肠道微生物和肠道构成的肠脑、与大脑是双向互通的、形成了菌-肠-脑轴进行连接、肠轴能够影响中枢神经系统、进而影响人的情感，认知和行为。
并且肠道微生物可能在其中具有重要的作用、心理疾病与肠道微生物直接相关。心理疾病与肠道微生物直接相关。例如：多动症、强迫症、孤独症、焦虑症，这些疾病都与肠道微生物紊乱或多或少有着关联，调整肠道菌群，一些状态可以得到纠正。
早在20世纪60年代、科学家们就发现、肠道细菌组成与自闭症行为之间具有关联、患有自闭症的儿童通常存在多种饮食问题、他们对味道、质地和气味等感官刺激极端敏感、并对吃的东西极其挑剔。与此同时、自闭症儿童的肠道症状也很明显。
2006年至2010年、美国3-17岁的自闭症儿童患有腹泻或者结肠炎的比例、是正常人的7倍。61%的自闭症儿童同时伴有至少一种胃肠道症状、并且伴有消化道的儿童情感问题都会比较严重。具体来说、患有自闭症的儿童中有25%伴有腹泻、25%伴有便秘、并且胃肠道炎症影响了他们对营养物质的吸收、再加上普遍的挑食、厌食、他们营养不良的比例也很高。
自闭症患者肠道出现炎症时、会引起肠道细胞肿胀、细胞间隙变大、引起肠漏、导致大分子物质能够穿透肠壁进入人体、此外严重的肠道问题、可能伴随着肠道的破损和溃疡、大分子物质就更容易进入到肠道、进入血液循环系统、一些分子透过血脑屏障进入大脑、影响到大脑的正常运行。
肠道微生物能够帮助人体消化、和吸收营养他们通过分泌各种酶类、合成某些维生素和生活活性物质、影响人体代谢。控制体重、塑造人体免疫系统以及帮助抵御病原微生物的侵入、血液中大约70%的物质来源于肠道、其中35%的小物质是由肠道微生物产生的。
肠道微生物的平衡对人体的健康至关重要、这种平衡一旦被打破、将导致多种疾病。目前、越来越多的研究指出、肠道微生物与自闭症关系密切。
从改善肠道菌群出发、改善自闭症
首先是饮食。有些自闭症孩子的挑食是非常严重的，建议家长要进行挑食的纠正。纠正了挑食，然后忌口过敏/不耐受食物，给孩子制定个性化的食谱，都有可能改善孩子的肠道菌群，改善消化道疾病。
其次还有肠道菌群的平衡，通过给孩子补充适合的益生菌、益生元，改善肠道菌群环境。
还有行为学疗法，可以帮助孩子建立很好的如厕的习惯，改善一些儿童的便秘的问题。
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