1942年6月，日本海军联合舰队从中途岛海域撤离时，海面上还漂着燃烧的残骸。赤城、加贺、苍龙、飞龙四艘航母接连沉没，南云忠一苦心经营的机动部队，几乎在数小时内被打断脊梁。真正难以弥补的，不只是舰艇损失，更是那批随舰葬身海底的老练航空兵。
这场战役中，美军约有307人阵亡，损失“约克城号”航母、“哈曼号”驱逐舰，并损失约147架飞机。日军方面，四艘主力航母和重巡洋舰“三隈号”沉没，人员死亡约3057人，飞机损失在两百余架至三百余架之间，具体统计因口径不同而有差异。
数字看着冰冷，背后的差别却很大。日本损失的飞行员数量并非远超美军，但其中相当一部分是经过长期训练、参加过中国战场和太平洋初期作战的老兵。他们熟悉舰载机起降，也懂得在恶劣天气下编队突击。这样的人员，不能靠几个月训练迅速补齐。
中途岛之后，日本海军仍有舰艇和飞机，却失去了最宝贵的“熟练层”。新飞行员不断补入，训练时间却被战争压缩，教官又越来越少。飞机性能、燃料供应、维修能力等问题，也逐渐暴露出来。换句话说，损失并不是战报上那几千人的简单相加，而是整个作战体系被削弱。
更棘手的，是这场败仗不能公开承认。日本军部对国内发布的消息极为谨慎，把中途岛方向的行动包装成胜利，并突出阿留申群岛方向的战果。普通民众难以接触前线信息，自然无法判断舰队究竟发生了什么。
可是，参加过战斗的人心里明白。航母为何失火，战友去了哪里，哪些舰艇没有返航，前线官兵不可能完全忘记。军方于是采取了严格的保密办法，对归国人员进行分流和管控，伤员被安排在指定地点治疗，能够接触外界的范围也受到限制。
关于“伤员被普遍羞辱”“所有士兵终身不得写信”等说法，后来的叙述中有夸张成分，不能一概而论。但日本军队确实重视服从和保密，许多官兵无法向家属说明真实经历，阵亡消息也常被含糊处理。对一个战败者而言，沉默本身就是另一种压力。
没有受重伤的人员，也并非都能回到原部队休整。许多人被重新编入舰艇、航空队或岛屿守备部队，随后被派往南太平洋各地。随着战线拉长，这些岛屿往往缺少补给和空中掩护，守军既要防御，又要等待一场几乎不会到来的救援。
有意思的是，日本军部并未把中途岛视为必须彻底反思的失败，反而试图用调动和宣传遮住裂缝。官兵被继续投入新的战场，国家机器照常运转。对于普通士兵来说，战略判断失误并不会由决策者直接承担，代价往往落在守岛、运输和突击部队身上。
南云忠一也没有因中途岛失利立即被处死。他在战后不久被调离第一航空舰队指挥岗位，后来仍担任重要海军职务。需要说明的是，中途岛作战并非南云一人决定，山本五十六制定的整体计划、兵力分散以及情报判断，都影响了战局走向。
1944年，南云忠一被派往塞班岛。美军登陆后，日军守备部队在持续轰炸和围攻中逐步崩溃。7月7日，塞班岛日军组织大规模突击，南云在战局无望后自杀，死时57岁，随后被追授海军大将。
山本五十六的结局更早到来。1943年4月18日，他前往视察所罗门群岛一带部队，座机遭美军战斗机拦截并被击落，终年59岁。那次行动后来被称为“复仇行动”，也使日本海军失去最高层最具声望的指挥官之一。
中途岛的惨败没有立即让日本海军停止作战，却让它从主动进攻转入艰难支撑。舰艇可以补造，飞机可以生产，唯独经验丰富的飞行员和成熟的指挥体系难以迅速再生。那些从海战中幸存下来的人，有的被送往遥远岛屿，有的继续执行危险任务，还有许多人直到战争结束，仍未能把真实经历完整告诉家人。
