01
简介
长期以来，人类蛋白质组研究主要聚焦于经典蛋白编码基因。然而近几年越来越多研究发现，在人类、动物、植物乃至真菌中，大量此前被认为“不编码蛋白”的区域，实际上正在发生真实翻译，并产生大量隐藏的小型翻译产物，包括微蛋白、微肽、小肽以及暗蛋白。
这些翻译产物大多来源于smORF（small ORF）、uORF、lncRNA、circRNA以及各种非经典翻译区域（ncORFs）。虽然很多长度不足100aa，但却广泛参与肿瘤发生、免疫调控、代谢重编程、发育分化以及植物逆境响应等重要生物学过程。
近期Nature重磅论文指出：大量ncORF来源翻译产物正在扩展人类蛋白质组框架，并可能成为未来生物医学研究的重要组成部分。越来越多研究开始关注：
• smORF翻译机制
• 暗蛋白（Dark Proteome）
• 非经典翻译事件
• 肿瘤特异性隐藏翻译
• 非经典来源新生抗原
而翻译组学Ribo-seq的出现，正在成为打开这一“隐藏蛋白世界”的关键技术。
翻译组学（Ribo-seq）为这一领域提供了新的技术基础：它可以从源头捕捉所有真实翻译的编码序列，为全面的微蛋白/小肽/肿瘤新生抗原提供前所未有的准确性和便捷性。
02
原理
传统蛋白质组学与免疫肽组学高度依赖数据库搜库，能够鉴定到的肽段大多来自已注释蛋白。然而真实细胞中，尤其是在肿瘤、发育以及应激状态下，大量翻译事件实际上来源于uORF、lncRNA编码片段、antisense ORF、非AUG起始ORF以及无注释smORF（≤100aa）等非经典翻译区域。
这些区域通常不会出现在标准蛋白数据库中，因此传统质谱方法很难主动发现它们，导致大量真实存在的微蛋白、微肽、小肽以及隐藏新抗原长期处于研究盲区。
Ribo-seq（核糖体印迹测序）能够直接捕获全基因组范围内正在翻译的ORF，并产生真实核糖体足迹，从源头解析哪些RNA真正发生翻译、哪些smORF真实存在，以及哪些非经典区域能够产生肽段。
在此基础上，结合全转录组RNA-seq以及不同类型质谱技术，可进一步实现：
• 微蛋白/微肽/小肽发现
• 非经典翻译事件解析
• 暗蛋白研究
• 肿瘤新生抗原挖掘
这种“翻译组学+质谱”的整合策略，大幅提升隐藏翻译产物的发现深度与广度，为基础研究与临床肿瘤研究带来新的研究方向。
03
微肽鉴定为什么需要超高分辨率Ribo-seq？
由于smORF通常非常短，且大量位于UTR、lncRNA及非经典翻译区域中，普通Ribo-seq往往难以精准解析其真实边界与起始位点，容易漏检或产生假阳性：
1. 无法精准定位ORF起始位点 → 小肽难以被识别
2. 无法分辨重叠ORF → 大量smORF被混淆
3. 翻译产物边界不准 → 影响质谱匹配
4. 低质量核糖体足迹会被算法当作噪音
而新使生物的超高分辨率翻译组Ribo-seq技术则具有：
精准的三核苷酸周期性：使真正被翻译的位点清晰可见
ORF解析精度可达单碱基水平：能将隐藏在UTR、lncRNA、重复序列中的ORF逐一解析出来
极强的足迹均一性：减少假阳性，提高后续质谱匹配可信度
能系统识别smORF/微肽：极高的5'端精度和三核苷酸周期性
更强的复杂区域解析能力：能够精准解析UTR、lncRNA、重复序列与非经典翻译事件
因此，比起传统的Ribo-seq，我们能找到更多、更新、更真实的微蛋白资源。具体可见：
04
新使生物提供2项微蛋白/微肽挖掘与鉴定服务
项目一：微蛋白/微肽/小肽挖掘与鉴定
技术组合
• 超高分辨率翻译组Ribo-seq
• 全转录组RNA-seq
• 蛋白质组学质谱（Proteomics MS）
适用方向
• 动物翻译调控研究
• 植物翻译组学研究
• 真菌翻译调控研究
• 微生物小肽研究
• lncRNA编码能力研究
• uORF翻译调控研究
• 非AUG翻译研究
• 新型功能小肽发现
