9,000转红线、F1灵感仪表、碳纤维缸套——本田S2000的谈资清单上，手动变速箱几乎总能抢到第一名。这台六速手波的换挡行程极短，金属质感利落，被无数车迷形容像“拉动一把栓动步枪”。它不是借用现有零件，而是专门为S2000全新开发的。换挡连杆机构直接坐在变速箱壳体上方，驾驶座旁，几乎就是一根金属棒笔直往下捅，连接扎实到几乎没有旷量。以至于用两个手指拨动挡杆，哪怕空挡也感觉不到松旷。

本田在当初的新闻稿里解释，换挡杆是铝合金材质，浮动在橡胶底座中吸收振动。正是这一点橡胶缓冲，让手感不至于太机械、太聒噪。连杆本身是金属棒，而不是第一代NSX上那种钢索，也不是本田2000年后大多数家用车采用的拉索方案。Road & Track曾评价这是“你能得到的最纯粹的变速箱直连方式”。短行程、低间隙、金属咬合的快感，由此而生。

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为了让换挡力道更轻，S2000的变速箱还从本田前驱变速箱身上继承了一项设计：平行的变速轴在输出端耦合，可把同步器负载最多降低40%。同步器本身也下了猛料：一、三、四挡采用双锥面同步器，而二挡更进一步，使用三锥面同步器。多锥面直接增大了摩擦表面积，让挡位咬合时转速匹配更快、推进更省力。这些设计共同把每一次换挡拆解成干脆的机械反馈，也让这款变速箱成了许多车迷心中的手感标杆。