笔者近期在和一些单位沟通税务问题时发现，下游企业常因上游虚开增值税专用发票取得异常发票，核心面临三大争议问题：一是善意取得下增值税进项税额的补缴与滞纳金问题；二是对应成本的企业所得税税前扣除合规性及补税问题；三是补税后向上游追偿的法律路径。
从实务来看，上游虚开发票、下游企业因不知情而构成“善意取得”情形下，税务处理需要区分增值税和企业所得税两个维度来看。
一、善意取得虚开发票的下游企业，在补缴增值税时无需承担滞纳金，这是区别于“恶意”或“过失”取得的关键利益点。
《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》（国税发〔2000〕187号）规定：“购货方与销售方存在真实的交易，销售方使用的是其所在省（自治区、直辖市和计划单列市）的专用发票，专用发票注明的销售方名称、印章、货物数量、金额及税额等全部内容与实际相符，且没有证据表明购货方知道销售方提供的专用发票是以非法手段获得的，对购货方不以偷税或者骗取出口退税论处。但应按有关规定不予抵扣进项税款或者不予出口退税；购货方已经抵扣的进项税款或者取得的出口退税，应依法追缴。”据此规定，善意取得虚开发票的增值税处理规则是明确的，即不以偷税论处，但已抵扣税款必须追缴。
《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开增值税专用发票已抵扣税款加收滞纳金问题的批复》（国税函〔2007〕1240号，以下简称1240号批复）进一步明确：“纳税人善意取得虚开的增值税专用发票，如能重新取得合法、有效的专用发票，准许其抵扣进项税款；如不能重新取得合法、有效的专用发票，不准其抵扣进项税款或追缴其已抵扣的进项税款。”且此种情形“不属于税收征收管理法第三十二条‘纳税人未按照规定期限缴纳税款’的情形，不适用该条……按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金的规定。”
在抚顺市税务局税务行政处理及行政复议一案【案号：(2025)辽04行终95号】中，法院认为，购货方与销售方存在真实交易，发票内容与实际相符，且无证据证明购货方明知发票系虚开，即构成善意取得。该案进一步确认，依据国税函〔2007〕1240号批复，此种情形下追缴税款不属于“未按期缴纳税款”，不适用加收滞纳金的规定。
因此，笔者也提示企业经营者，如确实符合善意取得要件，税务机关要求补缴增值税本金是合法的，但加收滞纳金则缺乏法律依据，可在行政复议或诉讼中主张撤销。
二、企业所得税存在不补缴的争取空间，城市维护建设税等附加税费随增值税补缴而补缴。
企业所得税的处理与增值税逻辑不同。增值税抵扣凭证不合规即丧失抵扣权，而企业所得税更关注成本费用的真实性。
在企业所得税层面，《国家税务总局关于发布〈企业所得税税前扣除凭证管理办法〉的公告》规定：“企业取得私自印制、伪造、变造、作废、开票方非法取得、虚开、填写不规范等不符合规定的发票……不得作为税前扣除凭证。”但同时，该办法第十三条：“企业应当取得而未取得发票……或者取得不合规发票……若支出真实且已实际发生，应当在当年度汇算清缴期结束前，要求对方补开、换开发票……补开、换开后的发票……符合规定的，可以作为税前扣除凭证。”若未能补开换开，第十六条规定，未能提供相关资料证实支出真实性的，“相应支出不得在发生年度税前扣除。”由此可见，企业所得税的处理核心在于“支出真实性”，而非发票的合规性本身。若能证明业务真实，即便发票不合规，仍有通过补开换开或提供替代证据实现税前扣除的空间。如果既无法换开合规发票，也无法提供上述资料证明交易真实性的，相应支出不得在税前扣除，企业需对该部分金额进行纳税调增，并补缴企业所得税。
湖北某某化工股份有限公司起诉买卖合同纠纷一案【案号：（2025）鄂0581民初1922号】中，法院即通过详细核算，认定因开票方提供不合规发票，导致受票方可结转弥补的亏损额减少，进而产生企业所得税损失，并判决开票方予以赔偿。这从侧面印证了，若支出真实，因发票不合规而补缴的企业所得税，属于可量化的实际损失。城市维护建设税、教育费附加等附加税费，因以实际缴纳的增值税为计税依据，随增值税的补缴而必然产生，通常无独立抗辩空间。
三、下游企业的权利救济如何实现？
当面临上游虚开带来的税务风险时，下游企业可以通过以下路径维护自身合法权益：
1.积极举证，争取“善意取得”认定，这是最基础的救济手段。
企业需第一时间整理并保存好能够证明“交易真实”且“自身无过错”的证据链（即“四流一致”：合同流、货物流/服务流、发票流、资金流），如采购合同、银行转账记录、物流运单、入库单、与上游的沟通记录等，向主管税务机关如实报告并积极配合调查，主张自身属于善意取得，以避免被定性为偷税而面临高额罚款甚至刑事责任。
2.申请税务核实与陈述申辩。
在收到税务机关的《税务事项通知书》后，企业应在规定期限内（通常为10-20个工作日）向主管税务机关提出核实申请，提交交易真实性的证据材料，请求税务机关不作进项税额转出处理或恢复抵扣资格。若税务机关拟作出罚款等处罚决定，企业有权要求举行听证，进行陈述和申辩。
3.提起行政复议与行政诉讼。
如果下游企业对税务机关的处理决定不服，可以通过法律途径救济：针对下游税务机关：对主管税务机关作出的补税、处罚等《税务处理决定书》不服的，可以在收到文书后60日内向上一级税务机关申请行政复议；对复议结果不服的，可向法院提起行政诉讼。
针对上游税务机关（关键救济途径），根据最新的司法判例和法律规定，即使下游企业不是上游税务机关《税务处理决定书》的直接行政相对人，但由于该决定直接导致下游发票不合规、权益受损，下游企业与该决定存在法律上的利害关系。下游企业有权直接对上游税务机关作出的“虚开认定”处理决定申请行政复议或提起行政诉讼。从源头上推翻“虚开认定”，是维护自身抵扣权最根本的救济方式。
4.民事赔偿诉讼。
民事赔偿诉讼是挽回损失的核心路径。受票方可基于买卖合同关系，向直接交易的销售方主张违约责任。因销售方原因导致购货方被税务机关追缴税款，属于销售方未全面履行合同义务，购货方要求赔偿损失的请求属于人民法院民事诉讼的受理范围，可主张的损失范围通常包括：补缴的增值税、企业所得税、附加税费，以及因此产生的资金占用利息。
总结
上游虚开、下游善意取得的情形在实务中具有高频性与复杂性。增值税层面，下游企业需补缴税款本金但无需缴纳滞纳金；企业所得税层面，支出真实即可争取税前扣除，并非必然补税；附加税费则随增值税一并补缴。对企业而言，关键在于事前做好交易合规管理、留存完整证据链，事中积极配合税务调查、争取善意取得认定，事后通过行政救济与民事追偿降低损失。
唯有把握税法规则、强化证据意识、用好救济路径，才能在异常发票风险中最大限度维护自身合法权益，降低涉税成本与经营风险。
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