上篇文章写到西班牙总督根据传教士使团在明朝福建一带的交往中作出准备6000西班牙士兵和1.2万名吕宋土著与征召5000名日本浪人征服明朝全国的计划破产后，又积极派出大量间谍奸细刺探明朝沿海海防建设，驻军，武器使用，并完成了《闽粤沿海要塞图》《闽粤沿海测绘图》等系列情报，此类文件现藏于西班牙塞维利亚 (Seville)西印度群岛总档案馆 (AGI)，马德里西班牙国家图书馆，埃斯科里亚尔修道院图书馆。
那么明朝方面又如何进行部署呢，由于当时主要任务还是防御北边的蒙古和东北逐渐出现的女真部落，相对于南方沿海陌生的外来国家不是很感兴趣，但对其使用的武器战舰被锦衣卫千户林必秀详细记录并奏报，经内阁六部讨论后，还是觉得有必要加强沿海军事建设与武器更新和巩固海防要塞。
这时期福建漳州月港进口商品种类从1575年的55种增至1615年的115种，《东西洋考》所录更达140种之多。除少量手工业品外，绝大多数为海外土特产与奢侈品：香料类有胡椒、檀香、沉香等；珍品类有象牙、犀角、玳瑁等；食品类有燕窝、海参等。胡椒年输入量约2000吨，占印尼胡椒总产量的六分之五，如此丰厚的贸易利润，民间要求全面开海声音越来越高，但本地豪族极其反对，朝廷只好拖延，同时为了更好控制地方，内阁中央根据其贸易与海外红毛番骚扰必须要求建立一条新的海防防线并增加军寨。
明朝为有效管理月港贸易，特设海澄县，并创设“督饷馆”（后改称“海防馆”），建立了一套全新的管理机制“饷税制”，一改传统的朝贡贸易体系，转而向出海商船征收关税，包括“水饷”（按船只大小征收）、“陆饷”（按货物价值征收）和“加增饷”（对前往吕宋等地的商船的特列征税）。
广东方面：新增饶门，虎门，北海，合浦，龙门水寨等炮台，重新增设分守参将，用来提高行政级别和驻军规模，实行东路防倭防盗，西路防黎防番，加强琼州海峡的控制，构筑了大陆——近海岛屿——南海的三层防御体系。
福建方面：明朝在设置的澎湖巡检司大规模新建军营，增加定期巡哨，多次从金门出发，前至澎湖和台湾海峡巡逻，很快又修建了烽火台和铳城（炮台），安装了大型佛郎机炮，防止海盗与红毛番突入月港。并在福建最南端的铜山（福建东山岛）建立水寨增加游兵（机动舰队）的巡逻来监视专门从南海北上的不明舰船，实行了对现有防线纵向推进/据点加密方略。此些记录在《沧海纪遗》《漳州府志》
在1574年前，佛郎机炮是稀罕物，到1578年此物已经是海防标配，同时南兵开始淘汰弓箭，换装鸟铳，在吕宋争夺战中，林必秀部下周英见识到林阿凤的鸟铳（火绳枪）能有效杀伤身着铠甲的西班牙士兵，增加了队伍中鸟铳手比例；西方战舰坚固，中国传统海战的硬撞难以取胜，明军就立刻制造了大量火砖（内装火药毒烟，外以砖击碎引火）万人敌和喷筒（专门用于近距离烧毁敌船帆索）等火攻装备来提高战术。
广船
从1576年到1580年，广东新增舰船170余艘，其中中西新式战舰11艘/闸船19艘/大广船24艘/大型福船43/艘苍山船70艘，皆装备佛郎机炮，规定每次出海配备6-10门子母铳。福建新增福船一号39艘/二号57艘/赶缯船（船速快，机动性强，专门用于包抄和火攻）110余艘，合计200余艘。这时期明朝在南边海防总体维持在400艘大小船只的常备巡逻队，并进行每年的“岁修”制度来保持战力。其记录在《全广海防图》戚继光的 《纪效新书》与《东西洋考》
闸船
1576年，广东总兵张元勋所率的广东舰队在今汕尾碣石湾和陆丰甲子港彻底击溃林阿凤的残部；史料：《明神宗实录》卷五十：“（万历四年五月）广东总兵官张元勋讨平海寇林凤……”
1578年，福建水师在南澳岛使用大福船佛郎机炮火砖大败倭寇和走私海商，余部逃窜。《福建通志》
1578年到1580年，在《东西洋考》等笔记中多次记录明朝水师在澎湖和台湾驱逐红毛番。
至此明朝不再视西班牙人为单纯的蛮夷，而是拥有火器的潜在威胁，这也是明朝海防的“中兴期”，海防也从防倭寇转为防番船与管商船并重，为后面强制全面开海铺平道路。
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