《塞尔达传说：时之笛》的三维化开发比任天堂预想中更加复杂，游戏未能按原计划于1997年末推出，最终延期至1998年11月。整个制作过程历时约两年半，在当时属于异常漫长的开发周期。

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《超级马力欧64》推出后，任天堂将该团队的大量人才调往塞尔达系列，希望推动另一项核心品牌进入三维时代。不过，构建三维开放世界、实现视角锁定和昼夜循环等工作的复杂程度超出预期，项目规模也随之扩大。

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岩田聪回忆，开发人员面对延期并非只有挫败，有时还会因为获得额外时间而欢呼。增加的每个月都可以用于加入新机制、打磨迷宫并改善游玩体验，但他也承认，如果开发无限拖延，团队士气最终仍会受到影响。

宫本茂将这次开发形容为一场难以估算成本和最终规模的探索。当时业界缺少成熟的三维冒险游戏范本，预算负责人即使能够判断资金流向，也无法保证作品是否有趣。这篇回顾认为，这个一度如“无底洞”般消耗时间和资源的项目，最终为后来的三维冒险设计奠定了重要基础。