尽管在开始一线治疗之前对所有晚期/转移性非小细胞肺癌 (NSCLC) 患者进行全面的生物标志物检测，但组织可用性可能会限制检测。液体活检中的基因组测试可用于克服组织采样的固有局限性，并为患者确定最合适的生物标志物治疗方案。Genentech与瑞士洛桑大学医院合作的临床研究支持液体活检作为ROS1抑制剂的伴随诊断检测方案。
BFAST试验（Blood First Assay Screening Trial）是一项全球性、开放标签、多队列试验，旨在评估多种疗法对晚期/转移性 NSCLC 患者以及通过液体活检确定的靶向改变的疗效和安全性。
ROS 原癌基因 1 (ROS1) 基因编码 ROS1 酪氨酸激酶，ROS1 中的重排可导致组成型活性融合癌蛋白。ROS1 融合发生在多种不同的肿瘤类型中，包括 1-2% 的 NSCLC 病例。
Entrectinib 是一种有效的 ROS1、TRK 和 ALK 酪氨酸激酶抑制剂 (TKI)，因其能够穿过血脑屏障并保留在 CNS 内而开发。三项 1/2 期研究 ALKA-372-001 (EudraCT 2012-000148-88)、STARTRK-1 (NCT02097810) 和 STARTRK-2 (NCT02568267) 的综合分析结果已证明 entrectinib 在ROS1 阳性 NSCLC 患者。在可评估疗效的人群中，ORR 为 67%，中位缓解持续时间 (DoR) 为 20.4 个月，中位无进展生存期 (PFS) 为 16.8 个月。entrectinib还在基线 CNS 转移患者中产生了持久的颅内缓解（颅内 ORR 49%，中位颅内 DoR 12.9 个月）。这些试验使用传统的基于组织的测试确定为 ROS1 阳性 NSCLC 的患者。
entrectinib的分子结构
BFAST(NCT03178552，图1）主要目的是评估靶向治疗或免疫治疗对仅通过基因组检测到的可操作基因改变的晚期/转移性 NSCLC 患者的疗效和安全性液体活检测试。BFAST 的 ALK 阳性队列（队列 A）和肿瘤突变负荷（TMB）高队列（队列 C）的数据先前已发表(10.1016/j.jtho.2021.07.008IF: 21.0Q1,10.1038/s41591-022-01933-w)。来自队列 A 的数据证明了液体活检在鉴定接受Alectinib治疗的 ALK 阳性 NSCLC 患者中的临床应用。对于血液 TMB ≥16 的患者，队列 C 未达到研究者评估的 PFS 的主要终点。尽管队列 C 未达到其主要终点，但之前的研究表明，通过液体活检确定的 TMB 状态可以预测对癌症免疫治疗的反应，这表明可能有必要探索该生物标志物的额外截值。
图 1：BFAST 研究设计。
本文提供了 BFAST D 队列的疗效和安全性数据，该队列是一项对 ROS1 阳性 NSCLC 初治患者的entrectinib评估，仅使用液体活检中的 NGS 测试进行鉴定。本研究的目的是证明通过液体活检和基于组织的检测识别 ROS1 阳性 NSCLC 患者时数据的一致性。
患者
2018年1月11日至2020年12月9日期间，对5,220名患者进行了筛查，其中92名患者通过液体活检被鉴定为ROS1阳性的晚期/转移性非小细胞肺癌，ROS1融合的患病率为1.8%。非鳞状腺癌是最常见的组织学（n = 48，94%）。
临床药效
队列D中的中位随访时间为 18.3 个月。对基线时患有可测量疾病的患者的反应进行评估（n = 54）。研究者（INV；主要终点）和独立审查机构 (IRF) 评估均对 44 名患者做出缓解（确认 ORR 为 81.5%；95% CI：68.6–90.8）。根据研究者评估，2 名患者获得完全缓解 (CR)，42 名患者获得部分缓解 (PR)；根据 IRF 评估，3 名患者获得 CR，41 名患者获得 PR。在entrectinib治疗 ROS1 阳性 NSCLC 的基于组织的综合分析中，截至 2019 年 5 月 1 日，入组了 94 名随访时间≥12 个月的患者，中位随访时间与 BFAST 队列 D 相当（分别为 20.9 个月和 18.3 个月）。由于研究者评估的确认 ORR 高于方案定义的阈值 70.4% (95% CI: 56.0–82.0)，队列 D 达到了其主要终点，表明与 entrectinib 综合分析得出的 ORR 一致（研究者评估） ORR，73.4%（95% CI：63.3–82.0））。
研究者的临床获益率 (CBR) 为 87.0% (n = 47; 95% CI: 75.1–94.6)，IRF 评估的临床获益率为 81.5% (n = 44; 95% CI: 75.1–94.6)。在研究者评估的基线时有 CNS 转移的 4 名患者中，有 2 名患者获得 PR。
