暗河的故事要从一个圈套讲起。C市城郊的一家宾馆发生了一起枪杀案，嫌疑人正是公安局副局长邢志森。
据老邢交代，他应线人之约独自前来接头，却意外击毙了一名杀害人质的劫匪。但由于无法证明自己的说辞，老邢只能被停职收监。为了避嫌，上级调派了外省专家对老邢进行测谎。不想，最终测试结果证明老邢竟然真的有杀人意向。
眼看老邢就要以故意杀人罪量刑，幸亏出差办案的方木及时赶了过来。在他的多番追问之下，老邢这才道出了一段惨痛的女童遭遇。
今年年初，老邢接手了一件跨境拐卖女童案。就在他派线人卧底侦查的同时，自己也收到了一些恐吓信。原本他并未在意，可没过多久，他的女儿就遭遇了不测。
面对女儿支离破碎的尸体，被仇恨蒙蔽双眼的老邢在接到线报的一刻，抱着杀人的目的去了宾馆。只是没想到反而中了敌人的圈套。
老邢的讲述让方木震惊不已，他深感此案的内幕就像一条涌动的暗河，随时可能吞噬正义的光明。
为了找出陷害老邢的真凶，方木决定从那名失踪的线人查起。根据搜集到的线索，方木前往了一家废弃的玉工厂。经过一番巡视，他在一个包间里发现了失踪线人的尸体以及一名被拐的女孩。
方木正义地带着女孩离开，却被门外突然飞来的燃烧瓶拦住了去路。两人在大火中找寻着出口，最终从一扇护栏破损的窗口逃出生天。
随着大火将唯一的线索烧断，被拐女孩的供词成了破案关键。但惨遭蹂躏的女孩却已在噩梦般的经历中封闭自我，再不肯开口说话。
无奈的方木只能根据她的饮食习惯，推测出女孩的故乡在S市陆家村。于是他便独自一人前往陆家村调查。
也正是在这里，方木发现了一个黑暗秘密。陆家村曾经非常贫困，直到几年前，村长突然提出负责大家的吃穿用度，唯一的条件就是所有人不许外出。从那以后，这里就变成了一个与世隔绝的富裕山村。
但总有人压抑不住对外界的向往。终于有一天，一个小伙子还是偷跑了出去，但这次出逃让他看到的不仅是城市的灯红酒绿，还有陆家村深重的罪孽。
原来，为了给村子换取优渥的生活，村长一家常年协助一个组织拐卖女童。就在方木滞留陆家村时，这名出逃的小伙子偷偷回到了村里。他本想阻止村长的恶行，没想到竟遭遇了全村的集体讨伐。
原来，村民们在村长的蛊惑下，认定小伙子坏了他们的财路，欲除之而后快。无意间得知所有秘密的方木，眼睁睁看着这群村民施暴，却无能为力。
因为在集体的兽性面前，他个体的人性简直不堪一击。最终在村长有恃无恐的威胁下，方木只能狼狈离开。
回到C市的方木也没能带回任何证据，只好隐瞒了陆家村的情况。正当案件一筹莫展时，惨死的陆家村小伙藏匿的一张内存卡解开了谜底。
根据卡中照片显示，被拐的女孩在卖出境外之前，就藏在陆家村龙尾洞的地下暗河。循着这条线索，方木只身重返陆家村，而等待他的将是一场痛彻心扉的暗战。
潜入村子的方木一路探索进了龙尾洞，果然在暗河边发现了四名被拐女童。经过和看守村民的一番搏斗，方木带着女孩们逃出了村子。
一行人来到附近的炼钢厂报警，可没等电话拨通，村民便围了上来。方木和女孩们只好在厂房内四处躲避。
正当几人走投无路之时，老邢的部下郑霖带着两名刑警及时赶到，击退了敌人。然而此刻，四名女孩已经被逼至模具之中，她们头顶上悬着1500度的钢水。
千钧一发之际，郑霖等人拼死将孩子们推出模具，但他们自己却被滚烫的钢水淋上，凝聚成了永恒的丰碑。
在同师们戛然而止的嘶吼声中，方木强忍悲痛，带上女孩们奔向那有生命开辟的出口。
回到警局的方木，本以为可以通过四名女孩的口供将案子背后的犯罪链条彻底斩断，但他没想到敌人的能力如此之大，竟能避开警方给的证人，一笔钱让他们远走高飞。
那一刻，方木甚至不敢想象，这条罪恶的暗河究竟还隐藏着多少致命的秘密。
为了打破调查的僵局，方木不惜动用一切社会关系，最后终于锁定了幕后黑手，他就是某货运公司的法人梁四海。
正当方木觉得案件有所突破之时，一个噩耗却不期而至，狱中的老邢竟死于一场斗殴。只有方木明白，这不过是凶手伪造成意外的谋杀。
绝望与愤怒充斥在方木的胸口，办法用尽了，他甚至决定亲自动身去暗杀敌人。孤身来到梁四海聚会场所的方木还未及动手，便被一支枪抵住了后脑。
那人正是多次与方木并肩作战的同事肖望。方木怎么也没想到，与他一起出生入死的兄弟竟做了罪犯的走狗，难怪自己的行踪会暴露，难怪梁四海能手眼通天，原来都是肖望在通风报信。
或许是对方还留有一丝人性，肖望只是加以警告，而后便放方木离开。
为了不让犯罪分子逍遥法外，为了斩断这恶之源头，再次死里逃生的方木，决定用鲜血布下一个反间杀局。
在一次秘密抓捕行动中，方木首先假扮陆家村的人，救走了梁四海的心腹金庸。随后在设计挑起两路双方合作上的矛盾，以此让梁四海怀疑金庸欲与陆家村勾结，背叛了自己。
最后，方木使出了致命一击，冒充陆家人，废了梁四海儿子的一只手。就这样，在方木的刻意误导下，两路双方彻底撕破了脸。
于是，怒火中烧的梁四海、肖望和保镖冲进陆家村找村长算账。空旷的陆家祠堂，布局者早已搭好了审判之席，暗中观赏着贪婪者的手枪与无知者的土冲，互相射出丑恨的子弹。
一场硝烟弥漫的火拼过后，双方参与斗殴的人员全部中弹身亡。待一切尘埃落定，隐蔽观战的方木才缓缓抬头，望着照进远山中的阳光。
方木希望它能穿透阴冷的暗河，融化那沉郁的黑色。随着幕后主使梁四海死亡，组织要员金永玉招供，这起跨境拐卖女童案宣布告破，所有涉案人员均得到了应有的惩罚。
冤死的邢志森和因罪名牺牲的郑霖等人追封殊荣，而方木也终于将颠倒的世界再次翻转，让恶魔重返地狱，让纯净的灵魂沐浴城市之光。
热门跟贴