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在企业的经营模式中，总分机构模式是常见的一种：总公司设立多个分支机构，总公司负责整体战略、核心业务和重大决策，分支机构负责特定地区或市场的业务活动。总分机构模式有助于企业有效地扩大业务范围，提高市场响应速度，增强竞争力。然而，在总分机构模式下，部分企业未能准确把握增值税即征即退等税收优惠政策的适用条件，未对优惠项目进行单独、准确核算，导致产生税务风险。

典型案例

位于X省的M新能源发展有限公司从事新能源发电及电力供应，经营项目主要为风力发电项目。M公司总部负责整体战略，设立多个分支机构负责X省各地市的风力发电项目。税务部门在对M公司进行风险管理过程中发现，M公司总部于2024年底申请增值税留抵退税2311.63万元，但其增值税申报收入极少。进一步分析企业申报和发票信息，税务部门发现M公司增值税由分支机构在生产经营地独立纳税，2024年按照项目核算，享受了增值税即征即退优惠。

通过数据比对以及约谈M公司财务人员，税务部门发现M公司总部增值税进项税额主要源于风力发电机组、建筑安装等项目的建设支出，但总部无实体发电项目，未产生对应销项。M公司分支机构在生产经营地独立纳税，但受M公司统一采购影响，将前期费用归集到总部，存在成本费用归属与优惠主体不匹配的税务风险。

成本费用归属与享惠主体不匹配

享受增值税即征即退优惠的前提，是对优惠项目进行单独、准确的核算。这一要求在总分机构模式下尤为关键，也最容易被忽视。

在现行政策下，企业享受新能源发电项目增值税优惠，应依据批准日期和项目类型分情况适用税收政策。就风电项目而言，根据《财政部 海关总署 税务总局关于调整风力发电等增值税政策的公告》（财政部 海关总署 税务总局公告2025年第10号）规定，原陆上风电增值税即征即退50%政策执行至2025年10月31日；自2025年11月1日—2027年12月31日，对纳税人销售自产的利用海上风力生产的电力产品，实行增值税即征即退50%的政策。

因此，M公司能否适用即征即退优惠，须依据其项目类型和建成投产时间严格判定。企业2024年销售自产的利用风力生产的电力产品等，可按照政策规定，适用增值税即征即退50%的政策。自2025年11月1日起，企业仅销售自产的利用海上风力生产的电力产品，可按照政策规定适用增值税即征即退50%的政策。

《财政部 税务总局关于出口业务增值税和消费税政策的公告》（财政部 税务总局公告2026年第11号）明确，纳税人应当分别核算增值税免抵退项目和增值税即征即退、先征后返（退）项目，并分别申请适用增值税免抵退税和即征即退、先征后返（退）政策。也就是说，对于M公司分支机构符合条件的风力发电项目，企业必须对项目的进项税额进行单独核算，才可以享受增值税即征即退50%的税收优惠。

案例中，M公司分支机构的风力发电机组、建筑安装等前期建设支出的进项发票，因统一采购并集中开具发票至M公司总部，未随业务实质开具至对应的分支机构，导致进项税额的归属与实际经营主体严重脱节，风电项目进项税额未单独核算，分支机构错误享受了增值税即征即退优惠。同时，M公司总部无对应销项，导致其存在大量留抵税额，取得2311.63万元留抵退税。总部与分支机构因进项错配，造成总部错误享受了增值税留抵退税优惠。

税务部门对M公司财务人员进行政策辅导，告知其增值税即征即退项目的进项税额应单独核算，不得归集至总部。M公司总部调整费用后，按照《国家税务总局关于办理增值税期末留抵退税有关征管事项的公告》（国家税务总局公告2025年第20号）规定，通过电子税务局提交《缴回留抵退税申请表》，于2025年11月缴回不符合规定的留抵退税2311.63万元，并优化内部费用分摊机制。

建议企业合规核算收入和成本

今年1月1日起，增值税法及其实施条例施行，企业需要注意增值税法有关征管要求，在日常申报中确保核算合规、分录准确，避免在政策衔接期存在理解偏差，导致产生税务风险。根据《财政部 税务总局关于增值税法施行后增值税优惠政策衔接事项的公告》（财政部 税务总局公告2026年第10号）规定，对纳税人销售自产的利用海上风力生产的电力产品，实行增值税即征即退50%的政策，继续执行。

笔者提醒，享受优惠的风力发电项目，须与其他非优惠项目分别核算收入和成本，并对管理费用、财务费用等期间费用按照合理标准进行分摊。若费用归集与财务核算混乱，企业不仅面临优惠资格丧失的风险，还可能因成本费用核算不准确，导致各项目应纳税所得额失真。

企业在取得进项发票时，应按照受益项目和受益主体进行归属认定，确保进项税额跟着业务走、票据跟着项目走。建议企业从项目立项阶段建立独立的财务核算体系，按项目确认收入、归集成本、分摊费用。同时，定期对各项目核算的准确性开展内部审查，重点核实进项税额归属是否与业务实质一致、期间费用分摊是否有据可依，做到账证相符、账实相符。

版权说明

本文来源：中国税务报，作者：赵喆、朱珈琳，作者单位：国家税务总局郑州航空港经济综合实验区税务局，原标题：《总部申请留抵退税，分支机构即征即退进项错配，企业错误享受增值税优惠》。关注【明税】订阅更多内容。