在元朝之前，外蒙古（漠北）是蒙古部落的发源地，但并未形成与中原王朝的稳定隶属。直到13世纪蒙古汗国崛起，尤其是忽必烈建立元朝后，外蒙古成为元朝的“龙兴之地”，才被纳入中央直接管辖。
元朝在中央设立中书省，在地方设立10个行省，其中岭北行省（治所和林，今蒙古国哈尔和林）就管辖着今天的外蒙古全境，以及俄罗斯西伯利亚部分地区。
行省的最高长官“平章政事”由中央直接任命，负责管理当地军政、民政、赋税等一切事务，和内地行省的治理模式完全一致。
元朝在岭北行省派驻大量军队，修建驿站（站赤），还组织士兵和百姓屯田，发展农业和畜牧业，确保对这一地区的有效控制。当时的外蒙古，不再是“化外之地”，而是元朝疆域中明确的行政区域，与中原地区同属一个国家。
元朝之后，明、清两代继续对漠北蒙古（外蒙古）实施管辖，从未中断。明朝推翻元朝后，漠北蒙古部落归附明朝，明朝在当地设立“朵颜、泰宁、福余”三卫，统称“兀良哈三卫”，以及“开平卫”等羁縻机构，由蒙古部落首领担任长官，但需接受明朝册封，定期朝贡，服从中央调遣，本质上是“以夷治夷”的灵活管辖模式。
清朝对漠北蒙古的管辖比明朝更严格。平定噶尔丹叛乱后，将漠北蒙古（喀尔喀蒙古）划分为“土谢图汗部、车臣汗部、札萨克图汗部”三汗部，后来又增设“赛音诺颜部”，统称“喀尔喀四部”。将四部划分为多个盟、旗，旗长（札萨克）由中央任命，盟长由中央指定，直接管理当地事务。
设立“乌里雅苏台将军”，驻节乌里雅苏台（今蒙古国扎布汗省扎布哈朗特），统管漠北蒙古军政事务，与内地的将军府体系一脉相承。
外蒙古从中国分离出去，是在沙俄（苏联）持续干涉下，通过一系列政治操作逐步实现的，并非历史必然，而是近代中国国力衰弱、列强干涉的特殊产物。
19世纪末20世纪初，沙俄为扩张势力范围，开始重点拉拢外蒙古（漠北喀尔喀蒙古）的封建王公，挑拨其与清朝政府的关系。
沙俄通过贷款、赠送武器等方式，收买外蒙古活佛和王公，鼓吹“蒙古独立”，制造民族隔阂。1911年辛亥革命爆发，清朝统治崩溃，沙俄趁机煽动外蒙古王公“独立”，并派军队进入外蒙古，为分裂势力撑腰。
1911年12月，外蒙古部分王公在沙俄支持下，宣布成立“大蒙古国”，推举活佛哲布尊丹巴为“皇帝”，但这一分裂行为并未得到当时中国政府（北洋政府）的承认。
北洋政府成立后，始终不承认外蒙古“独立”，并与沙俄进行多次谈判。1915年，中、俄、蒙三方签订《恰克图条约》，沙俄迫使北洋政府承认外蒙古“自治”（名义上仍属中国领土），但中国的民国政府失去了对等地的实际控制权，沙俄成为外蒙古的“幕后主宰”。
1919年，北洋政府派徐树铮率军进入外蒙古，取消“自治”，恢复直接管辖，外蒙古短暂回归中国版图。
1921年，沙俄残余势力（白俄）与外蒙古分裂势力勾结，再次发动叛乱，北洋政府因内乱无力北顾，外蒙古分裂势力再次占据上风，随后苏联（1922年成立）开始取代沙俄，成为外蒙古分裂势力的新后台。
1945年，二战接近尾声，美、英、苏三国签订《雅尔塔协定》，其中规定“外蒙古的现状须予维持”，作为苏联参加对日作战的条件之一，这一协定严重损害了中国的主权。
8月，中苏签订《中苏友好同盟条约》，国民政府被迫同意“外蒙古公民通过投票决定是否独立”。
10月，外蒙古举行所谓“全民公投”，在苏联的严密控制下，投票结果全票支持“独立”。国民政府于1946年1月正式承认外蒙古独立，外蒙古从法律上脱离中国。
1949年新中国成立后，为争取苏联的支持，在《中苏友好同盟互助条约》中，正式确认了外蒙古独立的现状。
1950年，中蒙建立外交关系，双方明确以传统边界为界，外蒙古作为独立国家的地位最终被国际社会广泛承认。
外蒙古的分离，本质是列强干涉（沙俄/苏联）的结果。沙俄、苏联，为实现地缘政治利益，长期扶持外蒙古分裂势力，通过军事、外交等手段逼迫清朝和民国让步。而近代中国，历经战乱，辛亥革命、军阀混战、抗日战争等等，中央政府无力有效管控边疆，给了分裂势力可乘之机。
从历史上看，外蒙古自元朝起纳入中国版图，历经明、清近700年管辖，其分离是近代历史的特殊产物，改变不了其长期属于中国领土的历史事实。
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