1896年，马廷贤出生在甘肃河州，字礼堂，他是清末民初西北回族军阀马安良的儿子，也是凉州镇守使马廷勷的弟弟。早年的他曾就读于甘肃陆军小学，后来投身军旅，历任西军营长、乡统等职，1925年出任西军第二十七师骑兵第六十九旅旅长。
马安良一生育有八个儿子，除了老八马廷瑚过继给马遂良为子外，其余的儿子中，只有马廷勷、马廷贤两兄弟最受马安良钟爱。
可这份偏爱并没有换来兄弟和睦，马廷贤自幼便常和哥哥打架，等到马廷勷继任马安良之职、统辖西军之后，两人的矛盾更是日益突出。
河州事变前，马廷贤为了讨好国民军，也想借机取代马廷勷，便主动向刘郁芬派往凉州催兵的郑道儒、徐咏冰报告了青海马麒联合马廷勷抗拒出兵的秘密计划。
河州第一次解围后，马廷贤索性加入了马仲英的队伍，他自称军长兼第一师师长，把自己私藏的枪支弹药全部拿出来支持反冯武装，甚至放火烧了大河家自己的住宅，用这种极端的方式，向世人宣告和马廷勷的决裂。
之后，他带人挖出马廷勷在河州老家的私藏窖银，全部拿来资助马仲英的起事队伍，兄弟间的矛盾，彻底公开化。
马仲英河州事变失败后，马廷贤和凉州事变失败后退往河州西的马廷勷一起，带着队伍撤往藏区。抵达青海化隆后，两人再次分开，马廷贤带着老婆、子侄与三十七名随从，经贵德、夏河、黑错，计划前往陇南。
随行队伍在临潭西湾库落地方时，与当地藏民发生冲突，消息很快传到了卓尼土司杨吉庆耳中，杨立刻派兵截击，马廷贤只能只身逃往临潭旧城。
随后，他连夜奔到宕昌，鼓动马仲英对杨吉庆展开报复。马仲英听了他的话，率队攻入卓尼，焚毁了土司衙门和历史悠久的禅定寺，还沿洮河两岸烧杀焚掠，让甘南一带再度陷入战火之中。
1929年春天，马廷贤跟随马仲英由夏河退入青海，接连血洗湟源、永昌、民勤，所到之处，地方人民的生命财产遭到了毁灭性的破坏。在民勤期间，经过商议，大家决定推马廷贤走天津，找马培清另谋出路，马廷贤便离开队伍，独自北上天津。
抵达天津后，他和马培清会合，又辗转回到宁夏，和马仲英一道第二次进攻银川，失败后经由山西退往北京。在京期间，对于哥哥马廷勷封给他的讨逆军十五路军第一纵队司令，他多有不服，一直和马仲英一道拒绝服从命令。
1929年冬天，马廷贤和马培清一道在山西五台建安村见到了冯玉祥，冯玉祥指示他回后套收集旧部，准备给以师长名义。马廷贤抵达灵武后，进驻韩进禄的军部，此时的韩进禄，由于对马鸿宾的整军计划不满，且感到自己军长的位置也有可能不保，于是决定另谋出路，两人一拍即合，带着队伍脱离马鸿宾，在固原和由河州、凉州失败流窜到此的王占林部汇合。
随后，他们翻越六盘山进攻静宁、庄浪，但两次进攻都没能成功，于是只能直趋陇南，将目标对准了天水。
攻克天水后，马廷贤自称“西北回民联军总司令”，成立八大处，以马延寿为副司令，下辖韩进禄、王占林、马入仓三军，共计万余人，分别驻扎在陇南的礼县、西和、通渭等十四县，势力达到了顶峰。
马廷贤在天水期间，时局动荡变化，公开反冯的行动，本就可能影响被冯玉祥扣留在郑州的马廷勷的声明安全，在救马廷勷无望的情况下，他联合陈珪璋、鲁大昌、黄得贵组成四路讨冯联军，向兰州发起进攻。但四路联军内部意见不一，行动难以一致，再加上青海马麒出兵牵制，四路联军进攻兰州最终以失败告终。
进攻兰州失败后，马廷贤的队伍开始出现分裂。首先是马廷贤对于韩进禄在礼县的所作所为表示异议，并取消了14万罚款，引起了韩进禄的不满；接着，韩进禄在人事安排上对马廷贤颇有怨言，再加上马鸿宾的从中利用，韩马反目成仇，韩进禄重新投入马鸿宾的队伍。
韩进禄投宁不久，严尔艾来到天水，经过马廷贤多方活动，在严尔艾的帮助下，改编马廷贤的队伍为陇南绥靖军，委任马廷贤为总指挥，马培清为参谋长，下辖5个骑兵团、1个步兵团，共计5000余人。
势力的壮大，也引起了周边陕西、四川军阀的不安。于是川军邓锡侯以“应陇南民众要求”为名，派部进入陇南；陕军杨虎城也以援助马廷贤为名，从东部进入甘肃。在陕军和川军的两面夹击下，马廷贤仓促退出天水，由宁夏转赴天津，部众多被马鸿宾收编，马廷贤的军事生涯就此结束。
抗战期间，日寇想利用马廷贤，给他冠以“西北长官”的名义，马廷贤一度曾到包头窥伺各方情况，但他很快意识到汉奸的路并不好走，于是化装回到天津，改名换姓躲藏起来。
后来，由于日寇的追寻，在天津无法立足，他于1941年回到河州大河家隐居。解放后，由于民愤极大，经过人民政府劳动改造后重新获得释放，1958年再度被捕，于次年10月被政府镇压。
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