1644年，清军入关。从山海关到北京城，一路上几乎没有遇到像样的抵抗。但此时这个新政权真正能控制的地方，不过中原和辽东的一部分。
此后的一百多年里，几代皇帝把目光投向了长城以外、戈壁以西、雪山之南的广阔地带，一片一片地打，一块一块地收，到乾隆年间，将一个以中原为核心的政权，推到了面积超过一千三百万平方公里的规模。
努尔哈赤起兵的时候，建州女真的地盘不过辽东东部的一片山地河谷。他的儿子皇太极完成了对漠南蒙古的收服，蒙古各部陆续归附，草原上的骑兵从此被编入了八旗体系之中。这一步的意义不在于多占了多少草场，而在于中原政权北面的那道屏障，从对等的邻居变成了可以调动的力量。
真正把疆域向外推的，是康熙。三藩之乱平定之后，台湾在1683年归入版图。但康熙花心思最多的地方在北方。漠北的喀尔喀蒙古被准噶尔部的噶尔丹击败，部众向南逃入清朝境内。康熙没有把这些人简单地安置了事，而是借此把漠北收了进来。
1691年，多伦诺尔，康熙与喀尔喀各部贵族会盟，按照漠南蒙古的编制方式，将喀尔喀编为旗，设盟，喀尔喀三部正式纳入盟旗体系。盟旗不是虚衔，它意味着牧地的边界由朝廷划定，札萨克（旗长）的承袭要经过朝廷认可，兵丁的征调有明确的数额。草原上的部落联盟，从此被编入了一套可以管理、可以统计的行政框架。
和准噶尔的仗打了很久。1696年，康熙亲征，清军三路出塞，西路军在昭莫多与噶尔丹的主力遭遇。
八万清军面对的是人数远少于己方的准噶尔骑兵，战斗的结果是噶尔丹的妻子阿努死于阵中，两千多人被击毙，两千多人被俘，噶尔丹只带了几十个人逃走。漠北的威胁暂时解除，喀尔喀的归附也稳固了下来。
准噶尔汗国在鼎盛时期控制的范围，东起青海，西到塔拉斯草原，北过阿尔泰山，南抵帕米尔，面积接近四百万平方公里，统治区域涵盖了今天的新疆全境、蒙古高原西部，以及中亚的大片土地。这是一个有火器、有农业、有商业的复合型政权，不是简单的游牧部落。清朝与它之间的战争，断断续续打了几代人。
转折出现在乾隆年间。准噶尔内部陷入长期的继承纷争，又碰上北疆流行的天花，人畜大量损耗。1755年，清军趁乱进入伊犁，俘获了准噶尔首领达瓦齐。但局面并没有立刻安定下来，阿睦尔撒纳起兵反叛，清军再次进剿。到1757年，阿睦尔撒纳逃入沙俄，死于天花，准噶尔汗国就此终结。
天山南路的大小和卓随即举兵。1758年，清军南下，围攻叶尔羌。兆惠率领的部队在城下陷入苦战，一度被围困在营垒之中，直到援军赶到才解围。战事持续到1759年，大小和卓兵败，逃入巴达克山，被当地首领擒获。
天山南北至此完全纳入清朝的直接管辖之下，西域从此被称为“新疆”，伊犁将军驻节惠远城，统辖天山南北的军政事务。从1759年开始，清朝的疆域面积达到了一千三百万平方公里左右，这个数字维持了将近一百年。
西藏的纳入方式和蒙古、新疆都不太一样。清朝没有在西藏派驻大量军队长期驻守，而是通过一套制度把中央的意志嵌进当地的政治和宗教结构之中。
1727年，雍正派出僧格和马喇两位大臣常驻拉萨，这是驻藏大臣制度的开端。驻藏大臣不是象征性的差遣，他们参与西藏日常事务的管理，监督财政，过问官员的任免，在后来权力逐步扩大。到乾隆年间，《钦定藏内善后章程二十九条》颁布之后，西藏地方的事务由驻藏大臣统管。
另一项制度是金瓶掣签。活佛转世在藏传佛教的政治结构中意味着权力和财产的继承，谁来认定转世灵童，谁就握住了当地权力传承的关键环节。
乾隆年间确立的办法是，将候选灵童的名字写在签上，放入金瓶，由驻藏大臣主持掣签，掣出的结果报朝廷批准。一个瓶子放在拉萨大昭寺，一个放在北京雍和宫。这套程序把转世认定从地方势力的操控中剥离出来，交到了中央派出的官员手中。
清朝对边疆的管理，没有用一套办法去套所有地方。蒙古用盟旗，西藏用驻藏大臣和金瓶掣签，新疆用伊犁将军，东北则设盛京、吉林、黑龙江三个将军辖区。每一个区域的管理方式，都是根据当地原有的社会结构、宗教形态和地理条件来设计的，不是把内地的州县制度硬推过去。
理藩院是这些事务的中枢。这个机构最初只管蒙古事务，后来职权扩大到西藏、新疆以及西北、西南的少数民族地区，与六部平级，官员和办事人员将近两百人。
从漠北的旗札萨克承袭，到西藏的僧俗官员任免，到新疆伯克的铨选，许多事情的最终决定权落在理藩院和皇帝手中。这套从中央到边疆的行政链条，让一千万平方公里以上的土地不再只是地图上的着色，而是有了可以运转的治理。
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