与人类同行数万年的肠道微生物，正在消失|微生物|细菌|菌株

数万年前，一批又一批人类走出非洲，逐渐迁徙至世界各地。然而，人类并非独自踏上迁徙之路的。在这场漫长的旅途中，与人类同行的还有数以万亿计的微生物。它们生活在我们的肠道中，共同构成了肠道微生物组，参与食物消化、维生素合成以及免疫系统的发育和调节，对维持人体健康至关重要。

肠道微生物组的组成受到生活方式的显著影响，包括饮食、环境以及人与人之间的微生物传播。对古老粪便样本的分析表明，历史上人类的肠道微生物组，可能更接近今天的非工业化人群，而非现代工业化人群。

然而，这些古老样本通常只有1000至2000年的历史，而现代人类早在数万年前就已向世界各地迁徙，并建立起不同的人类群体。因此，一个问题始终没有得到明确解答：今天人类肠道微生物的多样性，在多大程度上保留了远古人类迁徙的历史痕迹？又在多大程度上反映了较近时期的生态过程或人口变化等因素的影响？

近日，一项发表于《自然》杂志的新研究，将目光投向了两个远离现代工业化生活方式的人群：生活在坦桑尼亚的哈扎人（Hadza）和生活在玻利维亚亚马孙地区的齐马内人（Tsimane）。研究发现，尽管两个群体在地理上相隔很远，但他们肠道中仍然存在大量共同的微生物，其中许多在工业化人群中已十分罕见，甚至完全消失。这种微生物之间的关系可能早在远古时期就已经形成，甚至可以追溯到人类迁徙使者两个群体的祖先彼此分离之前。

两个群体

在这项研究中，研究人员对齐马内人所提供的粪便样本进行了测序，并将结果与此前获得的哈扎人的数据进行比较。他们采用了一种被称为深度宏基因组测序的方法，从样本中重建出数千个微生物基因组，并在菌株层面比较了两个人群肠道微生物之间的遗传差异。

这种方法通过读取样本中DNA的碱基序列，来识别其中存在的微生物。测序过程会产生数以百万计的短DNA序列。研究人员利用这些短序列之间相互重叠的部分，将它们拼接成更长的DNA序列，再与微生物基因组数据库进行比对，从而确定样本中存在哪些微生物。这些测序工作使研究人员能够更加全面地调查两个群体的肠道微生物，包括那些由于丰度较低而难以检测到的物种。

分析结果表明，接受采样的齐马内人肠道中总共发现了1408种不同的微生物（包括细菌和古菌），其中有1231种（87.4%）也存在于哈扎人的肠道中。在这些共同的微生物物种中，848种在工业化人群的肠道微生物组中十分罕见，甚至完全不存在。

这是一项令人惊讶的发现！这两个群体的饮食习惯存在显著差异。哈扎人通过狩猎获取食物，包括黑斑羚、豪猪等哺乳动物，以及鸟类和鱼类，同时还会采集薯类、浆果等植物性食物。相比之下，齐马内人的大部分食物来自自己种植的农作物，以大蕉、大米、木薯和玉米等食物摄取大量膳食纤维，同时也食用鱼类、西猯及其他森林动物提供的瘦肉。