曹操组建了许多军队，派张辽率领其中一支新军，驻守长社（今河南长葛市东）。
临出发时，军中有人造反，乘夜在营中放火，全军都惊恐不定。
张辽对左右说：“不要乱动。这并不是全营的人都想造反，只是少数叛乱分子制造混乱，想扰乱军心。”
于是下令说：“凡没有参与叛乱的，都坐在那里，不要乱动。”
他率领数十名亲兵，从容地站在大营的中央，镇静地等待。
过了一会，全军都安定下来。
不久，捉到主谋的人，将他们处死，平息了叛乱。
当时，于禁驻军颍阴，乐进驻军阳翟。
二人与张辽都功高位显，意气用事，谁也不服气谁，经常为一些琐事争吵，互不配合，甚至发生摩擦，严重影响了军队的团结。
曹操任命司空主簿赵俨为参军，参与张辽、乐进、于禁三军军事。
赵俨运用规劝、疏导的方法，消除化解三人的矛盾，调解开导三人关系，终于使三位大将消除积怨，团结一心。
因赵俨治军有方，曹操从此经常任命他为都督护军，统率协调高级将领出外征伐。
曹操准备征讨荆州，派赵俨兼任章陵太守，为都督护军，监领于禁、张辽、张郃、朱灵、李典、路招、冯楷七路人马。
之后，赵俨担任丞相主簿，调任扶风太守。

征南将军马腾在三辅时，北防胡寇，东备白骑，优待士人，推荐贤才，怜悯救援百姓，受到三辅百姓爱戴。
后来，因部曲间互闹摩擦，马腾与异姓兄弟征西将军韩遂成为仇敌。
韩遂杀掉了马腾的妻子，马腾一怒之下，兵戈相向，二人连年交战。
建安十三年（208年），曹操派司隶校尉钟繇、凉州牧韦端前去劝和，并以马腾为前将军，改屯于槐里，假节，封槐里侯。
曹操将要南征荆州，对拥兵割据关中的马腾很不放心，议郎张既此时担任钟繇的参军事，于是被派去劝说马腾放弃军队，入朝为官。
马腾先是表示同意，但后来又犹豫不决。
张既担心马腾改变主意，就下令沿途各县准备粮草等物资，以供马腾路上需要，又命令各郡太守都到郊外去迎送。
马腾赶鸭子上架，情不得已，只好启程出发。
到邺城后，曹操上表封马腾为卫尉，封其子马超为偏将军，代替马腾统领部队，屯于原地，又封其子马休为奉车都尉，马铁为骑都尉，把马腾的家属全都迁到邺城。

孔融是顽固的拥汉派，自然看不得汉朝政权被曹操控制，便倚仗自己的才干与名望，屡次嘲笑、戏弄曹操，随意发表议论，褒贬人物，多与曹操意见不合。
孔融说话任意而为，无所顾忌，最惊世骇俗的当属“亲子无亲论”。
他说：“父亲有什么值得孝顺的？自己不过是他一时情欲冲动的产物罢了。母亲又有什么恩情呢？就好比一件器物暂时寄存在瓶子里，分离后跟瓶子还有什么关系呢？”
可以试想，如此大逆不道的话，就算在当世，也是让人无法接受的，何况当时的东汉，宣扬的可是以孝治天下的。
曹操攻占邺城后，儿子曹丕私自娶了袁熙的妻子甄氏。
孔融写信给曹操，说：“从前武王伐纣，把妲己赏赐给周公。”
曹操不明白是什么意思，问孔融这出于哪个典故。
孔融回答说：“按现在的状况看，不就是这样吗？”
曹操一听，才明白孔融纯属胡诌，拐着弯骂自己父子二人呢。
曹操北讨乌桓，孔融又讥笑他说：“大将军远征，还真是威风得很呢。从前肃慎族不进贡楛矢石砮，丁零族偷盗苏武的牛羊，有本事你也一并讨伐啊。”
曹操因为天下战乱不休，连年灾害不断，百姓粮食不继，饥民遍地，酿酒很耗费粮食，很早就上表朝廷，颁布了禁酒令。

