【文献速递】警惕 “超级真菌”：�...|培养基|念珠菌|药敏|菌株|超级真菌

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（来源：丹娜生物）

前言导读

2026年3月，上海市东方医院南院吴文娟教授团队和复旦大学附属华山医院朱敏教授团队联合在Mycoses杂志发表了一项研究，分析了上海地区33株耳念珠菌临床分离株的分子流行病学特征与耐药机制，并建立了适配城市医疗机构的综合感染防控方案。

研究结果显示，33株分离株全部对氟康唑耐药；9株对两性霉素B耐药，4株对棘白菌素类药物耐药；所有棘白菌素耐药菌株均携带Fks1-S639F突变。系统发育分析显示III-南非分支为上海主要流行株系。

ICU患者为主要储存宿主，跨区域患者转运驱动菌株传播。明确的定植分布规律与环境污染热点可作为筛查重点；PCR环境监测联合培养是高效监测手段。

研究背景

耳念珠菌是2009年日本科学家首次报道的一种人体病原真菌新物种，因其具有多重耐药性、传播性强和血液感染病死率高等特征，被称为“超级真菌”。2013年后，耳念珠菌在全球不同地区暴发并快速传播，截至2024年底，全球六大洲50多个国家或地区发现相关感染病例。耳念珠菌已成为全球公共卫生的严重威胁。

中国耳念珠菌感染的报道较晚，继2018年北京市报道了第1例耳念珠菌之后，沈阳、厦门、铜陵、广东等地区相继报道耳念珠菌感染病例，且大部分发生在ICU，以新发病例为主。2023年以前，我国耳念珠菌感染发病率维持非常低的水平，每年新增病例数不超过40例，但是2023至2024年，全国新增病例达到1391例，增幅超过300%。我国分离到的耳念珠菌临床株中98.4%的菌株对氟康唑耐药，39.1%的菌株对两性霉素B耐药，4.1%的菌株对棘白菌素类药物耐药。通过ITS序列及全基因组测序分析发现，中国耳念珠菌有三个遗传分支（I-南亚、II-东亚和III-南非分支）。其中，遗传分支I和III菌株为我国当前主要流行株系。

本研究采用全基因组测序（WGS）联合抗真菌药物敏感性试验，对上海地区33株耳念珠菌临床分离株开展分析，检测了分离株对9种临床常用抗真菌药物的敏感性，证实当地已出现多重耐药菌株。本研究是上海地区首项针对耳念珠菌的流行病学调查，探究了境外/外地输入病例菌株与本地流行菌株之间的分子流行病学关联并建立整合传统培养与分子诊断技术的标准化筛查监测方案。

研究方法

1、菌株与临床数据：收集2021年2月-2025年2月上海地区19例耳念珠菌感染/定植患者的33株临床分离株，标本类型包括痰液、耳道分泌物、尿液、皮肤定植拭子，并配套完整临床资料。

2、菌株鉴定：MALDI-TOF MS、CHROMagar念珠菌显色培养基、ITS测序。

3、WGS与系统发育分析：DNBseq T7平台，以B8441参考基因组开展单核苷酸多态性分析；采用IQ-TREE软件构建最大似然系统发育树。

4、体外抗真菌药物敏感性试验：CLSI M27-A3微量肉汤稀释法+Sensititre YeastOne比色法，目前尚无耳念珠菌专用MIC判定折点，药敏结果参照美国CDC暂定折点判读。

5、环境采样与PCR检测：选取10号患者病床及周边高频接触表面（床头柜、呼吸机、床栏）开展系统性环境采样，共采集48份无菌生理盐水浸润棉拭子标本。每份拭子的菌悬液分为两份：一份接种CHROMagar培养基培养，另一份提取基因组DNA，使用天津丹娜生物商品化耳念珠菌PCR检测试剂盒进行检测。

6、生物膜形成能力检测：结晶紫染色定量，以白念珠菌、近平滑念珠菌为对照。

研究结果

患者临床特征

本研究共纳入19例上海地区耳念珠菌感染/定植患者，首发病例为2021年1月自北京输入的1号患者，证实跨区域患者转运是本地菌株输入的核心途径。2021-2023年仅检出2例散发病例；2024年5月后耳念珠菌感染快速扩散，新增17例病例。

病例以男性为主，共15例，占比78.9%；患者平均年龄 62.8±14.0岁。半数以上病例来自重症监护室（ICU），共10例，占比52.6%。患者入院至首次检出耳念珠菌的平均间隔时间为8.7天。绝大多数患者合并基础慢性病，以糖尿病、高血压最为多见。

临床转归方面，院内死亡1例，病死率5.3%；存活患者中12例（63.2%）病情好转，6例（31.6%）出院时症状无改善，提示相当一部分患者会长期携带耳念珠菌定植。病例详细时间分布情况见图1。

菌株鉴定与标本分布

质谱鉴定结果均确认为耳念珠菌，置信度达99.9%。对33株耳念珠菌进行一代测序后，将基因测序结果与BLASTN数据库比对，显示其与耳念珠菌的相似度为98%-100%，与质谱鉴定结果一致。

