陷入分裂的卫拉特（瓦剌），已不能重现也先等人纵横整个蒙古草原的伟绩。便轮到以黄金家族嫡系为首的蒙古大汗领导下的东蒙古发起反击了。
同样出身于绰罗斯氏的东蒙古女强人满都海哈屯，收拾起自己的远亲部族来毫不留情。1481年，她率军亲征，在蒙古西部的塔斯博尔图大败卫拉特四部，迫使卫拉特诸部的封建主们接受了冠缨不得过四指、居常许跪不得坐的屈辱条件。
1496—1510年，东蒙古达延汗亲政后多次起兵攻击卫拉特四部，将卫拉特四部的势力从漠南西部驱逐出去。达延汗之后，漠北地区负责对卫拉特作战的任务先后由兀良哈万户和喀尔喀万户承担。
16世纪末期，漠南蒙古的土默特、鄂尔多斯等部频频向卫拉特发难，西方的哈萨克人也趁机蚕食卫拉特的西部牧地。卫拉特部被喀尔喀阿巴岱汗击溃，并短暂向喀尔喀称臣；阿巴岱汗死后，卫拉特即恢复独立，但并没有扭转被动挨打的局面。
到17世纪初，卫拉特四部的领地被压缩到了额尔齐斯河、鄂毕河中上游和叶尼塞河上游地区。由于牧地有限，卫拉特四部之间不断内讧，根本无法一致应对外部的敌人。
1606年，卫拉特人被迫和外喀尔喀右翼的札萨克图汗签署和约，承认自己臣服于札萨克图汗部，札萨克图汗部首领赉瑚尔派遣堂兄弟硕垒乌巴什统治今天蒙古西部和南西伯利亚地区。
硕垒乌巴什击走卫拉特后，降服了居于唐努山、阿尔泰山和萨彦岭之间的兀良哈万户后裔(唐努乌梁海、阿尔泰乌梁海、阿尔泰淖尔乌梁海三部)，建立了“阿拉坦汗王朝”，此后，卫拉特人就成了阿拉坦汗王朝的属民。
在外敌频繁入侵的当口，卫拉特各部终于在准噶尔部首领哈喇忽拉的号召下暂时摒弃前嫌，组成了统一战线。1620年，哈喇忽拉率领准噶尔部首先打响了反抗阿拉坦汗王朝的第一仗。
1623年，卫拉特四部组成联军与阿拉坦汗王朝作战，打死了阿拉坦汗硕垒乌巴什。自此，卫拉特人不仅摆脱了阿拉坦汗王朝这个宗主，还把叶尼塞河流域原属阿拉坦汗管辖的吉尔吉斯人收为自己的属民。
在反抗阿拉坦汗王朝的斗争中，哈喇忽拉以其战功为准噶尔部在卫拉特四部中赢得了极大的威望，即使是由黄金家族领导的和硕特部也被准噶尔部盖过了风头。
1629年，哈喇忽拉联手和硕特部再次击败阿拉坦汗王朝，将版图扩张到伊犁河流域，占领了天山以北的全部草原地带。但是，哈喇忽拉对外开拓疆土的速度远赶不上卫拉特各部人畜繁衍的速度。
虽然首领们试图通过定期召开“丘尔干”(又称扎尔固，蒙语会议的意思)协商划分好各自的游牧地，但各部为了争夺草场仍时有冲突。
最终结果是土尔扈特部大部及杜尔伯特、和硕特、辉特等各一部，共约5万户20万部众，在土尔扈特部首领和鄂尔勒克的率领下西迁到伏尔加河流域，建立了著名的土尔扈特汗国；和硕特大部在首领顾实汗的率领下远征青海、西藏，建立了和硕特汗国。
而杜尔伯特部与辉特部已然衰落。这样一来，原先由卫拉特四部共享的天山以北和额尔齐斯河、鄂毕河流域及其以南的广阔草原，就只剩下准噶尔部一家独大了。
1634年，哈喇忽拉去世，他的长子和多和沁继位，号巴图尔珲台吉（即副汗）。巴图尔珲台吉在继位前就已经显示出过人的才干，1616年他与其父分家，驻牧于额尔齐斯河以东，协助其父收服阿尔泰山及唐努山一带各部族，又向西攻入哈萨克草原，降服锡尔河上游的布鲁特部，向南频繁掠夺叶尔羌汗国。
巴图尔珲台吉通过建立军功累积了人望，而1620年对中亚富庶之地布哈拉的洗劫，又令他富有。巴图尔珲台吉的过人之处并不仅限于领兵作战，即位之后，他在政权建设和外交方面的成就和他的对外武功一样耀眼。
