《全面战争：幕府将军2完全版》发售后遭遇集中差评。统计时，其Steam页面的677篇用户评价中，只有19%为好评。玩家的批评主要涉及画面处理、故障和运行表现；原版《全面战争：幕府将军2》也已从Steam商店下架。

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有玩家质疑新版画面采用了效果欠佳的AI放大处理。一张单位卡片的对比引发讨论：原版中留胡子的骑马武士，在新版画面里，鼻子和胡须被玩家形容得像另一种头盔形状。部分新增图像还被质疑出现六指等异常。不过，这些问题是否由生成式AI造成，目前仍是根据画面作出的判断。

技术方面，玩家记录了原版已有的漏洞和新版出现的新故障。还有较多反馈认为，新版的运行表现甚至不如旧版。购买新版也需要比购买原版多付10美元。

随着原版从Steam商店下架，新玩家已无法在商店选择购买旧版；此前持有原版的玩家仍可下载并游玩。