在应答者（n = 44）中，研究者的中位 DoR 为 13.0 个月（95% CI：6.3-18.4），IRF 的中位 DoR 为 16.7 个月（95% CI：5.6-24.0）（图 2a）。研究者的中位 PFS (n = 55) 为 12.9 个月 (95% CI: 8.7–18.5)，IRF 的中位 PFS 为 14.8 个月 (95% CI: 7.2–24.0)（图 2b）。总生存期（OS；n = 55）数据尚不成熟，记录了 20 个事件（36.4%）（图 2c）；12 个月 OS 概率为 79.0%。尚未达到 CNS 进展的中位时间 (n = 54)（图 2d），研究者的 12 个月 CNS 无进展率为 83.5%，IRF 为 86.4%。
图 2：通过液体活检鉴定并接受entrectinib治疗的 ROS1 阳性 NSCLC 患者的临床结果。a–d、DoR (n = 44) (a)、PFS (n = 55) (b)、OS (n = 55) (c) 和 CNS 进展 (n = 54) (d) 患者的 Kaplan-Meier 曲线通过液体活检确诊并接受entrectinib治疗的 ROS1 阳性 NSCLC。
安全
队列 D 中所有 55 名患者均接受一剂或多剂entrectinib，并被纳入安全人群。entrectinib治疗的中位持续时间为 12.8 个月（范围 1-33）。大多数与治疗相关的 AE (TRAE) 并不严重，并且没有与治疗相关的死亡。7 名患者 (12.7%) 经历了以下一种或多种严重 TRAE：小脑综合征、认知障碍、记忆障碍、心力衰竭、左心室功能障碍、间质性肺疾病、胸腔积液、踝关节骨折和体液潴留（每项 n = 1） 。TRAE 导致患者剂量中断、减少或停药分别为20.0% (n = 11)、36.4% (n = 20) 和 5.5% (n = 3) 。。
生物标志物分析
使用 Foundation Medicine 基于血液的 NGS 检测、FoundationOneLiquid CDx 临床试验检测 (n = 22) 循环肿瘤 DNA 检测 (FoundationACT (n = 33)) 对患者进行前瞻性筛查，以了解基因突变。用于识别 ROS1 融合的测定之间表现出高度一致性（FoundationOneLiquid CDx 临床试验测定和 FoundationACT 之间的阳性预测一致性为 96.9%）。
确定了九种不同的 ROS1 融合基因，最常见的是CD74（n = 31，56.4%）、EZR（n = 13，23.6%）、TPM3（n = 4，7.3%）和 ROS1 自我重排（n = 2，3.6%）。BFAST 队列 D 患者中最常见的突变是 TP53（n = 22，40.7%；图 3a）。与基线时野生型 TP53 (wtTP53) 患者相比，突变 TP53 (mTP53) 患者的 DoR 和 PFS 在数值上较短（图 3b、c）。
图 3：ROS1 阳性 NSCLC 患者基线时发现的突变以及 mTP53 患者与 wtTP53 患者的临床结果。
在 36 名患者的子集中评估了 ctDNA 清除率，这些患者拥有第 3 周期第 1 天 (C3D1) 的血浆样本。与缺乏清除相比，ROS1 清除还与较长的中位 DoR 和中位 PFS 相关。在 C3D1 未清除 ROS1 的 5 名患者中，3 名患者获得 PR，2 名患者病情稳定 (SD)，这是他们确认的最佳总体反应。获得 PR 的三名患者的确认 DoR 分别为 4.0、5.5 和 17.0 个月。
对生物标志物分析，以确定通过 ROS1 融合水平和 cTF 测量的 ctDNA 水平变化与治疗期间的肿瘤反应之间是否存在关系。两个案例研究，跟踪患者从试验筛选到治疗停止的整个过程，包括每隔一个治疗周期收集的多个治疗样本。一名对 entrectinib 治疗有反应的患者在整个治疗期间的 ctDNA 水平保持一致。相反，另一位对 entrectinib 治疗有反应的患者在第 59 天时清除了 ctDNA，并且 ctDNA 水平在放射学进展前反弹。这些案例研究表明 ctDNA 水平与临床反应之间没有明确的关系。
Entrectinib耐药的分子机制
对获得性耐药机制的分子分析是在Entrectinib 治疗期间经历疾病进展的患者的血浆样本中进行的，并且在治疗停止时有样本（n = 20）。大多数患者（n = 14，70.0%）在治疗停止时发现了 ROS1 融合。一名患者在筛查和停止治疗时似乎有不同的 ROS1 融合伴侣基因，但这可能是由于所用测定之间的技术差异所致。确定的 ROS1 融合伴侣基因与 C3D1 和 TP53 状态的清除之间没有关联。12 名患者在治疗停止时发现了 30 个新出现的突变（29 个独特突变）；其中，两名患者存在耐药相关的 ROS1 突变体 G2032R 突变。
