顺治年间，赣州府城，南赣巡抚衙门面对的并不是一省常规政务，而是赣、粤、闽、湘交界处反复出现的盗乱与流民问题。此时的江西，既有江西巡抚，也有南赣巡抚。两块牌子同时存在，并非官场重叠，而是清初地方治理尚未定型的一个缩影。
很多人看到“两个巡抚”，容易以为其中一人是另一人的属官。实际情况并非如此。清初部分地区的巡抚，仍带有明代地方军政区划的遗留色彩，有的按全省设置，有的则按军事形势与地理区域设置。二者在名义上同为封疆大吏，彼此没有直接的上下隶属关系。
江西巡抚负责的范围较广，辖及全省大部分府、州、县，重点在钱粮、刑名、吏治、民政等事务。南赣巡抚则驻扎赣州，管辖赣州、南安一带，并兼顾江西、湖广、广东、福建交界的部分地区。
这片区域很特殊。
山岭相连，省界交错，交通不便。明末清初局势动荡，地方武装、流民和盗匪活动较多，单靠省级文官逐层办理，往往缓不济急。朝廷因此设立南赣巡抚，赋予其“提督军务”的名义，使他能够直接调度将领、整顿营伍，并根据形势决定招抚还是进剿。
有意思的是，南赣巡抚并不是单纯的军事长官。他同样要处理安置流民、恢复生产、审理案件等事务，只是军事职能特别突出。其麾下还设有抚标，即由巡抚直接统辖的绿营兵，遇到紧急情况可以迅速出动，不必完全等待江西巡抚层层转报。
若把当时的地方行政比作一张尚未缝合的地图，江西巡抚管理的是“省”，南赣巡抚盯住的则是“边”。两者分工的依据，不是官职高低，而是治理对象不同。江西巡抚处理常规政务，南赣巡抚专注于边区军政与治安，必要时也会与周边省份的官员协同办事。
康熙初年，制度开始发生变化。顺治十八年，也就是1661年，清廷在多地设置总督，督抚之间的职责重新调整。总督逐渐成为跨省军政长官，巡抚则更多承担一省民政，但这并不意味着巡抚从此完全不能过问军务。
清代官制不能简单概括为“总督管军、巡抚管民”。在不同阶段，巡抚的兼衔和权限并不相同。康熙元年，部分巡抚因各省设置总督，取消“提督军务”旧衔，改兼工部尚书或侍郎衔，军事节制权随之受到限制。
南赣巡抚的尴尬，也正是在这个变化中出现的。原本他依靠区域性军政权力存在，总督出现后，军务逐步归入总督体系，江西巡抚的权限也被重新界定。南赣这一专门设置的必要性下降，康熙四年，即1665年，南赣巡抚与宁夏、凤阳、登莱、勋阳等区域性巡抚一并裁撤。
康熙六年，江南、湖广、陕西完成分省调整后，清廷逐步形成每省设置一名巡抚的格局。三藩之乱期间，勋阳巡抚曾一度恢复，但那属于战时安排，并没有改变区域巡抚逐渐退出常制的趋势。
巡抚制度稳定下来后，另一个容易被忽略的问题浮现出来：巡抚究竟是什么品级，又能不能调兵？
早期答案并不统一。雍正八年以前，巡抚品级常常取决于所加的都察院职衔。加右副都御史衔、右佥都御史衔，品级各有不同，不能用后来固定的标准倒推清初。
雍正八年，即1730年，清廷规定巡抚统一为从二品；加兵部侍郎衔者为正二品。乾隆十三年以后，巡抚通常兼都察院右都御史衔。到了乾隆中期，绝大多数巡抚又例加兵部侍郎衔，因此正二品逐渐成为常态。
兵部兼衔不是装饰。它关系到巡抚能否节制绿营、调动地方军队。雍正元年，巡抚重新普遍加兵部侍郎衔，军政权限得到恢复。没有总督驻扎的省份，部分巡抚还会兼提督衔，实际承担更重的军事责任。
巡抚的日常职掌，概括起来就是“综理教养刑政”。钱粮征收、河工水利、案件审理、学校科举、地方官考核，都在其职责范围之内。遇到战事，还要负责粮饷供应、兵员调度与善后安置。
此外，盐政、漕政、关税以及地方考试，也可能由巡抚监督办理。所谓“一省文职无所不统”，说的正是他对布政使、按察使以及各府州县文官的考察和统筹。
乾隆十八年，甘肃巡抚被裁，由陕甘总督兼理巡抚事务；随后，四川、直隶也采取总督兼巡抚事的办法。此后，清代逐渐形成八总督、十五巡抚的基本格局。清初那种一省多抚、分疆而治的局面，便成为特定时代留下的制度痕迹。
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