清代中前期，平凉境内回汉两族大体相安，回民多聚居在城关、交通沿线，以经商、务农、皮毛加工为业，汉民则多分布在乡村农耕区域。双方虽偶有民间纠纷，但在官府的调解下并未演变成大规模冲突。乾隆以后，哲赫忍耶教派传入平凉，在民间逐步传播，信众日益增多，也引起了官府的警惕与防范。
同治元年（1862年），陕西关中地区爆发回民起义，战火迅速向西蔓延，毗邻陕西的平凉府首当其冲。消息传到平凉，官府上下陷入恐慌，地方官员普遍认为境内回民与陕西回民同教同宗，极有可能充当内应，地方汉族团练也借机宣扬“灭回”论调，回汉之间的猜忌与对立急速升温。
时任平凉知府的田寿增与平凉知县张仁源，在未做任何调查核实的情况下，认定城内东关回民通敌，制定了清洗城内回民的计划。当时平凉城内东关聚居回民约数千户，大多是世代居住的本地百姓，并无通敌实据，但在官府的极端猜忌下，一场惨剧已不可避免。
同年九月，田寿增以防范内应为名，调集兵勇与团练突然关闭城门，对东关回民展开无差别捕杀，同时下令焚毁城内两座清真寺。城内回民猝不及防，死伤惨重，侥幸逃出的人奔赴城外回庄报信，周边回民闻讯群情激愤，自发组织武装围攻平凉城，以此报复官府的屠杀行为。至此，平凉的回汉矛盾彻底失控，陇东回民起义正式爆发。
就在平凉官府屠城的同时，陇右地区也出现了一支回民起义队伍，其首领正是穆生华。穆生华是平凉本地人，为哲赫忍耶第二代教主穆宪章的堂孙，自幼在宗教氛围中长大，在陇东回民中素有威望。
陕西起义爆发后，清廷在甘肃横征暴敛、加紧盘剥，地方团练又屡屡欺凌回民，各地回民人人自危。穆生华见时局动荡，便联络周边教众，于同治元年夏季在秦安县莲花城率众起义，公开响应陕西回民军。
起义之初，穆生华麾下仅有数千人，武器简陋，多为农具、刀矛。他没有急于攻打大城市，而是先率部转战秦安、清水一带，吸纳周边回民加入，逐步扩充实力。平凉屠城的消息传来后，穆生华决定率部北上，攻打平凉府城，为死难同胞复仇。这是起义军第一次进攻平凉，彼时平凉城防坚固，城内兵勇团练数千人，又有城墙依托，起义军缺乏攻城器械，围攻多日始终无法破城，反而伤亡不小。
就在双方僵持期间，城外的汉族团练掘毁了位于平凉城郊的穆宪章拱北，将墓中遗骸挖出焚毁扬灰。穆宪章是哲赫忍耶在陇东的先贤，在回民心中地位极高，消息传到起义军营中，全军上下悲愤不已。
穆生华虽怒不可遏，但并未被情绪冲昏头脑，他深知以当前实力强攻平凉只会徒增伤亡，于是果断下令撤围，率军向北进军，先攻取防守相对薄弱的盐茶厅与固原州，以此扩充兵力、积攒粮草，再图平凉。
同治二年初，起义军攻破盐茶厅，随后又一举拿下固原州城，打开了陇北的局面。当地大量回民纷纷加入起义军，队伍很快扩充到两万余人，还缴获了大批军械、粮草与马匹，实力大增。穆生华在固原整训队伍，严明军纪，制定了先取平凉、再连固原金积、与宁夏起义军连成一片的战略规划。此时的陇东，除了平凉府城等少数据点，大部分地区都已被起义军控制，穆生华的名字也成了官府口中的“陇东大患”。
同治二年（1863年）深秋，穆生华率领整编完毕的两万起义军从固原南下，第二次兵临平凉城下。这一次他没有急于发动强攻，而是采取了长期围困的战术。起义军先逐一拔除平凉城外的清军据点与堡寨，切断城内通往西安、兰州的粮道与驿路，将平凉城团团围住，只留下北门缺口以瓦解守军斗志。
