苦瓜(Momordica charantia) 是广泛栽培的蔬菜兼药食同源作物，具有重要的营养与经济价值。其中，光滑型苦瓜因果面平整、外观美观、口感较佳、商品性突出，深受消费者与市场青睐，在鲜食消费和设施栽培中具有较高的应用价值。然而，相较于其它葫芦科作物，苦瓜的基因组研究仍相对有限。无论是光滑型还是其它类型的苦瓜，其驯化历史及果实大小、开花时间等重要农艺性状的遗传基础尚缺乏系统解析。因此，组装代表性光滑型苦瓜种质高质量基因组，并基于广泛种质资源开展群体基因组研究，对于解析苦瓜驯化机制与性状形成具有重要意义。
近日，中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所杨衍研究员、华南农业大学园艺学院廖毅教授团队Journal of Genetics and Genomics在线发表题为“Population genomic analysis reveals genomic variations associated with domestication and key agronomic traits in bitter gourd(Momordica charantia)” 的研究论文。该研究构建了光滑型苦瓜染色体水平高质量基因组，并基于代表性种质资源解析了苦瓜驯化与重要农艺性状的遗传基础。
研究团队以优良光滑型苦瓜品种Y1745为材料，组装获得了总长度为327.14 Mb、scaffold N50为23.47 Mb、LAI值为17.85的高质量染色体水平参考基因组。群体基因组分析将来自中国、东南亚和南亚次大陆的192份种质清晰划分为三大遗传类群，揭示了苦瓜复杂的驯化与区域适应历史。通过全基因组关联分析，针对35个农艺性状共鉴定到893个显著关联位点。其中，位于11号染色体上的McWRKY和McFPF1-like 1基因与苦瓜初花期密切相关，10号染色体上的McEXLB1与果实宽度和厚度相关，可能参与果实大小形成。该研究为苦瓜驯化研究和分子育种提供了重要基因组资源，也为选育早熟、高产和优质新品种提供了潜在分子靶标。
苦瓜染色体水平基因组组装及群体遗传结构
作者简介
中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所牛玉副研究员、广东省农业科学院设施农业研究所王瑞副研究员、华南农业大学园艺学院硕士研究生王梁等为该论文并列第一作者。华南农业大学园艺学院胡鸣博士后、廖毅教授和热带作物品种资源研究所杨衍研究员等为论文共同通讯作者。相关工作得到海南省科技专项和国家自然科学基金等项目资助。
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