定其为当前国际主流第四代中远程防空反导系统之一。
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