1640年，巴图尔珲台吉在今新疆的和布克赛尔蒙古自治县境内修筑了一座名为和布克赛尔(别名霍博克塞里)的石城作为自己的驻地。石城的周围是星罗棋布的定居点，从中亚和内地各处掳掠而来各族民众被安置在这一区域，从事农耕和手工业生产。
当时卫拉特蒙古各部亦和其他蒙古势力一样皈依了藏传佛教格鲁派，所以和布克赛尔石城内设有一座喇嘛庙以供祭祀礼佛之用。
巴图尔珲台吉还鼓励对外贸易，积极发展和沙俄、清朝等大国的商贸关系。这些措施，一定程度上改变了准噶尔部经济结构单一的状况，促进了准噶尔部社会经济的发展。
在卫拉特和喀尔喀蒙古长期的军事冲突中，作为卫拉特四部中最有实力的准噶尔部，每次战事都充作主力，因而人畜损失也最大。
种种前车之鉴让巴图尔珲台吉意识到，连年和喀尔喀蒙古人之间的征伐对准噶尔部的社会发展极为不利。另一方面，从西伯利亚向南扩张的沙皇俄国，也成为全体蒙古人必须共同面对的敌人。
在出身和硕特部且又常年活动于喀尔喀和卫拉特牧区的宗教活动家咱雅班第达大师的帮助下，巴图尔珲台吉周旋于各路蒙古王公之间，做了大量工作。最终，他初步使厮杀了数十年的卫拉特四部和喀尔喀蒙古达成和解。
1640年9月，卫拉特四部的重要头目和包括阿拉坦汗王朝统治者鄂木布额尔德尼在内的喀尔喀蒙古王公，在塔尔巴哈台的乌兰勃勒其尔举行会晤。远在伏尔加河流域的土尔扈特汗国的和鄂尔勒克汗与青海和硕特汗国的顾实汗也列席了会议。
这次大会的重要成果就是颁布了《蒙古一卫拉特法典》，该法典内容涉及了政治、经济、宗教、社会生活和道德风俗等各个方面，作为处理各部之间种种社会矛盾的法律典章，得到了长期有效的实施。
为了养精蓄锐，1644年，准噶尔部对外暂时偃旗息鼓。这一年，已经养育了5个儿子的巴图尔珲台吉再添一子，这个孩子就是日后大名鼎鼎的噶尔丹。
噶尔丹出生之前，正值西藏格鲁派高僧温萨三世活佛在准噶尔部弘扬佛法。在塔尔巴哈台的卫拉特—喀尔喀大会上，他是首席大喇嘛，全程参与了《蒙古一卫拉特法典》的制定工作。
传言，温萨三世活佛完成了在准噶尔部的阶段性传教任务后，于1643年准备启程返回拉萨，却被巴图尔珲台吉的妻子尤姆哈噶斯拦住马头。
这位已经生育了一个孩子的首领夫人虔诚地要求温萨佛爷再赐予自己一个儿子，遭到拒绝后，尤姆哈噶斯退而求其次：“既然您作为僧人不能赐予我儿子，能否答应来世降生为我儿子呢？”
面对如此恳切的请求，温萨三世无法拒绝，只好答应了下来。回到拉萨之后不久，温萨三世活佛就圆寂了。过了一年之后，尤姆哈噶斯果然产下一子，众人纷纷传说这个孩子就是温萨三世的转世。
这个婴儿被取名为“噶尔丹”。噶尔丹，在蒙古语里又称“甘丹”，据言这个名词来源于藏语“兜率天”，在佛教中指的是具有欢喜的安乐世界。
或许在巴图尔珲台吉心中，已经有了把自己这个儿子培养成宗教界人士的想法，让这个孩子长大后，像咱雅班第达这种政治活动家那样，为准噶尔部的利益服务。
西藏教廷也投其所好地派出使者承认了小噶尔丹转世灵童的身份，册封他为温萨四世活佛。1656年，12岁的噶尔丹就离开准噶尔远赴拉萨学习佛法。
噶尔丹在西藏游学期间，先是师从四世班禅，四世班禅圆寂后他又转投到五世达赖的门下。遁入佛门的清苦生活没有消磨掉噶尔丹的尚武之气，周围的喇嘛见他日夜以驰射为乐，都讽刺他作风不端正。
五世达赖不仅是一位道行高深的佛学家，更是一位眼光老辣的政治家。目睹噶尔丹的这些不符戒律的妄行后，不仅没有加以惩罚，反而日益器重他。
在17世纪30年代，西藏教派斗争加剧，形势日趋恶化，年仅18岁的五世达赖果断和老师四世班禅联名向卫拉特四部求援，最终借助和硕特汗国的马刀巩固了格鲁派的地位。
