1898年秋，南京两江总督署内，刘坤一面对接连传来的朝廷电旨，没有急着表态。他很清楚，戊戌政变之后，京城正在清查“新党”，地方官员人人自危。此时替光绪说话，等于把自己推到风口浪尖；可若任由朝廷扩大株连，江南多年经营的局面也可能随之失控。
刘坤一并不是康有为的追随者。
这一点，必须分清。刘坤一出身湘军系统，长期主持地方军政，经历过洋务时期的种种事务。他知道西方船坚炮利，也承认清廷必须变革。但在他看来，改革不能脱离现实，更不能把康有为的政治主张直接等同于国家变法。
康有为主张激烈，言论往往越出传统官僚能够接受的范围。刘坤一、张之洞等人并非拒绝学习西方，而是反对骤然改制，更不接受借改革之名重塑政治秩序。说白了，他们主张变，但要由熟悉地方情形的官员来变，而不是由几个京城士人一纸诏书推动天下。
所以，百日维新期间，刘坤一没有像湖南巡抚陈宝箴那样积极响应，也不能简单说他反对变法。他采取的是观望态度，既不公开唱反调，也没有把两江的全部力量投入新政。这种谨慎，与其说是保守，不如说是地方大员对中央急变的本能防范。
局势真正改变，发生在政变之后。
慈禧重新掌握最高权力后，朝廷开始追究维新人士及其支持者。问题在于，清查很快超出了康有为、梁启超等人的范围，一些仅仅赞成兴学、练兵、整顿财政的官员，也被笼统归入“康党”。陈宝箴被革职，后来又被宣布“永不叙用”，便是这种政治清算的典型结果。
刘坤一对此不能接受。
他曾通过电报和奏议向朝廷进言，主张不要把所有新政措施一概废止，也不应任意株连地方官员。有人劝他少说几句，他的态度却很直接：“维新有失，不能因此尽废其善。”这类话未必出自原文记载，但确实符合他在政变后的立场：反对康有为的激进路线，却不赞成把改革成果全部打掉。
更棘手的是，刘坤一还反对废黜光绪。
1898年以后，慈禧与光绪之间的矛盾公开化。到了1899年，朝廷围绕皇位继承问题的动作越来越明显。1900年1月，清廷发布立端郡王载漪之子溥俊为“大阿哥”的上谕，名义上是为皇位承继作准备，实际上已经让“废帝”传闻变得更加具体。
此时的刘坤一，已经不是普通督抚。
他掌握两江地区，辖区包括江苏、安徽、江西，南京又是东南重镇。这里财赋丰厚，商贸发达，军队和官绅关系盘根错节。刘坤一在湘军系统中资格很老，门生故旧遍布。朝廷可以处分一个京官，却不能毫无顾忌地拔掉这样一位地方支柱。
1899年，刚毅以钦差大臣身份南下江南。刚毅是清廷中态度强硬的官员，此行虽有办理公务的名义，却让刘坤一感到朝廷正在试探甚至牵制自己。朝廷一面发电安抚，说刚毅并非针对两江；另一面又要求刘坤一遇事与刚毅商办。
这等于派人监督，却不明说监督。
刘坤一很快提出开缺。表面看，这是告老退让；实际上，他是在向朝廷表明：既然不信任两江总督，就不要让他继续承担责任。朝廷没有立即准许，反而一边挽留，一边物色可能的接替人选。双方都知道，这已经不是一次普通的人事请辞。
刚毅在江南的活动，也加深了地方的不安。他对兴办学堂、学习西学多有非议，甚至流露出裁撤新式教育的意思。刘坤一未必赞成所有新政，但他明白，学堂、练兵、制造等事务一旦被粗暴打断，江南的地方建设将受到冲击。
朝廷后来召刘坤一进京述职，实质上是要让他暂时离开两江，交出总督印信。偏偏就在这一时期，废立问题进一步公开化。刘坤一失去了直接调动地方力量的便利，却仍向朝廷表达反对意见，不赞成轻率废黜光绪。
慈禧为什么没有把他像陈宝箴那样处理？
原因并不神秘。刘坤一资历深、势力广，控制的又是东南财赋重地；他虽然反对康有为，却不是慈禧可以随意指挥的亲信。更重要的是，他的反对带有传统督抚的分量，不是街头议论，也不是京官私下抱怨。若强行治罪，江南军政、财赋和官场都可能出现连锁反应。
因此，朝廷只能不断敲打、试探、调离，却不敢轻易下手。刘坤一后来仍得以回任两江，总督职位也没有被彻底剥夺。1900年庚子事变后，东南督抚采取“东南互保”，固然有各自的现实考量，但此前围绕维新、废立和地方自主形成的裂痕，早已埋在清廷与东南之间。
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