项目二：肿瘤新生抗原挖掘与鉴定
技术组合
• 超高分辨率翻译组Ribo-seq
• 全转录组RNA-seq
• HLA免疫肽组学（Immunopeptidomics）
适用方向
• 肿瘤免疫治疗
• TCR-T开发
• CAR-T靶点探索
• 个体化肿瘤疫苗
• 肿瘤免疫逃逸机制研究
• 非经典ORF抗原研究
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技术优势
新使生物专业翻译组学平台的微蛋白/微肽/肿瘤新生抗原挖掘与鉴定技术服务，将超高分辨率Ribo-seq、全转录组测序、质谱/免疫肽质谱深度整合，在业内形成了独特优势：
1. 超高分辨率Ribo-seq：更精准、更全面的ORF鉴定能力
可精准解析隐藏于UTR、lncRNA、非注释区中的大量smORF，显著扩展新抗原候选范围
2. 构建真实的样本特异小肽数据库
不依赖任何公共注释库，而是基于样本自身的翻译事件构建肽段数据库，使得大量非注释ORF/smORF得以被纳入搜库，提高新抗原发现灵敏度
3. 质谱与翻译组的双证据支持
HLA富集免疫肽组学提供实际呈递的证据，而Ribo-seq提供真实翻译的证据，两者的结合使得新生抗原更可信、更容易用于后续免疫应用（疫苗/TCR）
4. 超强的smORF挖掘能力，显著多于传统方法
小于100aa的微肽往往免疫原性强却极易漏检，我们的高质量核糖体足迹和算法能系统识别这些微型肽源ORF，而传统方法难以覆盖
5. 支持动植物、真菌及临床肿瘤样本
物种覆盖动物、植物和真菌，样本类型兼顾细胞、组织，具备复杂样本与低起始量样本处理经验
06
服务流程
1. 样本采集
2. 构建超高分辨率翻译组（High Resolution Ribo-seq）与全转录组（RNA-seq）
3. ORF识别与隐藏翻译事件解析
4. 构建非经典ORF/小肽数据库
5.根据研究方向选择：
• 蛋白质组学质谱（Proteomics MS）或
• HLA免疫肽组学（Immunopeptidomics）
6. 质谱搜库验证
7. 多组学整合分析
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交付内容（标准化分析）
RPF数据质控（Ribo-seq）
- ORF展示（全基因范围）
- ORF特征分析
- 质谱数据质控
- 质谱数据支持的小肽数量分析+ORF数量统计
- 微肽/新生抗原长度分布分析
- 微肽/新生抗原来源分布统计
08
个性化分析
新抗原与MHC结合亲和力计算
- 新抗原编码序列核糖体信号分布检测
- 新抗原编码序列核糖体密度定量分析
- 新抗原编码序列翻译效率评估
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新使生物官方网站：www.neoribo.com
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产品名称
微蛋白/微肽/肿瘤新生抗原挖掘与鉴定
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新使生物NeoRibo推出国内首个。
开创性的建库技术使得Ribo-seq核糖体印迹分析（QEZ-seq®）具有超高的分辨率，且适用于哺乳动物、植物、真菌等多类物种。
我们能够针对微量细胞或组织，如卵母细胞、卵巢、临床穿刺样品等产出高质量翻译组数据结果。
超高的准确性为研究非经典的开放阅读框（ORFs）提供极大便利，提高微肽(肿瘤新生抗原）的挖掘效率。
另外新使生物提供多物种,了解更多翻译组技术信息可登录 www.neoribo.com。
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