BFAST 试验评估了Entrectinib治疗仅通过液体活检鉴定的 ROS1 阳性晚期/转移性 NSCLC 初治患者的疗效。BFAST 队列 D 达到了主要终点；在本次分析中，每位研究者确认的 ORR 为 81.5%（95% CI：68.6–90.8），高于方案定义的阈值 70.4%，表明这些数据与 ROS1 患者中Entrectinib历史分析的数据一致- 通过基于组织的检测鉴定出阳性 NSCLC（ ORR：73.4%（95% CI：63.6–82.0）。此外，entrectinib 表现出持久的反应和生存：根据研究者评估，中位 DoR 为 13.0 个月（95% CI：6.3-18.4），中位 PFS 为 12.9 个月（95% CI：8.7–18.5）。OS 数据尚不成熟，但 12 个月 OS 率很高，为 79%。
其他 ROS1 抑制剂也已被批准和/或正在开发用于治疗 ROS1 阳性、晚期/转移性 NSCLC。Crizotinib 被批准用于治疗 ROS1 阳性的晚期 NSCLC（研究者评估 ORR 72% )；lorlatinib、taletrectinib 和 repotrectinib 是下一代 ROS1 抑制剂，目前正在研究用于治疗未接受过治疗且既往接受过治疗（包括 ROS1 TKI）的 ROS1 阳性 NSCLC 患者，包括 ROS1 TKI。下一代 ROS1 抑制剂正处于临床开发的早期阶段，并已表现出有前景的抗肿瘤活性。值得注意的是，在 ROS1 抑制剂的临床研究中，患者是通过基于组织的生物标志物测试来识别的，并且研究人群之间存在固有差异，因此与 BFAST 进行交叉试验比较是不合适的。
大约 40% 的 ROS1 阳性晚期 NSCLC 患者会发生脑转移，这些患者需要 CNS 活性治疗。Entrectinib 专门设计用于穿透血脑屏障，并已在 CNS 中显示出活性。在 BFAST 队列 D 中，研究人员仅 4 名患者出现基线 CNS 转移，其中 2 名患者实现了部分缓解。由于该队列中中枢神经系统疾病的发生率较低，因此无法评估颅内疗效。对所有患者的 CNS 进展时间进行了评估：IRF 得出的 12 个月 CNS 无进展率为 86.4%，未达到中位数。
本研究中确定的 ROS1 融合患病率为 1.8%，这与之前使用组织测试的研究报告的结果 (1-2%) 一致，进一步证明液体活检是一种合适的方法。
进行事后探索性分析以确定血液中的 ctDNA 水平是否对这些患者有任何预后价值，但没有发现 cTF 水平（肿瘤分数的估计）与临床结果之间的关联。这些发现与现实世界的研究形成鲜明对比，该研究表明，较高水平的 ctDNA 与四种晚期癌症（前列腺癌、乳腺癌、非小细胞肺癌和结直肠癌）的预后较差相关；然而，该研究中的患者是通过基于组织的检测来识别的，其中包括一些 ctDNA 阴性的。在 BFAST 队列 D 中，cTF 水平确实与 SLD 测量的肿瘤负荷相关。此外，由于 BFAST 是一项单臂研究，因此无法推断这些因素是否是 entrectinib 获益的预测生物标志物。
最后，进行了初步分析以确定ctDNA水平与临床反应之间是否存在关系；所提供的案例研究中没有发现明确的关系。需要进行更多研究来确定 ctDNA 重新出现是否先于放射学进展，以及连续 ctDNA 检测是否可能是指导治疗决策的有用工具。
在疾病进展且自治疗停止时可用血浆样本的患者中探索了entrectinib耐药的潜在分子机制。发现了潜在的获得性耐药突变，包括 ROS1 G2032R，该突变此前已被认为与 lorlatinib 和 entrectinib 耐药有关，需要进行额外的分析才能充分阐明本研究中的耐药机制。
本研究的局限性包括样本量小和缺乏比较臂。此外，这项分析是在相对较短的随访时间后进行的（最后一位入组患者的随访时间约为 13 个月，中位随访时间为 18.3 个月），并且 15 名患者 (27%) 仍在接受治疗数据截止。需要进一步随访以准确评估这些患者的生存情况。液体活检的局限性在于，基于 ctDNA 的测试的使用取决于肿瘤脱落到血液中的情况，因此某些患者（例如，肿瘤负荷低且脱落较少的患者）可能无法通过此方法进行评估。然而，液体活检可能会缩短活检周转时间（FoundationOneLiquid CDx 临床试验检测的典型周转时间为收到样本后 ≤10 天），并为无法接受组织活检或组织不足的患者增加获得靶向治疗的机会。
总之，这些数据支持液体活检的临床适用性，为临床决策提供信息，并提供进一步的证据，证明entrectinib在 ROS1 阳性、晚期/转移性 NSCLC 患者中有效且耐受性良好。
https://www.nature.com/articles/s41591-024-03008-4
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