孔融喜欢喝酒，又不喜欢曹操，就多次写信给他，抵制禁酒，言词之间随意调侃，傲慢无礼。
他说：“天上有酒旗星，地上有酒泉郡，人都有好酒之德，所以，尧不饮千钟就成不了圣人。而且，桀纣因为好色亡国，你怎么不下令大家都不结婚了呢？”
曹操因为孔融名重天下，表面上不得不容忍他的言行，心里却十分厌恶。
后来，曹操发现孔融议论范围越来越广，公然干涉朝政，处处与自己为敌，不禁对孔融更加忌惮，忍无可忍，下决心要除掉他。
孔融上书给汉献帝，建议说：“应该遵照古代的王畿制度，在京师周围一千里的地方，不可建立封国。”
这显然也是针对曹操，目的是为了限制曹操扩大地盘，自立为王。
刘表当上荆州牧后，不向朝廷进贡，做了不少逾越法度不安本分的事情，还仿效君主的礼仪，郊祀天地。
汉献帝下诏，要把他的行为宣示天下。
孔融上疏，为刘表辩解，说：“听说荆州牧刘表凶狠忤逆，行事不守礼制，甚至郊祀天地，举行的仪式如皇上一般。这确实逾制越分，罪大恶极，死有余辜。但就国家大体而言，应当暂时不要公开。为什么呢？国家至上，皇上至尊。偶有一个小臣，就要处理，并使四方都知道，这不是堵塞邪萌的办法。我认为，虽有重大的罪过，也一定要隐忍。贾谊说：‘掷鼠忌器’就是这个意思。所以齐兵伐楚，只责备楚国不朝贡，王师败绩，不说为晋所败。以前揭露袁术的罪过，现在又把刘表的事宣扬开来，这是使瘸腿的母羊窥视高岸，认为天险也可上啊！搞不好大家都会来效仿。所以我认为应当隐瞒郊祀这件事，以维护国体。”
曹操自然看得出孔融为刘表开脱的目的，无非是想保留汉室宗亲的力量，用来牵制自己而已。
侍中守光禄勋郗虑是大儒郑玄的学生。
汉献帝曾特别召见他和孔融，问孔融：“鸿豫（郗虑字）有什么优点和特长啊？”
孔融说：“他知道天下大道，但却不能授予他权力。”
郗虑不甘示弱，举起笏板，反驳说：“孔融曾经当北海国的宰相，政事松散，人民流离失所，他倒是很适合掌权啊。”
二人你一句我一句，冷嘲热哄，互相攻击对方的短处。
汉献帝哭笑不得，升迁郗虑为御史大夫，发文命二人和解。
但二人从此结下梁子，互不对眼。

郗虑秉承曹操的意思，罗织孔融的罪状，命令丞相军谋祭酒路粹上奏，说：“孔融从前担任北海国国相时，看到天下大乱，就召集徒众，准备图谋不轨。后来与孙权的使者谈话，又讥讽、诽谤朝廷。另外，他从前与平民祢衡在一起时，行为放荡，互相标榜，祢衡称赞孔融为‘孔子不死’，孔融称赞祢衡是‘颜回复生’。这些都是大逆不道的行为，应该处以极刑。”
曹操顺势以“违反天道，败伦乱礼”的罪名，下令逮捕孔融，于九月二十九日，将他和妻子儿女一起处死。
太医令脂习与孔融关系亲近，经常告诫孔融，说他性情过于刚直，必然会招来大祸，孔融不听。
孔融被杀后，许都没有人敢去收葬孔融的尸体。
脂习前去，抚着孔融的尸体，哭着说：“文举啊，你弃我而去，以后我跟谁说话去？”
曹操大怒，命人逮捕脂习，打算处死。
荀彧劝阻说：“听说脂习经常劝诫孔融，叫他不要放荡无忌，免遭灾祸。现在孔融死了，他来哭祭，是义士的行为啊。杀不得。”
曹操听劝，赦免了脂习。