1949年11月，重庆上清寺官邸，李宗仁、白崇禧以及桂系几名重要人物围坐商议。此时，广州已经失守，解放军正向广西推进，桂军赖以立足的后方随时可能被突破。会议桌上的问题，不再是如何争夺中央权力，而是桂系还能不能保住最后的退路。

广西战局恶化得很快。衡宝战役以后，国民党军在华中地区的防线接连崩溃，白崇禧退回桂林，手中兵力虽仍不少，军心却已明显动摇。更麻烦的是，解放军并没有给他留下单独经营广西的时间，第四野战军和第二野战军一部从湘南、粤北、黔东南多路压来，目标直指桂林、柳州、南宁一线。

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白崇禧很清楚，广西是桂系几十年经营的根基。离开这里，桂系便失去了兵源、粮源和政治号召力。可要在广西与解放军决战，又不是一句“固守家乡”能够解决的事。桂军各部派系复杂，粤系将领不愿受桂系调遣，蒋介石又不断从台北发来命令，白崇禧夹在军事和政治之间，几乎没有真正自主的空间。

李宗仁这时邀请白崇禧赴重庆，表面上是商量军政大局，实际也包含着蒋李关系的处理。李宗仁不愿贸然回到蒋介石身边，白崇禧则认为，双方长期对立已经严重影响指挥。会议上，有人谈到美国对国民党政权信心下降，也有人提到蒋介石准备重新掌握权力。

白崇禧的态度很直接：“共军已经打到广西，蒋、桂之争不能再这样拖下去了。”李宗仁却表示：“局面到了这个地步，所谓自力更生，恐怕已经靠不住。”几句话说得很重，却也说明两人都明白，桂系已经没有多少选择。

会后，白崇禧与吴忠信等人拟出一份方案，大意是让蒋介石重新出面，李宗仁离开大陆，白崇禧接替阎锡山，出任行政院长兼国防部长。这个安排在桂系看来，是以职务换取合作，以退让换取指挥权；但送到蒋介石手中，却完全变了味道。

1949年11月4日，吴忠信携带有关文件赴台报告。蒋介石看完后十分恼怒。据相关回忆，他认为白崇禧想当行政院长可以谈，却不能把职位写进协议，更不能把李宗仁出国作为交换条件。随后他说：“就是他们败坏了我蒋某人的名声。”这句话，针对的不仅是两个人，更是蒋介石对桂系长期挑战中央权威的积怨。

蒋介石所说的“名声”，并非普通的个人面子。抗战胜利后，李宗仁、白崇禧多次利用军队和地方势力牵制蒋介石，1949年初李宗仁出任代总统后，蒋介石虽然下野，军政系统仍掌握在自己手中。蒋桂之间互不信任，已经从权力争执变成了制度和指挥权的冲突。此时再让白崇禧掌握行政院与国防部，蒋介石自然不愿接受。

白崇禧随后提出退守海南的设想，希望把广西残部转移到岛上经营。这个计划同样遭到多方反对。海南物资有限，岛上原有粤军残部又需要安置，二十余万桂军若全部涌入，后勤很难维持。蒋介石担心桂系据海南自成一体，余汉谋、薛岳等粤系将领也不愿把岛上地盘交给白崇禧。

更致命的是，桂军南撤并没有形成统一行动。白崇禧为打开通往雷州半岛的通道，命部队向陈赓兵团发动攻击，企图以攻势掩护撤退。然而解放军早已根据桂军南移方向调整部署，在粤桂边境布置阻击力量。桂军越是向南冲，越容易暴露侧翼和后路。

11月中下旬，解放军先后向桂林、柳州、梧州以及南宁方向推进。桂北守军撤退仓促，南路桂军又被牵制，原本想保存实力的计划逐渐变成各部争相突围。广西战役至12月14日结束，国民党军损失惨重，桂系在大陆的军事基础由此瓦解。

李宗仁也在这一阶段决定离开大陆。白崇禧曾希望他暂缓出国，至少在政治上作一番安排，但李宗仁认为西南局面已经无法凭借个人力量扭转。蒋介石后来从重庆发电邀请他会面，李宗仁却不愿再赴渝。蒋李之间的裂痕，已经不是一场会谈能够弥合的了。

广西失守后，白崇禧辗转撤往海南，后又前往台湾。蒋介石曾以重组内阁、出任国防部长等说法吸引白崇禧赴台，但真正到任后，白崇禧并未获得与职务相称的实权，先后被安排在相对虚化的位置上，行动也受到严密监视。

1966年12月2日，白崇禧在台北家中去世，终年74岁。关于其死因，后来一直存在不同说法。蒋介石曾在公祭仪式上致祭，并题写“轸念勋猷”。只是当年重庆那场争执留下的裂痕，早已随着桂系败退、李宗仁出走和白崇禧失去兵权，沉入了国民党败退台湾前最复杂的一段权力纠葛之中。