1930年7月，马仲英悄悄由内地返回宁夏。当时宁夏军政大权掌握在马鸿宾手中。出于多方考量，马鸿宾接纳了马仲英，并且任命他担任教导队队长。给了马仲英一个暂时安身的落脚点。
早在马仲英离开西北的这段时间，他的族侄马谦已经取得马鸿宾的委任，出任肃州、甘州警备司令，马仲英当年带出的大部分旧人马，都跟随马谦进驻甘州，也就是今天的张掖，马仲英清楚，如果想要东山再起，就必须前往河西走廊，收回原先归自己指挥的旧部人马。
回到宁夏之后，马仲英便暗中派人联络散落在各处的老部下，传递自己准备起事的消息。经过三个月的秘密筹划，1930年10月，马仲英从宁夏集结起一百多名愿意追随他的旧部，正式动身向西进发，开启河西起事之路。
大军抵达甘州之后，马仲英对外打出“甘宁青联军总司令”的旗号。此时马仲英的目标已经十分明确，他打算顺势接过河西地区的指挥权，收回马谦手中的兵权。马谦察觉到马仲英前来甘州，意在夺取自己苦心经营的地盘，内心充满戒备，不愿意将警备司令的权力拱手让出。双方表面上依旧维持同族亲属的关系，暗地里矛盾已经一触即发。
拿下甘州之后，马仲英继续向西扩张势力范围。他出兵收编了驻扎甘州、肃州两地的高振邦所部武装。地盘扩大之后，为了扩充兵员，马仲英开始在甘州、肃州辖区之内征召壮丁入伍。经过一轮扩军，他麾下部队人数迅速增长，总兵力接近五千人。一时间，河西走廊中部、西部大片区域被马仲英掌控。
马仲英在河西走廊迅速做大，引起了青海新编第九师师长马步芳的警惕与忌惮。马步芳早已将河西走廊视作青海向外发展的关键通道，绝不允许另外一支马家势力长期割据甘州、肃州，威胁自己的战略利益。
1931年4月，马步芳亲自率领青海部队向东出击，进入甘肃河西，在张掖扁都口一带，同马仲英的部队展开大规模激战。经过数轮战斗，马仲英的军队在民乐县三堡附近被马步芳击溃，部队损失惨重，无力继续守住甘州。战败之后，马仲英只能带领残余部队向西撤退，一路退往肃州，也就是今天的酒泉地区，随后以嘉峪关内外的区域作为自己新的根据地，休养生息，重整旗鼓。
退守肃州之后，马仲英开始着手对麾下军队进行全面整顿。此前他的部队辗转各地作战，人员构成复杂，军纪松散，部队当中长期带有浓重的流寇习气。为了改变这一局面，马仲英严申军纪，制定相应的规章约束士兵行为，努力革除军队当中遗留下来的“匪气”。
除此之外，他专门在肃州城内设立一处招贤接待处，对外广纳各方人才。凡是前来投奔的人士，不论过往身份经历，只要愿意辅佐他，都可以得到接待。
在这批幕僚的建议之下，马仲英决定在酒泉建立“河西省”，并且由他本人就任河西省主席。马仲英打算以河西西部七县作为长期根据地，建立起一块属于自己的地方。
就在马仲英经营肃州，积蓄力量的时候，千里之外的新疆陷入了动荡不安的局面。当时执掌新疆省政的省主席金树仁，开始在哈密地区推行改土归流政策。直接触及哈密王的传统特权与既得利益，哈密地方势力随即起兵反抗金树仁的统治，哈密战事爆发，新疆东部战火燃起。
哈密王派出尧乐博斯一行人作为代表，长途跋涉来到肃州，专程拜访马仲英，向他发出入疆的邀请，希望马仲英可以带兵进入新疆，协助哈密武装攻打金树仁的省军部队，推翻金树仁在新疆的统治。
此时马仲英刚刚在河西被马步芳击败，甘州已经失守，肃州根据地的发展空间有限，向西进入新疆，恰好给了他一条新的出路。双方很快达成共识。
1931年6月下旬，马仲英挑选一千余名精锐官兵，率领部队越过星星峡，第一次踏入新疆地界。进入新疆之后，马仲英部与金树仁的省军展开交锋，并且成功击败了省军。
但是新疆战局复杂，战事推进并不顺利，长时间的作战消耗了部队大量粮草与兵力。同年9月，马仲英留下马世明带领数百人的一支队伍驻守哈密，自己则带着一部分主力人马掉头东返，回到甘肃敦煌休整。
