噬菌体(bacteriophage, phage)是感染细菌、真菌、藻类 、放线菌或螺旋体等微生物的病毒的总称，因部分能引起宿主菌的裂解，故称为噬菌体。
噬菌体分布极广，凡是有细菌的场所，就可能有相应噬菌体的存在。在人和动物的排泄物或污染的井水、河水中，常含有肠道菌的噬菌体。在土壤中，可找到土壤细菌的噬菌体。噬菌体有严格的宿主特异性，只寄居在易感宿主菌体内，故可利用噬菌体进行细菌的流行病学鉴定与分型，以追查传染源。由于噬菌体结构简单、基因数少，是分子生物学与基因工程的良好实验系统。
一旦感染噬菌体，实验室的工程菌们就遭殃了。
噬菌体对抗生素不敏感，工程菌一般带抗性，加入抗生素也没法杜绝噬菌体污染。
噬菌体是原核生物病毒。非常微小，其直径为0. 1 μm；不具有完整细胞结构；只含有单一核酸。它的感染能力非常强，极易感染用于发酵的细菌和放线菌。传播蔓延的速度非常快，且很难防治，对发酵产生有巨大的威胁。它可以通过环境污染、设备的渗漏或死角、空气系统、培养基灭菌过程、补料、取样及其他操作过程进入到发酵系统中。
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