1853年，杨秀清率领的太平军抵达了南京城下。3月19日凌晨，仪凤门城墙被炸开两丈缺口，林凤祥率敢死队冲入城内。清军总兵程三光率部堵截，但被击毙。与此同时，李开芳趁清军主力北调，强攻防守空虚的聚宝门，控制南城。内外夹击下，外城守军溃散。
两江总督陆建瀛在外城拼命抵挡未果，失守后试图退入满城。他跟江宁将军祥厚商量，要求带绿营兵马退入满城协助防守。祥厚拒绝了，表示朝廷规定汉人禁止进入满城。并且，他们自己需要“护卫满城”，非旗人不得入内。陆建瀛无法，于是被杀。然后，祥厚振臂一呼，裹创复战，妇孺喋血，视死如归。直到非旗民的太平军进入满城为止……
江宁满城八旗兵以及他们的家眷并没全部被屠杀，这种丧心病狂的事也就他们自己能做出来。除了战死的，一部分从南京东门调城墙逃了。然后一些妇女害怕被太平军那啥，主动跳了护城河。杨秀清见状，派了一批小船去捞她们，然后送出城去。但是旗人妇女们并不相信，因为1644年他们的先祖就从来没有这么好心过，于是她们迈着大脚片子，又固执地跳了第二次护城河。杨秀清无奈了，只好勒令小船去捞了第二次，并且捞完后撤离护城河，这一批妇女就没能第三次跳河了，从此留在太平军中。
占领南京后，太平军搜查满城，又发现了一些父母双亡的八旗孤儿，反正他们也没地方去，所以也编入到了太平军中。因此，据信太平军中是有旗人士兵及家属的。
1855年，林凤祥、李开芳的北伐军最终在河北连镇覆灭。僧格林沁居然在俘虏中发现“内有江宁驻防旗人二名”，当时就头大了，这该如何处理？杀是不太好，不杀似乎说不过去。最后，将这二位旗丁带去京城“呈送奉命大将军，发交该旗，妥为办理”。后来不知所踪。
南京城陷，将军祥厚被杀，但是满清还是建立了江南大营、江北大营，围困并欲图重夺江宁。只是他们没想到时间有点长，十一年后，满清才重新进入南京。这个军镇还是必须要有的，于是，满清以四川提督苏布通阿暂署江宁将军。苏布通阿在南京周边搜集残存的江宁驻防旗兵逃出来的，最后得到八百多人。苏布通阿一年后在安徽太平府被石达开的西征军给击毙了。满清没办法，又派了一位八旗将军来担任江宁将军。这个新任领导江宁将军叫富明阿，字治安，乃是汉军正白旗人，这人可不一般，因为他的六世祖很出名，叫袁崇焕。
富明阿在扬州组建了自己的江宁驻防八旗，而这八百多江宁旗军也就成了原始股。然后与太平军搏杀了整整十一年。1864年，天京陷落，太平天国覆灭。八百江宁旗丁返回扬州，一点名仅剩三百来人。富明阿就以这三百能征善战之辈为基础，重建正儿八经的江宁驻防八旗。
这三百来人的旗丁继续在南京满城内繁衍生息，又过了五十年，辛亥革命。
武昌的枪声传到南京。江宁将军铁良和两江总督张人骏开始对新军第九镇（由徐绍桢统领）高度戒备，将其调至秣陵关并扣发弹药，仅每人发3-5颗子弹。因第九镇官兵受革命思想影响，是毫无疑问的“革命党”。1911年11月8日，官兵们鉴于形势，仓促起义进攻雨花台。但因弹药不足、内应失败，遭张勋江防营火力压制，伤亡数百人后撤退至镇江。
徐绍桢，明初猛将中山王徐达第14世孙。
起义失败后，徐绍桢赴上海与同盟会中部总会商议。上海方面认为“南京之得失，关乎革命全局”，决定组建江浙联军，推举徐绍桢为总司令，联合苏、浙、沪、镇等军队共约2万人，计划再次攻宁。联军总司令部设于镇江，并联络海军舰艇协同作战。
联军部署分为三路：镇军主攻天堡城，浙军攻朝阳门、孝陵卫，苏军攻雨花台，沪军与粤军负责侧翼支援及控制长江水道。11月24日，联军发起总攻，镇军黎天才部率先突袭乌龙山炮台，并借助内应官成鲲的策反，未伤一兵一卒夺取幕府山炮台，随即调转炮口轰击城内清军指挥部。
南京外围要塞中，天堡城之战最为惨烈。这座位于紫金山半山腰的堡垒由清军重兵把守，配备重炮和机枪，联军敢死队192人在11月30日发起多轮冲锋，牺牲164人后于次日凌晨攻占该地。控制天堡城后，革命军以缴获的火炮轰击朝阳门、太平门等清军阵地，同时苏军攻占雨花台，形成三面夹击之势。张人骏、铁良见大势已去，连夜逃往下关，张勋率残部从汉西门逃往徐州，城内残存清军仍以冷兵器顽抗，但已无力回天。
12月2日，联军分兵从太平门、仪凤门、聚宝门进入南京城，民众夹道欢迎，全城悬挂象征共和的五色旗。南京时隔58年再度宣告光复。
虽然现在南京已经不是中国的一线城市，位置早就已经让位给北上广深。但是在100多年前，南京是江南地区屈指可数的一号城市，并且也是象征性城市。因为自从洪武建都南京以来，它一直是大明陪都，也是南明小朝廷的立足点，同时也是整个江南地区的政权象征。谁占了南京，就有了占据天下泰半的号召力，并有与中原分庭抗礼的实力。
南京的最终收复，不仅摧毁了清廷在江南的统治核心，更使革命重心从武汉转向南京，为孙中山建立临时政府奠定基础。有学者指出，若无南京光复，清帝退位进程或将大幅延缓。
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