1962年1月18日（昭和37年）

日本陆上自卫队改组为师级单位制后，第十三师团成立，兵力7000人，辖区包括山口县、广岛县、冈山县、岛根县和鸟取县、香川县、爱媛县、德岛县和高知县以及兵库县的淡路岛。

第13特科联队在姬路要塞组建。第13坦克大队在今津驻屯地组建。第8普通科联队从海准屯地调往米子驻屯地。

编制：师部、附属部队、第8、15和17普通科联队、特科联队、坦克大队、设施大队、通信大队、侦察队、对坦克队、武器队、补给队、运输队、医疗队

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1965年（昭和40年）

3月31日：日本原驻屯地成立。第13特科联队第2大队从姬路驻军调往日本原驻屯地。

6月30日：第13坦克营从今津驻屯地调往日本原驻屯地。

1970年3月10日（昭和45年）

改为甲级师：人员编制9000人。下辖四个普通科联队。

第46步兵团在善通寺驻屯地新组建，后迁至开大市驻屯地。第 13 特科联队新组建第 4 大队、第 5大队第 12 中队和第 6大队第 5 射击队。

1971年3月25日（昭和46年）

第13特科联队主力（除第1大队和第2大队外）迁至日本原驻屯地。

1975年8月1日（昭和50年）：在海田市驻屯地新成立了第13乐队。

1981 年3 月 25 日（昭和 56 年）

重组为乙级师：人员编制 7,100 人。第15普通科联队并入第2联合旅。第13坦克大队第4坦克中队被重组为第2联合旅坦克部队。以第 13 特科联队第 4 大队和第 5 大队第 12 中队为基础，第 6 大队新组建一个防空中队合并成立第 2 联合旅特科大队。

1991年3月29日（平成）：

现代化和重组。

第8、17和46普通科联队被重组为摩托化步兵普通科联队。第13军械队、第13补给队、第13运输队和第13医疗队合并组成第13后方支援联队。第13特科联队第6大队改编为第13高射特科大队，直属师团指挥。第13师团司令部新组建了一个化学防护小队。第13侦察队新组建了一个电子侦察小队。

1999 年3 月 28 日（平成 11 年）

第十三师团裁撤

1999 年3 月 29 日（平成 11 年）

第 13旅团成立。该旅的成员人数将从 7,100 人减少到 4,100 人。

组建第47普通科联队，第13坦克大队（30辆74式坦克）重组为第13坦克中队（16辆74式坦克）。第13特科联队（约1200人）重组为第13特科队（约400-500人）。第13高射特科大队重组为第13高射特科中队。

2008 年3 月 26 日（平成 20 年）

改组为快速反应现代化旅。

第47普通科联队调入中部方面队联合旅。第13坦克中队第4坦克小队解散。第13对坦克中队撤销。

2013 年3 月 26 日

隶属于第 13 旅司令部的化学防护小队脱离第 13 旅司令部，并重组为第 13 化学防护队。

2014年3月26日（平成26年）

旅级部队重组。

第13设施中队被重组为第13设施队。第13通信中队重组为第13通信队。

第 13 化学防护队重组为第 13 特殊武器防护队

2024年3月21日（令和

第13侦察队和第13坦克中队被撤销并合并，在出云驻地新成立了第13侦察战斗大队。第13特科队被撤销，并重组为中队方面队特科联队第3大队。

2026年3月23日（令和

第13高射特科中队改组为第13概设特科队。