初步统一西藏、建立政教合一的甘丹颇章政权之后，他又接受清政府邀请，于1652年前往北京朝见顺治皇帝，获得了清朝对自己地位的承认。
他的众多弟子中，有来自漠南蒙古的章嘉活佛、漠北蒙古的哲布尊丹巴活佛、清朝北京的班第札萨克喇嘛——伊拉古克三活佛等等，可谓桃李满天下。
五世达赖就是通过这些来自各地的门徒来施加自己的影响力，甚至暗中操控各处政局来为自己谋取利益。对于五世达赖来讲，一个保持尚武秉性的噶尔丹绝对要比一个一心向佛不闻外事的噶尔丹有价值得多。
在五世达赖的言传身教下，噶尔丹成了一个工于心计而又阴险好斗的人。倘若时机成熟，他将毫不犹豫地派噶尔丹返回准噶尔部去做他该做的事情。当然，这个时机很快就成熟了。
经过考证后史料认为，噶尔丹返回准噶尔的时间应为1666年左右，而他回到故乡的目的则是帮助调解准部上层贵族之间的矛盾。
当时，于1652年继承了巴图尔珲台吉权位的僧格并非庸主，但是他的行事作风过于刚猛急切。对于不断蚕食准噶尔北部属民的沙俄，他毫不犹豫地大打出手。
1667年，阿拉坦汗王朝因为插手宗主喀尔喀札萨克图汗部的内部事务，招致札萨克图汗部出兵讨伐。僧格所代表的准噶尔部非但没有依据《蒙古一卫拉特法典》的规定，出面调解阿拉坦汗和札萨克图汗部的冲突，反而伙同札萨克图汗部，出兵消灭了阿拉坦汗王朝。
就这样，巴图尔珲台吉苦心营造的和平氛围被他破坏得荡然无存。1668年，僧格甚至派遣军队越过天山南下，试图通过策划官廷政变的方式来征服叶尔羌汗国……
总之，无论是对外还是对内，僧格处理问题的方式简单而直接——诉诸武力。这也引发了准噶尔内部的动荡，在巴图尔珲台吉的弟弟楚库尔乌巴什的暗箱操作下，僧格的长兄车臣和二哥卓特巴巴图尔与僧格爆发内战。
这场冲突连德高望重的咱雅班第达亲自出面都未能调解。五世达赖令噶尔丹返回准噶尔部，明里要他规劝冲突的双方和解，暗里却对他面授机宜，指示他如何利用眼前准噶尔部内乱的机会成就自己。
从后来的历史发展走向来看，噶尔丹的确按照老师教导的去做了。返回准噶尔部之后，他借助自己温萨四世活佛这个身份，在四年多的时间里四方奔走，以讲经颂福的名义暗中发展自己的势力。
1670年，僧格被车臣和卓特巴巴图尔暗杀。噶尔丹果断打出五世达赖的旗号，纠集自己和僧格的旧部众千余人对拥众万余的车臣和卓特巴巴图尔发起斩首行动，并成功擒获车臣，卓特巴巴图尔则逃亡青海。
打完胜仗后，噶尔丹遵照游牧民族的收继婚传统，和僧格的遗孀阿奴夫人结婚，继而宣布自己继任为准噶尔部的珲台吉，完成了从活佛到君主的华丽蜕变。
当时游牧在天山北路卫拉特草原的，不单有准噶尔部，还有杜尔伯特部、辉特部、部分土尔扈特部和部分和硕特部。至于准噶尔自身内部，此时最大的贵族就是僧格遇刺事件的幕后主使者楚库尔乌巴什。
为了统一卫拉特草原，噶尔丹开始了为期五年整顿内部的工作。1673年，经过长时间的准备，噶尔丹出兵突袭楚库尔乌巴什的部众。
这时楚库尔乌巴什远在西藏礼佛未归，他的长子巴噶班第留守准噶尔。结果噶尔丹斩杀巴噶班第，并将楚库尔乌巴什的部众“连同耕地和属民全部摧毁了”。楚库尔乌巴什请求五世达赖调解未果，最终客死西藏。
这样一来，噶尔丹既报了哥哥僧格被杀的仇，又消灭了准噶尔内部影响自己集权的最大障碍。之后，杜尔伯特部的阿勒达尔台吉、和硕特部的贵族丹津珲台吉等纷纷投诚到噶尔丹帐下。