彼时平凉城内虽有数千守军，但粮草储备并不充足，被围数月之后，城内粮价飞涨，军民开始出现饥荒。守军多次组织兵力从北门突围，都被起义军打退，士气日渐低落。围城期间，穆生华一面持续施压，一面派人挖掘地道，准备用地雷爆破城墙。起义军多为本地农民，熟悉地形，地道挖掘进展顺利，最终直通平凉城西南角城墙下方。
同治三年（1864年）九月，地道装填完毕，穆生华下令引爆。随着一声巨响，平凉城西南角城墙被轰塌数丈，土石飞溅，守城兵勇死伤一片。起义军将士顺着城墙缺口蜂拥而入，与清军在城内展开巷战。守军本就饥疲交加，见城墙已破，顿时溃不成军。知府田寿增、总兵吕元率亲兵顽抗，最终被起义军击毙，其余残兵要么投降，要么从北门逃窜。
这是清代平凉府城第一次被回民起义军攻破，消息传到省城兰州，清廷震动。穆生华率部入城后，以平凉为据点，联络盘踞在董志塬的陕西回民军十八大营，双方互为犄角，陇东起义声势达到顶峰。彼时北至固原、南到秦安、东接董志塬，大片区域都在起义军控制之下，清廷在陇东的统治几乎崩溃。
起义军占领平凉仅三个月，战场形势便急转直下。同治三年春，清军已基本镇压了陕西境内的回民起义主力，清廷随即调集大军入甘，命固原提督雷正绾、总兵陶茂林各率数千精兵，从陕西分两路西进，直扑平凉，意图一举扑灭陇东起义。
四月间，两路清军先后抵达平凉外围，总兵力超过万人，且配备火枪、火炮等制式军械，战斗力远胜起义军。穆生华深知平凉城难以固守，遂率主力出城迎击，双方在平凉城外激战数日。起义军将士虽作战勇猛，但大多是临时组建的百姓，缺乏正规训练，武器也以冷兵器为主，在清军的火炮轰击下伤亡惨重。几场战斗下来，起义军损失数千人，不得不退回城内据守。
清军随即对平凉城形成合围，昼夜不停攻城。六月，清军发起总攻，集中火炮轰击城墙，同时派步兵架梯登城。起义军拼死抵抗，终因寡不敌众，防线逐步崩溃。穆生华见大势已去，为避免全军覆没，率余部从北门突围，撤往董志塬，与陕西回民军汇合。
清军重新占领平凉后，对城内残留回民展开报复性捕杀，城中街巷尸骨遍地，房屋焚毁大半。战后官府收拢城中遗骸集中掩埋，仅淘井、街巷中就清理出尸骨两千余具，花费掩埋银两一千三百余两，足见战事之惨烈。
撤出平凉后，穆生华率余部加入董志塬十八大营，继续在陇东、关中交界地带与清军周旋。此后数年，清军不断增兵甘肃，董志塬根据地的生存空间被逐步压缩。同治五年，穆生华率部北上宁夏，投奔金积堡的马化龙，继续坚持反清斗争。同治九年（1870年），金积堡战事进入最惨烈的阶段，穆生华因积劳成疾，在金积堡病逝，其弟穆生辉接过指挥权，率领余部继续作战，直至起义最终失败。
平凉城破时，穆生华年幼的儿子舍木苏并未随军，被留在平凉南台拱北中。清军入城后搜捕起义军家属，扬言要将穆氏后人斩草除根。危急关头，平凉拱北的马得真阿訇将自己的幼子推出顶替舍木苏，舍木苏因此得以保全性命。此后舍木苏辗转逃往四川、张家川避难，直到光绪年间局势平稳才返回平凉，晚年定居于南台拱北，去世后也安葬于此。
同治十二年（1873年），持续十余年的西北回民起义最终被左宗棠率军镇压。为杜绝后患，左宗棠制定了“涣其群、孤其势”的善后策略，拒绝回民返回原居住地，将投降的陕西回民大规模迁徙到平凉、固原一带的荒僻无人之地，分散安插，严禁连片聚居，以此削弱回民的凝聚力。
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