灵谷寺，位于南京市玄武区中山陵以东，始建于南梁天监十四年（515年）。南朝梁武帝为纪念著名僧人宝志禅师而兴建，初名开善寺。明朝时朱元璋亲自赐名“灵谷禅寺”，并封其为“天下第一禅林”。为明代佛教三大寺院之一，《金陵梵刹志》将灵谷寺、大报恩寺、天界寺并列为大刹。
明成祖朱棣迁都北京后，灵谷寺开始凋敝。咸丰同治年间清军与太平军的兵火波及此处，摧毁了这里大多数建筑。民国十七年（1928年），国民政府在荒废的古灵谷寺原址上开始建设国民革命军阵亡将士公墓，共建有公墓3座，第一公墓居中，位于无梁殿后面；第二、三公墓位于无梁殿东西两侧。三个公墓共葬入1029名国军阵亡官兵，多数是北伐和12.8淞沪会战阵亡将士。第一、二、三公墓的地上建筑基本被毁。1949年，阵亡将士公墓后更名为灵谷公园，第一公墓改为花坛和草坪，第二公墓改为邓演达墓，第三公墓废弃。
1973年，南京灵谷寺修复开放，从市文管会请回玄奘顶骨，建玄奘院，将玄奘顶骨安奉于此。2016年1月8日，灵谷寺玄奘院地宫落成，镇寺之宝——玄奘的顶骨从玄奘院大殿移驾地宫内保存。
2001年6月25日，国务院公布廖仲恺何香凝墓、邓演达墓、谭延闿墓、国民革命军阵亡将士公墓四个革命遗址及革命纪念建筑物整体为全国重点文物保护单位。2006年，灵谷寺被国务院列为全国重点文物保护单位。
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