按照消毒水平的高低，分为高水平消毒、中水平消毒与低水平消毒。

高水平消毒指杀灭一切细菌繁殖体包括分枝杆菌、病毒、真菌及其孢子和绝大多数细菌芽胞。达到高水平消毒常用的方法包括采用含氯制剂、二氧化氯、邻苯二甲醛、过氧乙酸、过氧化氢、臭氧、碘酊、酸性氧化电解水(AEOW)等以及能达到灭菌效果的化学消毒剂在规定的条件下，以合适的浓度和有效的作用时间进行消毒的方法。

中水平消毒指杀灭除细菌芽胞以外的各种病原微生物包括分枝杆菌。达到中水平消毒常用的方法包括采用碘类消毒剂（碘伏、氯己定碘等）、醇类和氯己定碘的复方、醇类和季铵盐类化合物的复方、酚类等消毒剂，在规定条件下，以合适的浓度和有效的作用时间进行消毒的方法。

低水平消毒指能杀灭细菌繁殖体（分枝杆菌除外）和亲脂类病毒的化学消毒方法以及通风换气、冲洗等机械除菌法。如采用季铵盐类消毒剂（苯扎溴铵等）、双胍类消毒剂（氯己定等），在规定的条件下，以合适的浓度和有效的作用时间进行消毒的方法。

低水平消毒只能杀灭最弱的亲脂类病毒和细菌繁殖体，中水平消毒不能杀灭芽胞，高水平消毒可以杀灭大多数芽胞，而灭菌水平可以杀灭所有芽胞。

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