和硕特大部被顾实汗带去青海之后，和硕特在伊犁河流域的老营由顾实汗的侄子鄂齐尔图车臣汗把守。这位鄂齐尔图车臣汗的身份相当特殊：他是阿奴夫人的祖父。换句话说，他是噶尔丹的岳祖父。
在噶尔丹出兵攻打楚库尔鸟巴什之前，鄂齐尔图车臣汗一直以长者的身份协助噶尔丹聚敛部众，双方关系一度极为密切。而促使他们合作破裂的导火索就是噶尔丹攻打楚库尔乌巴什之战。
楚库尔乌巴什一向以鄂齐尔图车臣汗的密友和支持者自居，因而噶尔丹攻灭楚库尔乌巴什的行为被鄂齐尔图车臣汗视为公开向自己挑战的信号。
1674年，鄂齐尔图车臣汗首先向噶尔丹发难。他亲自率领大军收降已经归附噶尔丹的杜尔伯特、和硕特及土尔扈特部众，并把他们强迁到塔尔巴哈台。
这位耄耋老人可能没有料到自己的孙女婿会毫不犹豫地向自己出手。1675年夏天，噶尔丹发兵攻打鄂齐尔图车臣汗，双方在库尔喀喇乌苏、图古勒湖、哈拉塔拉等地展开三次会战。
鄂齐尔图车臣汗所部被打得大败，部众四散逃走。鄂齐尔图车臣汗本人走投无路，于1676年10月向噶尔丹投降，噶尔丹看在阿奴夫人的面上也没有杀掉自己的岳祖父，只是把他安置在博尔塔拉让他安度晚年。
就这样，从西藏回到准噶尔部后，通过十年左右的努力，噶尔丹终于统一了天山北路的卫拉特四部。而为了表示对得意门生的肯定，1678年五月，五世达赖遣使前往准噶尔，册封噶尔丹为“丹津博硕克图汗”。
这是在也先之后，绰罗斯家族终于涌现出了第二位可汗。也就是从这一年开始，“准噶尔部”“准噶尔晖台吉国”升格为“准噶尔汗国”。
为了巩固自己的汗权，噶尔丹首先把汗国的统治中心迁到刚征服未久的伊犁。相对旧都和布克赛尔，伊犁的气候条件更优越，适宜耕牧，更重要的是远离准噶尔旧贵族的领地，可以在一定程度上减少汗国推行新政的阻力。
完成迁都之后，1678年，噶尔丹发布第一号敕令，第一项内容涉及政治制度：汗国以黄教为国教；最高权力属于大汗……就这样，一个崭新的游牧国家出现在天山北路。
噶尔丹的崛起，离不开五世达赖在他背后的支持，因而准噶尔汗国的外交首先把搞好和西藏喇嘛教廷的关系作为重中之重。
自从取得“博硕克图汗”汗号后，喝尔丹以每年两次的频率派遣亲信进藏熬茶，给五世达赖进献各种珍贵礼物。例如击败鄂齐尔图车臣汗之后，为了向五世达赖报喜，噶尔丹就派出使团入藏向五世达赖进献了从汉地和俄国采购的价值至少三千两白银的金丝缎和玻璃工艺品，令五世达赖高兴不已。
对于东方的强邻清帝国，噶尔丹仍然秉持着自巴图尔珲台吉以来的和睦政策。1672年正月，噶尔丹遣使清朝通报自己继承准噶尔首领之位的经过，得到清政府的确认。
此后，噶尔丹每年都向清朝遣使通好，并且通报本国的重大事宜，以维持和清朝的睦邻关系，进而实现提高双方贸易量的目的。
为了专心对付哈萨克和天山南路的叶尔羌汗国，避免北部边疆不稳，噶尔丹改变了历代准噶尔领导人对沙俄的强硬态度，对已经被俄国实际控制的领地和属民不再提出主权要求。
值得注意的是，虽然噶尔丹的对俄政策比较温和，但涉及严重的主权冲突时，“博硕克图汗”也不会任由俄国人摆布。1672年，沙俄派出哥萨克深入准噶尔境内抢掠，噶尔丹立刻调兵五千北上向沙俄施加压力，最终迫使俄方惩办肇事者。
在稳定了和周围主要大国的关系后，噶尔丹开始了对外扩张。1679年，在五世达赖的授意下，噶尔丹利用叶尔羌汗国内部伊斯兰教教派争斗日趋激烈、国家动荡的机会，以护送投奔五世达赖的白山派头目阿帕克和卓回国为名，出兵3万攻占了叶尔羌汗国东部要地哈密、吐鲁番，占领了叶尔羌汗国的半壁河山。
