在《忍者神龟：最后的浪人》这条暗黑未来线里，四只神龟没有一只活到最后。米开朗基罗是唯一的幸存者，而他的三个哥哥和师父斯普林特，都在这条时间线上先后死去。
这条线由凯文·伊斯特曼和汤姆·沃尔兹创作，被视作神龟版的《黑暗骑士归来》——一个不是所有人都能像巅峰时期那样活下来的残酷未来。故事的核心是一场复仇：米开朗基罗背负着所有逝者的记忆，一路杀向仇人。而在这条路上，每一位神龟的结局都被逐一交代。
最先死去的是拉斐尔。斯普林特师父在一次伏击中被重伤，这激怒了拉斐尔，他追上去正面撞上当时的脚帮首领、奥罗库·沙凯（施莱德）之女奥罗库·卡拉伊，结果身负致命伤，被丢进东河。卡拉伊活了下来，但也受了重伤，后来陷入昏迷，最终死在自己心怀怨恨的儿子奥罗库·广人手里。
广人接管脚帮，十年过去，接下来轮到莱昂纳多和多纳泰罗。多纳泰罗与斯普林特前往日本，以为是要与脚帮进行和平谈判；莱昂纳多则留在纽约，下一场悲剧就在那里发生。
在巴克斯特·斯托克曼的部队袭击下，莱昂纳多、凯西·琼斯和爱普莉尔·奥尼尔迎战斯托克曼的 Synjas，他们当时正在追踪扎伊顿·霍尼卡特。霍尼卡特试图自毁其机器人躯体，斯托克曼却让蜘蛛鼠爆炸替他完成这件事，随后的爆炸夺走了莱昂纳多和凯西的性命，还让当时怀有身孕的爱普莉尔落下伤残。
另一边，和平谈判如预料般破裂。斯普林特和多纳泰罗抵达约定地点滨户村，随即遭遇原良和广人的进攻，脚帮忍者倾巢而出。两人奋力反击，最终被脚帮的弓箭手杀死。
米开朗基罗被留了下来。作为最小的成员，他被兄弟们的记忆纠缠，被幸存者的愧疚折磨，在摇摇欲坠的状态下继续反击广人的部队。他并不孤单：活下来的爱普莉尔、在旧躯壳被毁后以意识形式存续的霍尼卡特，以及凯西与爱普莉尔的女儿凯西·玛丽·琼斯，都与他并肩。凯西·玛丽因长期与神龟相处而带有类似父亲的变异基因，甚至显露出成为他传人的潜质。
米开朗基罗把兄弟们和斯普林特的信物几乎全部带在身上投入战斗，这些遗物在他一步步逼近目标的过程中，确实成了他战斗的关键。他的个人目标是杀死广人——那个最主要的未了结之处，然后在死前让自己的良心得到安宁。
在《最后的浪人》第5期的最终对决中，两人把战斗拖进下水道。真正给双方都造成最后致命伤的，是广人——他引爆了带电冲击，随后又引爆了铠甲中的爆炸。
米开朗基罗留下了斯普林特的日记。凯西·玛丽把日记带到他面前，恳求他不要死，求他留下来继续教她。米开朗基罗只是翻过封底，露出那句意味深长的话——“知悉安宁”（Know Peace），然后在凯西·玛丽面前流血而死。爱普莉尔随后看到了他没有生命的身体，而他濒死的意识里，重演着年少时与其他神龟在一起的记忆。
“迈基”战斗到最后一刻，也确保自己没有辜负逝去的兄弟。所幸凯西·玛丽已经开始抚养自己的继承者一代——乌诺、奥丁、易和莫贾，她像米开朗基罗教她那样，把忍者训练传给他们。迈基可以回到兄弟们身边了，因为他已经为他们的遗志复仇；而新一代忍者神龟，正在《最后的浪人II：再进化》《训练日》以及尚未面世的《最后的浪人III》中登场。
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