从新疆撤回河西之后，马仲英清楚自身想要长久立足，最好能够获得南京国民政府的正式承认。于是他派遣专人前往南京，面见蒋介石，向国民政府表达愿意服从中央调遣的态度。经过一番斡旋，南京国民政府最终决定将马仲英这支武装正式收编，授予其新编第三十六师的番号，任命马仲英为少将师长，并且划定高台、酒泉、金塔、鼎新、玉门、安西、敦煌七个县，作为新编第三十六师的驻防以及后勤补给区域。有了中央政府授予的正式番号与驻防地盘，马仲英的部队从一支地方割据武装，转变为国民政府管辖之下的正规部队，终于在河西走廊西部站稳脚跟。
拿到新编三十六师番号之后，马仲英立刻开启新一轮大规模整军行动。他首先清理部队内部人员，遣散了一批平日里为非作歹、纪律败坏的土匪与地痞恶棍，净化军队人员构成。
紧接着加强对全体士兵的思想教育和军事训练，每天安排操练，提升士兵作战素养。同时，他又在所管辖的七个县之内强征农家子弟三千余人补充兵源。
经过一段时期严格的整顿训练，新编第三十六师士兵的纪律意识明显增强，部队整体面貌焕然一新。完成兵员扩充之后，马仲英对全军进行重新编制，把部队划分为两个旅，由他的弟弟马仲杰出任第一旅旅长，姐夫马虎山出任第二旅旅长。军队架构搭建完毕，马仲英开始在驻防各县征收粮食，摊派各项款项，大批量储备军用粮草物资，为第二次带领军队西进新疆，做好充足的战前准备工作。
在马仲英练兵备战的这一段时间，新疆省内的局势再度发生重大变化。1933年，新疆爆发四一二政变，金树仁被迫下台，盛世才凭借手中兵权，成为新疆边防督办，掌握新疆军政实权。新疆内部各派势力矛盾愈发尖锐，多方力量互相攻伐，迪化也就是如今的乌鲁木齐，成为各方争夺的核心目标。马仲英看准新疆局势动荡的时机，认为第二次西征的时机已经成熟。
1933年5月，马仲英对外打出“解除新疆人民痛苦”的口号，亲自率领新编第三十六师一万官兵，从酒泉出发，再次越过星星峡进入新疆。
第二次入疆之后，马仲英的部队先后同新疆省军、白俄归化军、东北救国军等多支武装展开数次大规模战斗。战争初期，马仲英的部队接连取胜，一路向西推进，兵锋直指迪化，盛世才一度陷入被动。
但是随着战争不断推进，战场形势慢慢逆转，马仲英部队由胜转败，难以继续在天山以北立足，只能率领残余部队一路向南转移，撤往南疆地区。
转战南疆之后，马仲英又收编了驻防伊犁的步兵第八师，兵力规模一度扩张至一万五千余人，重新在南疆一带稳住阵脚，掌控了南疆大片区域。
1934年7月，也就是民国二十三年七月，南疆战事暂时平息，马仲英在身边数位进步人士的劝说与陪同之下，做出远赴苏联学习的决定。动身前往苏联之前，他将新编第三十六师的指挥大权，交到姐夫马虎山手中，嘱咐马虎山带领部队驻守南疆，等待他学成归来。就这样，马仲英离开新疆，经由边境进入苏联境内。
马仲英去往苏联之后，留在南疆的新编第三十六师成为一支独立的武装力量，由马虎山全权指挥。马虎山接管部队两年之后，在1936年，与维吾尔族师长麻木提结成同盟，一同起兵反对盛世才领导的新疆省政府。双方爆发激烈战争，最后的结局是马虎山、麻木提联军被盛世才指挥的军队彻底击败。随着这场战争失败，曾经声势浩大的新编第三十六师就此走向分化瓦解，这支由马仲英一手建立起来的部队，最终退出西北与新疆的历史舞台。
而远赴苏联学习的马仲英，自此便从国内的历史记载当中消失，再也没有回到中国。关于他后续的人生经历以及下落最终成迷。
2 张大军.新疆风暴七十年M.台北:兰溪出版社,1980 .
5 新疆维吾尔自治区档案馆.马仲英在新疆档案史料选编A.乌鲁木齐:新疆人民出版社,1997.
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