1680年，准噶尔汗国12万大军从阿克苏、乌什等地分兵三路南下，在白山派教徒的策应下高歌猛进，攻克喀什噶尔和叶尔羌城。发源于察合台汗国、占据天山南路160多年的叶尔羌汗国灭亡，天山南北至此都为准噶尔汗国所有。
考虑到天山南路的宗教信仰和社会形态各方面都和准噶尔汗国不同，噶尔丹并没有把天山南路各处纳入直接统治区，而是扶植白山派的阿帕克和卓和吐鲁番的统治者阿卜都里什特等担任代理人，通过建立傀儡政权的方式来确保对这一地区的控制。
噶尔丹只要求他们选派贵族子弟前往伊犁做人质，每年贡献一定的税收，并征调仆从军参与准噶尔汗国的对外战事。征服天山南路后，下一个目标就是西部的哈萨克了。
其时的哈萨克统治者是头克汗，他的父亲扬吉尔汗曾和巴图尔珲台吉交手，甚至一度战胜过巴图尔珲台吉，但英勇的扬吉尔汗最终还是不敌准噶尔铁骑而战死沙场。
如今两位冤家的儿子再次交手，继续上演着和父辈们当年的故事几乎相同的戏码。1682年初，噶尔丹举兵攻打哈萨克控制下的重镇赛喇木城。
为了给哈萨克人赢得集结军队的时间，头克汗巧施缓兵之计，遣使到噶尔丹军中，伪称愿举国向准噶尔投降、纳税、改宗藏传佛教。
大意的噶尔丹被头克汗诱入赛喇木城中，集结在赛喇木城内外的哈萨克人里应外合对准噶尔人发起突袭，准噶尔军大败，噶尔丹狼狈率残部逃脱。
第二年，整顿好兵马的噶尔丹再次攻入哈萨克，终于一雪前耻，大败头克汗。他不仅占领了哈萨克控制下的塔什干、赛喇木等重要城市，还俘虏了头克汗的儿子……
到了1686年，准噶尔汗国的疆域不仅包括天山南北，还往西延伸到了富庶的中亚。来自撒马尔罕、布哈拉、乌尔根奇这些商业城市的贡赋，源源不断地送入噶尔丹的大帐中。
每次战事结束，噶尔丹都会照例遣使送两份礼。一份给拉萨的老师五世达赖，一份给北京的清朝康熙皇帝。整个西藏喇嘛教廷都为噶尔丹对外扩张的成果弹冠相庆。与之形成强烈对比的，是清朝政府的冷漠态度。
1677年，噶尔丹将击败鄂齐尔图车臣汗时所掳获的兵器和战俘献送清廷，但清朝拒绝收纳。1678年，噶尔丹晋位“博硕克图汗”时，曾向清廷通告消息，并要求清政府承认和授以汗印，又被清朝方面拒绝。
其实，对于逐渐壮大的准噶尔，清朝一直抱有相当程度的戒心。虽然此时的清朝无力顾及西北边疆的情势，但依然坚持在原则上向周边部族表示这样一个态度：清朝不会承认也不会鼓励准噶尔对其周边势力的扩张行为。
表面上，清朝和准噶尔的关系是一团和气，而实际上在这种友好氛围下双方也有不少的摩擦。
噶尔丹统一天山北路卫拉特各部之时，正值清朝政府被三藩之乱搞得焦头烂额，这让噶尔丹有了趁机出兵骚扰清朝边境的想法。
但五世达赖对清准双方的实力有明确的估量，他认为以准噶尔汗国的国力并不足以和清廷一较高下，是以遣使劝阻了噶尔丹。
因为青海的和硕特汗国收容了谋杀僧格的卓特巴巴图尔，1678年3月噶尔丹曾计划出兵青海。康熙皇帝针锋相对地命令甘肃提督张勇等人在甘州、凉州边外增兵戒严，同时敕谕噶尔丹：“坚立信誓，不许骚扰人民。”噶尔丹被迫取消了攻击青海的计划。
1682年，三藩之乱平定，康熙皇帝派遣内大臣奇塔特出使准噶尔。这一则为了解决河套以西阿拉善地区的卫拉特部落归属，以及准噶尔商人格楚尔挟持清朝商人巴朗一案的处理等问题；二则为了搜集准噶尔汗国最新的内部情报，探听虚实。
虽然双方总体上谈得很融洽，但与会者谁都明白，清朝和准噶尔这两个东亚大陆上的强权迟早会爆发激烈的碰撞。那根触发炸弹的导火索，到底会在哪里点燃呢？
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