维生素C发酵属于液体深层发酵，防止杂菌污染的工作尤为重要。特别是二步种子易被杂菌污染，导致周期延长，产量下降，严重影响发酵生产。科技书上指出：一般种子带菌或怀疑种子带菌占发酵染菌率的 9.64％，居发酵污染概率的第三位。怀疑而不能确认是由于确认的手段欠缺，光学镜检不能确认微米生物粒子的污染， 种子是否在选育中已被温和性噬菌体污染就更加难以确认。一旦出现种子染菌，要及时组织调查，根据镜检、无检平皿、留样情况，再结合操作人员的回忆分析，找出种子染菌的原因和可能性，采取有效手段弥补一切可能引起种子染菌的漏洞，有针对性地解决问题。
造成种子染菌的原因错综复杂，通过仔细观察和认真分析，归纳出以下几个方面：
（1） 高温高压蒸汽灭菌不彻底；
蒸汽灭菌器操作前必须排空蒸汽管道 内的冷凝水及冷空气，再对物品进行灭菌，在灭菌过程中温 度与压力成比例。一般蒸汽灭菌不彻底易染阳性芽孢杆菌。
（2） 紫外线灭菌不彻底；
紫外线对革兰氏阴性菌、噬菌体最敏感，阳性菌次之，但对芽孢杆菌及霉菌孢子不容易杀死。由于 紫外线穿透力极低，一般限于对无菌室内空气及物体表面的灭菌。
（3） 无菌室的无菌条件不符合要求；
定期对无菌室 的沉降菌、尘埃粒子数、风速、浮游菌等进行环境监测。根据环境监测情况及时 做好清洁、灭菌处理工作，确证无菌室的无菌条件都合格。如果监测到有极少量≥5μｍ尘埃粒子 数，说明无菌室卫生打扫不彻底。
（4） 操作不当造成染菌；
发酵现场消毒工、看罐工若不能正确地操作， 都会误导种液的无菌度。如：消毒工在消毒过程中 灭菌不彻底以及误将空气过滤器的滤芯消化，看罐工操作时掉零磅、泡沫冒顶等等造成小罐染菌， 在不知情的情况下都误判为种子带菌。
（5） 设备以及其它原因引起的染菌。
发酵现场设备的好坏也会影响种液的无菌度。如：罐体、管道上有沙眼（很难看出）、总空气系统 带菌以及不明原因染菌的情况下都误判为种子带菌。
杂菌无孔不入，因此不能机械地孤立认为某种染菌现象必定是某一原因或渠道所致，应当把染菌的时间、菌形和杂菌存在的环境等方面的情况联系起来加以综合分析，才能作出符合实际的正确判 断，从而采取相应的有效措施，制服染菌。
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