新疆自古以来就是我国的领土，早在西汉的时候，汉朝中央政府就在西域，也就是现在的新疆地区设立了西域都护府，由中央政府派遣官员，具体处理新疆各少数民族的事务，对这里进行管理。
近代以来，由于战略地位的重要性，周边列强对新疆虎视眈眈，英国，沙俄都想染指新疆。清朝末年，沙俄曾经趁乱占领了新疆伊犁，但是在清末重臣左宗棠的强硬态度下，沙俄势力最终退出了伊犁，左宗棠成功收复了新疆。
民国时期，虽然内地的各大军阀相互征伐不断，但是新疆的历任统治者都施行了很巧妙的政策，周旋于列强之间，并没有让新疆脱离中央的控制。
解放战争末期，国民党新疆警备区司令陶峙岳，国民党新疆省主席包尔汗率领十余万国民党军还有国民党在新疆的官员起义，新疆的国民党军部队被改编为解放军第22兵团。
新中国刚刚成立的时候，中国施行了一边倒的外交政策，也就是全面倒向以苏联为首的社会主义国家，对苏联十分信任。由于当时中国的教育比较落后，所以很多少数民族地区的学校用的都是苏联的书籍，这也为后来的事情埋下了隐患。
当时苏联的领土范围很广，新疆周围一圈都被苏联包围，仅新疆伊犁地区和苏联的边界线就长达数百公里。出于对苏联的信任，这些地区基本上是处于有边无界，有边无防的状态，也就是说在中苏边界一没有边防，二没有驻军，两边的老百姓可以相互来访，也没有人去过问或者阻拦。
苏联则利用中国对其高度信任，不断地对新疆，尤其是伊犁施加影响，还通过发展苏侨贸易和文化贸易，增加对新疆地区的经济影响和文化影响。苏联还通过来往的侨民，向新疆宣传苏联优越的物质生活。
1959年，由于苏联不断地向外推行霸权政策，遭到了中国的强烈反对，双方的关系立刻变得紧张起来，苏联开始召回援华专家，在中苏边境地区屯兵百万，给中国边防部队造成了很大的压力。
与此同时，双方一直搁置的领土争议问题也被提了出来，后来还一度爆发了珍宝岛自卫反击战。
中苏关系紧张之后，苏军开始积极进行边防工作，对边境全线进行实地调查勘测，增设边防哨所和兵力，加强巡逻，加高岗楼，并从数处地方越过边界向中方推进，不断地向中国边境领土进行蚕食。
在历史上，很多的苏联老百姓曾跑到新疆，这些人主要是俄国十月革命后，逃往中国的白俄败兵和白俄贵族，还有一部分是上世纪30年代，苏联推行农业集体化，对富农进行驱逐和破坏，这些富农很多也都跑到了中国，其中相当一部分跑到了新疆地区，这些人虽然生活在这个，但都是苏联的侨民。
第二次世界大战期间，为了抵抗纳粹德军的侵略，1.8亿人口的苏联伤亡了近6000万人，使得劳动力严重短缺，男女比例严重失衡的现象对现在依然有着深远影响。
中苏关系好的时候，苏联人召回这些苏联侨民的方法还比较文明，但是中苏关系恶化后，苏联为了召回这些在中国的苏联侨民，补充人口，开始无所不用其极。
上世纪60年代，苏联通过集体农庄，区乡政府的老百姓，向新疆各地投递信件和包裹，这里面不仅仅有很多宣传片，还有很多的食物，小商品，宣传苏联物质生活的优越性，鼓动侨民叛逃到苏联去。
苏联最开始还只是鼓动侨民回去，但之后苏联在新疆的领事馆开始向其他人发放侨民证，鼓动他们叛逃到苏联。苏联还在中苏边境地区设置了大量的广播电台，用多种语言鼓动当地的老百姓叛逃。
除此之外，苏联还派克格勃一些间谍潜伏进来，对一些高层人物进行策反。比如新疆军区副参谋长祖农太也夫少将和马尔果夫·伊斯哈科夫少将以及40多名校级、尉级军官都被这些间谍策反。
祖农太也夫，马尔果夫·伊斯哈科夫两位将领都是1955年被授予少将，两人被授予少将的时候都才三十多岁，十分年轻。马尔果夫·伊斯哈科夫还曾担任过伊犁军区的司令员，他们在伊犁，塔城等地区有很大的影响力，经常利用自己的特殊身份游走于边境牧场，煽动一些老百姓进行叛逃。
1962年4月22日凌晨，数十名拖家带口的边境牧民来到了霍尔果斯口岸，要求到苏联一侧去。随后成千上万的老百姓都朝着边防站涌来，纷纷要求到苏联一侧去，这显然是一次早有预谋的叛逃事件。
在边民进行叛逃的时候，苏军在边界上有组织，有计划，有步骤地安排开口子，接送，安置外逃的边民。苏军在夜间用探照灯，红绿信号弹或用汽车灯照明，指示逃跑方向，白天用高音喇叭引导，苏军还派出大量的卡车去接送这些外逃人员，进行登记、发钱、发粮，并很快将他们内送安置于各地的集体农庄。
当时毛主席听到相关汇报后，并没有太大的反应，说：“人把手都伸进来了，我看愿意走得不要硬留，我就不相信那边是天堂。可能现在很多人不理解，但是十年后，二十年后，三十年后，大家都会明白的。”
当时，新疆军区要求惩处祖农太也夫和马尔果夫·伊斯哈科夫等叛逃军官，但也被毛主席否决，并指示不但不能阻拦，还要开欢送会，欢迎他们走。
仅仅三天的叛逃，就跑了六万多人，使得40多万亩农田没有来得及春耕，新疆地区地广人稀，这次叛逃致使有的县跑得就剩下百余人，基层政权一度陷入解体的状态，漫山遍野都是无主的牛羊。
当初这批叛逃的人大都没有什么文化，所以在苏联过得也一般。1991年苏联解体后，苏联各加盟国经济全部崩溃，卢布形同废纸。当年叛逃的很多老百姓生活过得很不好，纷纷又涌到中苏边境，想要回来生活，但是遭到了边防部队的拒绝，理由是他们已经主动放弃了中国国籍。
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