上海市遗传学会临床遗传与遗传咨询专业委员会（CGGC）和小彩虹医学遗传学者会联合多个学会组织推出的“小彩虹YOU-YOU”遗传病案例分享解读系列会议第5期于12月09日线上圆满举行。

本次小彩虹YOU-YOU遗传病案例分享解读会议由浙江大学儿童医院内分泌科吴蔚主任作为主持人，特别邀请了河南省儿童医院内分泌科陈琼主任分享临床案例，复旦大学遗传咨询方向硕士研究生陈黎恒对案例的变异进行解读，河南省儿童医院内分泌科卫海燕主任、上海交通大学儿童医学中心内分泌科王秀敏主任、重庆医科大学附属儿童医院内分泌科宋萃主任、同济大学附属妇产科医院生殖遗传科张军玉副研究员对案例进行深度解析和讨论，最后复旦大学人类表型组研究院安宇老师针对本次会议讨论问题进行了总结。

案例分享

河南省儿童医院内分泌科河南省儿童医院内分泌科从病史资料、基因检测和问题讨论等方面分详细介绍了一例特殊矮小的案例。

01

病例资料

  • 6岁11月女童 ；

  • 自幼生长迟缓病史，伴步态异常及纳差，未诊治；

  • 查体：身材矮小(-6.89SD)、特殊面容、牙釉质发育差，短肢矮小，X型腿，下肢不对称；

  • 运动发育迟缓；自诉智力可；父母非近亲；PTH：158.5±5cm；

  • 实验室检查钙磷代谢、垂体相关激素、生化等无明显异常；多部位骨骼摄片家长拒查；

02

基因检测

临床外显子组测序（平均覆盖度127X）检测到主要发现为SLC10A7 基因上的纯合变异：c.397dup:p.A133Gfs*6，Pathogenic（致病性），分别来源于父母；二级发现为RYR2 基因上的杂合变异：c.14338del:p.L4780Yfs*25，VUS（意义不明），来源母亲；

03

案例讨论

SLC10A7 基因突变会导致常染色体隐性遗传的身材矮小、成釉不全和伴有脊柱侧凸的骨骼发育不良(SSASKS)；此病特征是身材不成比例的矮小、牙釉质形成缺陷和在某些患者中伴有严重脊柱侧凸的骨骼发育不良。可变特征包括面部变形、中度听力障碍和轻度智力发育障碍。其临床表型包括听力障碍、腹股沟疝、胸廓发育不全、不成比例的身材矮小、髋关节挛缩、扁平骨骺、小骨骺、胸部短小、股骨颈短、脊柱前凸过度、高腭、膝外翻、圆脸、扁平足、膝关节脱位、椎骨异常、短长骨、椎体终板不规则、脊柱侧弯、腭裂、龋齿、牙齿数量减少、脊柱侧弯、髋外翻、腕骨骨化过早、全面发育迟缓、牙釉质生长不全、小下颌后移、冠状位脊柱裂、躯干性肥胖、骨骼成熟加速、肥胖、小下颌畸形等。

本病例有明显的身材矮小，小下颌，轻微后颌畸形，下颌发育不全，高腭，牙釉质发育不全/低矿等，基本符合既往报道。患儿检出SLC10A7 基因致病性纯合变异，分别来自父母，所以，通过基因诊断明确了患儿患有SSASKS。在治疗方面，陈琼医生提到此病为对症为主，Clinical Trial无在研项目，通过分享一例脊柱侧弯经手术治疗后改善较大的研究进行治疗方面探讨(引用自北京儿童医院儿研所Case，PMID:38037133）。

04

提出问题

特发性矮小的诊断就是需要逐一排除其他疾病，本案例通过病理评估和遗传学检测明确了病因，说明这些检测的重要性，同时仍然需要紧密结合临床收集相应的表型，同时需要补充相关部位的照片及临床资料；另外，对于其他二级发现和附加列表的遗传变异如何分析和遗传咨询？

变异分类和解读

复旦大学遗传咨询方向硕士研究生陈黎恒同学对基因检测报告中遗传变异进行变异分类和解读。

首先确认基因和疾病的关系，发现ClinGen未对SLC10A7基因进行评估，根据ClinGen Gene Curation SOPv8.0 的操作流程，分别从病例水平和实验水平收集证据进行评估，最终将SLC10A7基因的功能丧失变异与SSASKS疾病的关系分级为“Strong”。

接着，基于ACMG/AMP指南及ClinGen变异分类标准对WES提示的主要发现变异SLC10A7 NM_001029998.6:c.397dup(p.A133Gfs*6)进行评估，证据如下:人群频率显示gnomAD数据库未收录，采用PM2_Supporting；患者为双等位基因纯合变异，分别遗传自父母，因此符合PM3_supporting；从变异类型和位置来看，该变异为移码变异，导致第133位氨基酸改变，并提前终止编码，变异位于第5外显子，预测发生NMD，使得蛋白质功能丧失，符合PVS1。该变异的评级证据为PM2_Supporting+PM3_supporting+PVS1，可分类为致病变异。因此，提示该变异是患儿发生SSASKS的遗传病因。

另外，针对报告附录列表的两个遗传变异，ZBTB24基因的杂合变异NM_014797.3:c.501dup(p.V168Sfs*28)虽评级为致病变异，但与遗传模式不符。CUX1基因的杂合变异NM_181552.4:c.2141G>A(p.R714H)临床意义未明。

最后，详细分析了一个其他发现的遗传变异。RYR2基因是二级发现基因列表中的基因，本次检测发现患儿携带RYR2:NM_001035.3:c.14338del(p.L4780Yfs*25)。该变异目前没有在相关病例中报道过。

