在中国古代历史上，能够长期、稳定地管辖新疆的只有三个王朝，那就是汉朝、唐朝和清朝。其他的王朝，要么就是时间太短，要么就是只能管辖到一隅之地，要么就是压根没有到过新疆。不过，清朝管辖新疆和汉唐管辖新疆在模式上又有很大的区别，我们来具体说说。
汉朝和唐朝管辖新疆，其基本制度都是一脉相承的，也就是制度也一样的，可以总结为军管制，或者据点模式。两个朝代都是在西域设立一些军事据点，通过武力来控制西域各国。汉朝在新疆设置的最高军事机构叫做西域都护府，下辖多个据点。唐朝在西域设置的最高军事机构是安西都护府和北庭都护府，下辖安西四镇，这里的镇在北朝到唐朝时期就是军事重镇的意思。
既然要设置军事机构，那么就需要驻扎一定的军队。由于西域到内地有很长的距离，运输成本高，补给困难，所以必须要采取屯田的模式。因此，汉朝和唐朝都会选择在河流附近进行屯田，实现长期驻扎。汉唐在西域设置的一些民政机构，基本只是管辖屯田事务的机构，不管理其他少数民族。
当时，西域还存在许多国家。例如，汉朝的西域有三十多个国家。汉朝对楼兰等投靠匈奴的国家发动过战争，之后就以武力威慑各国，西域各国被迫臣服于汉朝，沦为汉朝的附属国，或者是藩属国，向汉朝纳人质，上贡，接受汉朝的军事领导。不过，汉朝很少干涉这些小国的内部政务，除非该国发生了反叛汉朝的事件。
唐朝对西域各国的管辖也类似于汉朝。唐朝往往会册封一些小国为都督府，使之服从于安西都护府和北庭都护府的军事领导，但是不干涉各国的内部政务。总体而言，汉唐在西域的管辖模式就是羁縻制度，也就是当地的各国拥有高度的自治权。
清朝对西域的管辖，其中有部分是和汉唐相似的。首先，清朝也在西域设置了军事机构，最高的军事机构是伊犁将军府，类似于都护府。而将军府之下，又有多个驻兵的地点和屯田的地点。从驻军的角度来说，汉唐和清朝是一样的。
两者在管理上的不同不要体验在民政方面。汉唐的管理基本不涉及民政，主要集中在军事统辖上，西域各国只要臣服于汉唐就可以。而清朝则实行比较完善的民政管理。在早期，清朝就在北疆地区设置了州县，主要有镇西府（巴里坤）：迪化直隶州（乌鲁木齐）、哈密直隶厅、吐鲁番直隶厅、库尔喀喇乌苏直隶厅（乌苏）、精河直隶厅。有意思的是，这些地方在政务不归将军府管辖，因为将军府没有行政职能，只有军事职能。因此，这些地方隶属于甘肃省管辖，是陕甘总督的管辖范围。
也就是说清朝在北疆推行的就是内地化的体制，这和汉唐的羁縻体制有明显的区别。而在南疆地区，清朝早期推行的是伯克制度。有人说伯克制度就是土司制度，这就错了。伯克是就是南疆各城市对首领的称呼，清朝沿用了这种体制。不过，清朝对伯克进行了改造，首先就是废除了世袭制，所有的伯克必须是朝廷任命，那就是变成了流官，只是总体上这些流官都是当地部族。既然是流官，那就有任期，有回避，这和中原的体制是差不多的。不仅如此，清朝还实行政教分离，伯克不能管辖宗教事务，这就实现了分权。伯克也有官品，统一接受朝廷发放的俸禄。
总体而言，伯克就是和现在的民族自治区类似，就是以少数民族管理少数民族，其伯克是任命的当地官员，但是必须是朝廷任命的，接受朝廷的统一管辖。而所谓的土司制度，是一种世袭的管理模式，土司和小王国没什么区别，只是接受中原王朝的军事统辖。
清朝在新疆设省后，其管辖制度就又不同了。主要的变化是废除了将军府，全面推行州县制度，也就是基本和内地是一样的体制。
因此，清朝对新疆的控制远比汉唐强。在汉朝后期，由于财政困难，大量的军队被撤销，所以对西域的控制就大为削弱，西域都护府改为西域长史府，标志着汉朝对西域的管辖从“强力镇抚”，转向“低成本、嵌入式的间接治理”，也就是从强到弱。唐朝后期，直接从西域退出。而清朝反而能够在后期设新疆省，进一步加强对新疆的直接管辖。一直到1912年，新疆的总督、巡抚都还接受清朝的领导，随后进入民国。
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