耳念珠菌定植高发部位为尿道、腹股沟，检出率分别为75%、50%；高频接触环境表面亦可检出菌株，其中床头柜污染最突出（图2）。

菌株表型特征

菌株于37℃ CHROMagar念珠菌显色培养基培养24 h为乳白色菌落，培养48 h后转为淡紫色（图3A、3B）。生长曲线显示37℃为最适增殖温度；所有菌株均具备耐热性，42℃（人体发热温度）条件下仍可生长，仅增殖速率略低于37℃（图4A-C）。

系统发育分析

33株分离株的全基因组测序数据结合全球六大分支参考序列构建系统发育树，上海菌株分为3个独立谱系（图5）：III-南非分支为主要流行株系，包含28株；北京输入株SH0001单独归属于II-东亚分支；4株菌株（SH0002、SH0024、SH0027、SH0033）与I-南亚分支参考株高度聚类。

对III-南非分支菌株开展系统基因组重构分析后证实：重症监护室（ICU）是本地菌株传播的核心枢纽。其中菌株SH0005、SH0006、SH0018构成一组高可信度克隆簇（图 6）。2024年8月至10月，4号、5号、10号患者曾同期入住急诊重症监护室（EICU），上述菌株均分离自这三名患者；尽管菌株分别取自尿液、痰液、皮肤拭子等不同人体部位，但彼此基因组遗传差异极小，证实该病房内菌株可在不同部位间快速传播。至关重要的是，结合标本来源信息分析后发现患者体内存在分区多克隆定植这一复杂特征（图6）。例如11号患者，其深部侵袭部位分离株与体表浅表分离株基因序列差异显著：从深部脓肿分离得到的SH0019、SH0020菌株，与皮肤分离株SH0021在进化谱系上完全分离，说明该患者是多次独立接触感染不同菌株，而非单一菌株在体内扩散所致。与之类似，10号患者皮肤定植了上述克隆簇菌株SH0018，但其呼吸道内同时携带遗传背景差异极大的另外两株菌株（SH0015、SH0029）。

成对SNP距离热图印证谱系分化特征：三大分支间存在显著SNP差异屏障；SH0001（II分支）与其余上海菌株遗传分化明显。I分支4株菌株内部SNP差异几乎为0，形成高度同源克隆亚群，但与本地主流III分支分化显著；其余菌株构成庞大同源克隆簇，提示本地III分支菌株克隆扩增。

抗真菌药敏结果与耐药基因突变

33株耳念珠菌分离株药敏结果汇总见表2。依据美国CDC暂定折点判读：所有分离株均对氟康唑耐药；9株（27.3%）分离株对两性霉素B耐药；棘白菌素耐药仅见于8号患者的SH0010-SH0013分离株（12.1%）；仅SH0024分离株（3.0%）对氟胞嘧啶高水平耐药，其余分离株对该药均敏感。

将耐药相关基因序列与参考菌株CBS 10913T比对。所有III分支菌株携带ERG11-F126L氨基酸替换；I、II分支菌株均携带ERG11-Y132F突变。棘白菌素耐药菌株SH0010-SH0013特异性携带FKS1-S639F突变，基因型与耐药表型完全匹配。微量肉汤稀释法测得的MIC结果与Sensititre YeastOne比色法检测结果一致。

环境PCR检测结果

针对10号患者病床及周边环境共采集48份拭子，同步开展CHROMagar培养基培养与PCR检测。仅床头柜标本培养、PCR双阳性，总阳性率2.08%（1/48）。提示菌株污染仅局限于患者直接接触区域，未扩散至病区其他区域，现有消毒措施对非近距离接触区域防控有效。

生物膜形成能力

结晶紫染色定量实验证实所有菌株均具备强生物膜形成能力：66.7%（22/33）菌株生物膜产量与白色念珠菌无统计学差异（p>0.05）；78.8%（26/33）菌株生物膜形成能力显著高于近平滑念珠菌（p<0.05）。I、II、III 三大分支菌株均普遍高产生物膜，提示该毒力特征为菌株固有属性。

上海作为全国区域转诊中心，接收大量外省、境外无症状携带者；定植患者临床症状隐匿，现有常规筛查极易漏诊，经院间转运、科室转科后可将菌株带入ICU等高风险病区。分子流行病学分析证实上海本地克隆株与国内外流行菌株高度同源，直接佐证跨区域、跨境传播风险，大型三甲医院必须完善入院筛查、接触隔离、环境消杀全套防控措施。

针对上海这类大型医疗中心的防控难点，本文提出三级阻断策略：

1、建立快速入院筛查流程，优先筛查泌尿道、腹股沟等高定植部位；

2、严格患者管理：耳念珠菌定植/感染者单间隔离或集中收治，落实标准接触预防；

3、强化环境卫生监测：标准化终末消毒、定期环境采样、医护人员严格手卫生，切断院内传播。

对高危患者开展多部位定植定期筛查，实现早期发现与干预；推荐培养联合PCR双通道检测方案，兼顾检测灵敏度与报告时效；高频接触物体、医疗器械执行专项消毒流程。本套综合感染防控方案可推广至大型城市医疗体系，降低传播风险。

结论

ICU患者是耳念珠菌主要储存宿主，跨区域患者转运驱动菌株传播；明确的人体定植分布、环境污染热点可作为筛查靶点；PCR环境监测联合传统培养是高效监测手段。基于上述结果，本研究建立了整合分子诊断技术的标准化流程，优化城市医院耳念珠菌感染防控工作。