公元397年，青兖二州刺史王恭以“诛杀佞臣王国宝”为名，从京口举兵西进直指都城建康，正式引爆了东晋皇室与地方方镇积累多年的矛盾，也拉开了东晋末年全面内战的序幕。

这场兵乱的根源，早在晋孝武帝时期就已埋下。淝水之战后，士族权臣谢安、桓冲相继去世，晋孝武帝司马曜趁机收揽皇权，打破了东晋开国以来“王与马共天下”的门阀政治格局。为了制衡在朝堂掌权的弟弟司马道子，孝武帝特意任命出身太原王氏的亲信王恭镇守京口，掌控江北北府兵精锐，又任命士族殷仲堪为荆州刺史，驻守长江上游，两大方镇互为犄角，对中枢形成威慑，以期巩固司马氏的皇权。

孝武帝意外被弑后，智力有缺陷的晋安帝司马德宗即位，司马道子以皇叔身份摄政，立刻打破了孝武帝生前的权力平衡。他重用谄媚奸佞的王国宝、王绪兄弟，大肆搜刮民财、卖官鬻爵，引得朝野怨声载道，更将地方方镇视为眼中钉，密谋削夺王恭、殷仲堪的兵权，消息传到京口，本就对中枢不满的王恭立刻决定举兵清君侧。

作为北府兵的统帅，王恭麾下都是久经战阵的精锐，起兵的檄文传到建康，司马道子吓得手足无措，为了平息兵祸，只能将所有罪责推给王国宝，下令将王国宝赐死、王绪斩首，派人向王恭谢罪，王恭见目的达成，便暂时退兵返回京口，第一次举兵以朝廷的妥协告终。

但双方的矛盾并未就此消解。司马道子退兵后不甘心大权旁落，又任命宗室司马元显为谋士，私下培植亲信，还特意任命王愉为江州刺史，分割荆州刺史殷仲堪的辖区，再次触及地方方镇的底线。公元398年，王恭再次联合殷仲堪、桓玄等地方势力举兵西进，可这一次他却栽在了自己最信任的北府兵将领刘牢之手上。

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王恭向来轻视出身寒门的刘牢之，只把他当作作战的工具，引起了刘牢之的不满。司马元显看准这一点，派人游说刘牢之，许诺事成之后将王恭的职位全部封赏给他，刘牢之临阵倒戈，率军突袭王恭大营，王恭猝不及防兵败被俘，在建康街头被斩首。

王恭两次举兵，彻底击碎了东晋朝廷的表面平衡，原本被皇权压制的士族、寒门武将纷纷崛起，桓玄、刘裕等势力先后掌控朝政，东晋的统治已经走到了崩溃的边缘，这场朝廷与地方的权力纠葛，最终以司马氏皇权的彻底衰落告终。