RYR2基因可以导致两种疾病，两种疾病的致病机理迥然不同。RYR2基因产生的ryanodine受体蛋白可形成四聚体并组成钙离子通道。RYR2基因功能获得性（GOF）突变可以引起儿茶酚胺敏感多形性室性心动过速 1 型，RYR2基因功能缺失型(LOF)突变导致Ryanodine Ca2+释放缺陷综合征（CRDS）。这种不同分子机理导致不同的疾病，给遗传变异解读带来了挑战。

根据ClinGen 基因-疾病关系的评估结果，RYR2基因与儿茶酚胺敏感多形性室性心动过速 1 型的关系是明确的（Definitive）。该疾病是一种高度恶性的遗传性致心律失常疾病，伴或不伴心房功能障碍和/或扩张性心肌病，主要特征为在没有结构性心脏病的情况下由肾上腺素应激诱发室性心动过速和心源性猝死。与野生型相比，突变可促进Ca2+激活和释放。

目前RYR2基因与Ryanodine Ca2+释放缺陷综合征（CRDS）的关系未评估，根据ClinGen Gene Curation SOPv8.0操作流程评估认为RYR2基因的功能丧失与CRDS病的关系为“Strong”级别。

然而，该截短变异位于蛋白质的C-末端，可能会发生无义介导降解（NMD）的逃逸，因此该变异可能不是典型的LOF机制。通过与本病例类似的多个C-端截短变异的致病机制分析发现，这些C-端截短变异与野生型蛋白形成异聚体造成显性负效应，并表现出钙离子通道的功能丧失。因此，参考这些相似的变异，推测本案例RYR2上的遗传变异c.14338del(p.L4780Yfs*25)可能通过显性负效应引起的功能丧失而导致Ryanodine Ca2+释放缺陷综合征（CRDS），需要进行功能学实验验证。其他证据，gnomAD人群频率为0.000017，符合PM2_supporting证据；本病例变异目前无文献报道证据可用，也无功能学实验证据，综上所述本变异致病性分类为：意义未明变异（VUS）。

考虑到该基因与猝死类致病性事件有关，建议通过父母验证和常规运动负荷实验等进一步检查，并可考虑构建体外细胞功能实验明确此变异的致病性。

案例讨论

河南省儿童医院内分泌科卫海燕主任结合该案例对临床上特发性矮小的基因检测方案的一般流程和方法做了讲解。同时提出了如下问题：如果基因检测结果显示阴性，是否考虑除NGS外的特殊检测，如芯片或MLPA等；如果双基因致病，是否会有外显不全等。针对本次二级发现，后续跟踪也会做相应完善，并感谢了各位专家对病例的指导。

上海交通大学儿童医学中心内分泌科王秀敏主任针对今天讨论的案例提出了自己的见解：病史里提到家族里有三个孩子，父母是否有兄弟姐妹，推荐扩大家系的研究，包括临床症状，病理检测和基因检测结果的确认和追溯，将有利于进一步明确次要发现突变与疾病的关系，并建议从临床上健全脑部、眼科、骨龄等多方面的检测，让患者的表型更加明晰。

重庆医科大学附属儿童医院内分泌科宋萃主任认为病例完整度不错，患者表型与既往报道比较一致。提出PP4证据的使用标准和如何可以更合理的应用，因为不同医生对于表型的理解有较大差异。同时宋萃主任认为基因检测不仅仅有助于明确病因，还能提示风险，对于临床也是非常重要的，针对这样的变异如何能提示患者家属，又能规避临床风险有一定的难度，同时对这样的案例对于临床转化科研表示了肯定。

同济大学附属妇产科医院生殖遗传科张军玉副研究员表示主要发现报告出的SLC10A7纯合变异比较罕见，不排除夫妻亲缘关系较近，可通过分析家族史或基因测序数据进一步判断，从而帮助家庭充分评估生育风险。针对第二个基因RYR2，目前研究提示，RYR2 GOF变异可导致CPVT，而显性负效应DN可导致CRDS。张老师指出，有些基因可以导致两种及其以上的不同疾病，而且致病机制不同，这时候变异致病性需要建立在特定疾病下进行分类的，所以本病例的变异虽然是无义变异，在显性负效应的机制下无法使用PVS1。此外，RYR2基因也在ACMG推荐的二级发现报告列表中，但要注意，目前ACMG仅是建议报告CPVT相关的RYR2致病/可能致病性变异。这是因为CPVT可导致猝死，而且有很有效的预防办法。RYR2相关的CRDS是否类似CPVT，能很好的预防或干预，也需要评估，并最终根据临床可干预性评估结果，讨论是否报告。

案例总结

最后，复旦大学人类表型组研究院安宇老师做了总结，这次的案例体现了基因检测对于临床诊断的重要性，基因检测二级发现需要认真分析和解读临床意义。本次案例中发现的RYR2基因变异解读的复杂程度比较高，主要是明确变异类型与疾病关系以及致病机制，在这个前提下才进行变异致病性的分类，对其中条款的使用规则细节也需要深度推敲。最后，基因检测不是终点，后续的临床随访和追踪需要完善。

”小彩虹YOUYOU“是一个很好的临床案例和变异分类和解读分享的平台，也是UUmatcher遗传变异信息交流的平台，希望更多临床医生参与这个活动，主动分享临床案例，如果需要，请投稿cggc2021@163.com.

文献引用：

Wenyan Zhang, Ziming Yao, Ruolan Guo, Jun Cao, Wei Li, Chanjuan Hao, Xuejun Zhang; Identification of novel homozygous nonsense SLC10A7 variant causing short stature, amelogenesis imperfecta, and skeletal dysplasia with scoliosis and surgical management of spine.Orphanet journal of rare diseases 2023 Nov 30;18(1):371 doi:10.1186/s13023-023-02975-0

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