哲合忍耶由马明心于乾隆九年自海外学成归国后在甘肃河州（今临夏）创立，因教义简约、贴近底层贫苦民众，迅速在甘肃安定、循化、宁夏一带聚集大量信众，时人称之为“新教”，与当地原有老教派产生持续地域、信众争夺矛盾。
乾隆四十六年，循化新旧教派冲突爆发，苏四十三率领哲合忍耶信众起事，清廷出兵镇压后，将教派创始人马明心处死，同时颁布禁令，认定哲合忍耶为异端，全面限制传教活动，大批信众被发配黑龙江、云南、新疆等偏远地区。
此后数十年，哲合忍耶只能秘密开展宗教活动，传教场所多设于民间私宅，不敢公开修建清真寺。马明心后裔、门徒代代隐蔽传承教权，其中马化龙家族成为教派核心传承脉络。马化龙祖父马达天、父亲马以德两代均秘密在宁夏金积堡（今吴忠金积镇）一带传教，马达因传教被官府查获，发配途中病逝；马以德只能夜间聚众礼拜，全程规避官府巡查。道光二十九年，马化龙正式接任哲合忍耶第五代教主，依托金积平原肥沃土地经营农商，积累充足财力，暗中修复道堂、收拢流离信众，教派势力在宁夏黄河沿线快速恢复，金积堡成为西北哲合忍耶聚集地。
咸丰末年，太平天国、捻军席卷南方各省，清廷抽调西北驻军南下作战，陕甘地方防务空虚，苛捐杂税持续加码，用以填补巨额军费开支，陕、甘普通农户常年粮荒，底层回民生存压力达到临界点。同治元年，陕西华州因回勇与汉民民间冲突，官府偏袒处置激化矛盾，陕西各地回民陆续举事，战火很快蔓延至甘肃全境，哲合忍耶教主马化龙以金积堡为据点，组织数万信众参与反清行动，形成金积堡、河州、西宁、肃州四大抗清据点。
从1862年至1873年，这场持续十二年的战事覆盖陕西全境、甘肃大部（含如今宁夏全域），清军先后派遣多隆阿、胜保领兵作战均接连受挫，多名湘军高级将领战死金积堡外围。同治六年，左宗棠出任陕甘钦差大臣，统筹西北军务，制定先陕后甘、分割包围的平乱策略，历时数年围困金积堡。同治十年，金积堡粮尽水绝，马化龙为保全堡内数万民众主动赴清营投降，左宗棠随后以私藏军械为由，将马化龙及其宗族、起事骨干一千八百余人全部处决，未成年男性子嗣阉割后发配边疆为奴，家属分置各地。
战后，左宗棠出台一整套针对回族与哲合忍耶的“善后”管控政策，大规模强制迁徙回民，推行“分而治之”。关中富庶地带回民全部迁出，严禁返回原籍，数万幸存者分批安置在平凉、会宁、静宁、定西、固原、海原等黄土山区，也就是如今西海固区域。明令禁绝哲合忍耶教派传播，左宗棠多次上奏朝廷，称该教派蛊惑民众、极易滋生动乱，各地官府查封道堂、限制阿訇传教，禁止信众聚众礼拜，试图从宗教层面切断族群凝聚纽带。
金积堡战后迁徙政策实施数十年后，原属甘肃南部的海原、固原、隆德、化平（今泾源）一带，也就是后世统称西海固的六盘山区，聚集了大量陕甘迁徙而来的哲合忍耶信众，成为该教派主要生存区域。这里沟壑纵横、十年九旱，自然灾害频发，耕地稀少且大多被当地地主、官僚占有，底层回民只能租种土地，承受高额地租剥削。民国建立后，中央政权对西北管控力度薄弱，甘肃地方军阀、官僚轮番盘剥民众。
1935年红军长征途经六盘山区，进驻西海固，严格执行民族平等政策，尊重回族宗教信仰与生活习俗，不干涉清真寺活动，还建立豫海回民自治临时政权，宣传抗日、各民族平等理念，当地回民首次接触区别于封建压迫的治理模式，思想产生巨大转变，大批回族青年主动追随红军。但红军离开后，国民党甘肃当局迅速恢复高压统治，主政官员朱绍良借抗日名义大肆征兵、加征数十种苛捐杂税，同时纵容驻军骚扰回族群众，出现故意侮辱宗教习俗、劫掠百姓、强占土地等事件。导致1939至1941年西海固连续爆发三次回民武装起事，参与主体均为当地哲合忍耶信众。
第一次西海固回民起义爆发于1939年1月，导火索为海原县长贾从城刻意侮辱回族、驻军劫掠百姓、抓捕请愿回民。马国瑞、马国琳兄弟以哲合忍耶宗教活动为联络渠道，集结近万民众举事，打出“反蒋抗日、杀贪官、打富济贫”的口号，多次击溃地方保安团。
国民党组建由回族上层组成“宣抚慰问团”，利用民众对同族士绅的信任假意谈判，谈判期间暗中调兵，诱捕起事核心人员马银贵并处决，马国瑞被软禁后伺机出逃，底层群众遭大肆搜捕、勒索钱财，大量青年被强征入伍，残酷清乡直接催生第二次起事。
1939年农历四月，马国瑞重回西海固组织第二次起义，四千余名民众整编为旅级武装，明确区分国民党官僚与普通汉族百姓，全程不侵扰汉族农户，只打击地方驻军、劣绅。国民党再次复刻诱降策略，假意答应成立回民自治、撤走驻军、补给武装三项诉求，暗中完成军事包围，谈判结束后即刻发起进攻，起义队伍伤亡惨重，多名骨干阵亡，残余民众四散躲避，官府开启更大规模的报复行动，屠村、抓捕、抢掠成为常态，西海固民生彻底崩溃。
1941年第三次西海固回民起义由马思义领导，吸取前两次谈判受骗的教训，队伍纪律严明，行军不扰民，在大麻山伏击国民党主力，取得重大战果。面对起义军，朱绍良调集两个军、三个师合围围剿，战事持续数月，起义军补给断绝，队伍内部出现路线分歧：马国琳带领两千余人选择与当局和谈，缴械后全部被遣散，1942年马国琳在兰州遇害；马思义带领两百余名坚定信众突破封锁，奔赴陕甘宁边区，加入红军，组建回民抗日骑兵团，投身抗日斗争。
三次起义结束后，国民党开展大规模清乡，导致当地回族民众处于绝境之中。直到郭南浦等爱国士绅多次奔走，往返平凉、化平、固原各地，穿梭战区劝说军政官员，呼吁停止屠杀、开仓放粮、安抚流民，国民党当局迫于舆论与地方压力，才暂缓血腥清乡，调拨粮食救济受灾群众，同时新设西吉县，修建道路、学校，推出少量缓和政策。
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