1981年开始，宋时轮多次向中央军委提出申请，希望组织上能够同意他辞去军事科学院院长的职务，以便让更加年轻的同志进入领导集体，这样对国家的发展更加有利。
对于宋时轮提出的请求，中央军委没有马上同意。宋时轮理解组织上的难处，他努力的在做好新老干部的交替工作。他一方面继续在领导院里的日常工作，另一方面在积极的做好部、室领导班子的人员调整，为院里领导班子成员的更替创造好条件，从而可以使军事科学院的领导干部实现顺利的交替。
党的十二大以后，宋时轮再次向中央军委提出了辞去军事科学院院长的请求，同时他提出了一些对军事科学院的建设性的意见。
党中央召开十二大
中央军委经过慎重考虑，最终同意了宋时轮所提出的辞职请求。宋时轮得知后，心里十分的激动。他在军事科学院召开的领导班子大会上说道：“ 从军事科学院领导干部的交替来讲，我看到了未来的希望。我们党制定的干部队伍年轻化、专业化的方针正在一个单位一个单位的落实。现在领导岗位上的同志们已经老了，再这样下去的话就会影响工作了，甚至还会误党误国。退下来的是个人，前进的却是党的事业。”
宋时轮在会议上讲话
交接工作开始后，宋时轮一再鼓励新的领导班子，要进行创造性的工作，只要是符合时代发展的，不管是谁做出的决定，该坚持的继续坚持，该废除的则废除，不要顾及其他的因素。
退休后的宋时轮仍然在负责《中国军事百科全书》的编纂工作，有一回宋时轮因病住院，睡梦之中的他模模糊糊地说了一大堆话。醒来后的他着急地向身边的人询问道：“百科部来的人在哪里？”
话音刚落，宋时轮便昏了过去，旁边的众人这才明白，原来宋时轮在昏迷当中想到了关于百科全书编辑的问题。
在宋时轮领导编纂军事百科全书的10年时间里面，他高质量地完成了党和人民交给他的重任，还培养出了一支熟悉百科编纂的干部队伍，为以后军事百科的编纂工作以及中国百科事业的发展打下了很好的基础。
晚年的宋时轮
晚年的宋时轮每天都会在书桌上坐上一阵，他望着墙上悬挂的中华人民共和国地图，心里十分难过。他想到新中国都建立这么长时间了，台湾却还没有回归祖国的怀抱。为此，他专门抽出时间来研究中国周边的国际形势，为中央军委提供了一些合理的建议。
1991年7月11日，战功赫赫的宋时轮将军因病逝世。他在临终前所留下的最后一句话则是：“记住历史，因为那是我们的辉煌。”
宋时轮将军用自己的一生，诠释了一名中国共产党人存在的意义。我们要如同宋时轮将军一样，时刻铭记历史，为了祖国的强大而不断地奋斗。
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