1938年7月，陈独秀从武汉辗转长沙来到重庆，遇见同乡、同学邓季宣，经他又认识了江津名绅邓蟾秋、邓燮康叔侄。邓蟾秋仰慕陈独秀之名，邀请他来到江津县，经过一番波折，最后定居在石墙院。
这个石墙院乃是前清进士杨鲁承的旧居，在当年算得上气派非凡，然而等到陈独秀入住之时，已经是年久失修，有些破败了。
石墙院为三进，中间以天井隔开，这天井大约200平米，青石铺地，四周有雨槽，第三进正面是三间大屋，有左右耳房，自成小院，陈独秀就住在右侧耳房。卧室是一间10平方左右的小屋，房前留下敞开着半个“厅”，仅容一桌两凳，是陈独秀吃饭的地方，院的右侧两大间，大门有一大排隔栅，是陈独秀写作和会客的地方。
陈独秀落脚在石墙院，生活一方面靠朋友馈赠，北大学生会是经常支持的，另方面靠卖文、卖字。他的诗、文、书法都属一流。夫人潘兰珍为生活所迫，避着陈独秀典当了首饰，连柏文蔚（陈的老友、曾任安徽都督）赠给他的皮袍子也当了。
包惠僧曾经回忆道：“他们（陈独秀）院里堆了一大堆土豆，是陈独秀和潘女士种的，他们用的家具都是些破烂桌椅，生活很苦。”
虽然生活拮据，但陈独秀依然是一副执拗的性子。当时他编著了一本《小学识字教本》，是有意为中小学教师普及国民文化教育提供教学蓝本，学术性虽高，但目的还是在于实用。此书完成后，稿件送审时，有关部门认为“小学”二字不妥，要陈独秀改书名，陈说“一字不能动”，把预支的两万元稿费退回去了。
即使不得不依靠朋友们的接济，陈独秀也并非谁的钱都要。当时国民党中央秘书长朱家骅赠陈独秀5000元，这在当时是一笔不小的数目。但是依旧被陈独秀以“却之不能，受之有愧”拒绝。后来任卓宣曾经给陈独秀寄去200元大洋，任曾经是我党高级干部，1928年被捕后叛变，后来做到国民党宣传部副部长，而陈独秀却叫人按原址退回。
陈独秀住在石墙院，虽远离城市，交通又不便，但前来拜访的人络绎不绝，有县长和当地名绅，还有已做了大官的学界名人傅斯年、罗家伦。至于陈的老友高语罕、邓仲纯等安徽老乡、北大同学，江津名流，就更多了。
1939年2月，中共驻重庆国民政府代表周恩来，在辛亥革命元老安徽人朱蕴山陪同下，探访了陈独秀。周恩来此次拜访，仍继续劝说陈独秀，希望他放弃个人成见与固执，写个检查回到延安去。
陈独秀说：“李大钊死了，延年死了，……除周恩来、毛泽东，党中央没有我可靠的人了，我也落后了，年纪也大了，中央开会，我怎么办呢？我这个人又不愿被人牵着鼻子走，我何必弄得大家无结果而散呢。”陈独秀还是老脾气，是直言不讳的。
1942年5月23日，曾代表陈独秀参加过中共一大的包惠僧来探望陈独秀，老友重逢，他非常高兴，中午吃了四季豆烧肉，引起胃病复发，潘兰珍延请好几位医生但并无起色。
陈独秀自知将不久于人世，向跟随他多年的北大学生何之瑜交代：“小儿松年早已分居独立，夫人家中无亲人可依靠，放心不下，请你务必多多关照。并要嘱夫人今后一切自主，生活务自立，我在南京狱中，朋友赠我的五个显德四年古瓷碗，留给兰珍。后事料理后，稿费如有多余，也留给她一部分……”话未说完，心脏病突发，抢救无效，与世长辞，时在1942年5月27日晚9时40分，享年63岁。
《江津日报》大幅标题独家报道了陈独秀去世的消息：“陈独秀去世：一代人杰陈独秀先生，青年时期向宗教宣战，向偶像宣战，一种凌厉之气，不失为一个前驱者。”国民政府中央社亦发布通讯，向全国公布了陈独秀逝世的消息。《大公报》、《申报》、《时事新报》、《新民报》、《古今》、《新申报》相继转载，并刊发悼念文章。
得知陈独秀去世的消息后，国民政府派出以教育部次长段锡朋为首的奔丧团赴江津为先生致哀。江津大小官员、地方名流百余人自发来到陈独秀住处，为这位中国近代史上不可忽视的人物送行。独秀先生的安葬仪式，由北大同学会操办。
陈独秀灵柩于6月1日下午1时30分安葬于江津大西门外鼎山麓康庄，此地也是邓蟾秋捐献。出殡之日，陈独秀亲属和双后小学学生百余人随行送葬，从鹤山坪到康庄30里，两旁站立许多人送葬，有人放鞭炮以示悼念。
陈独秀去世后，衣裳、棺木与墓地等均由邓蟾秋、邓燮康赞助，社会各方多有支持，捐赠和赙仪总数为33750元，支付38753.01元，超支5000元，由北大同学会拨付。
何之瑜回忆说国民党要人多有资助：“蒋介石捐了10000元，朱家骅5000元，陈立夫和段锡朋各2000元。”胡汉民在广州曾对其属下说：“仲甫先生，戛戛独造，究竟与众不同。”蒋介石也曾对胡宗南说：“陈独秀的见解深甚，眼光远大。”虽然陈独秀与国民党政见相左，但就对待陈独秀去世一事来看，国民政府尚存些许宽容。
而此时的延安，正在大张旗鼓地开展整风运动，因此作为中共中央机关报和主要喉舌的《解放日报》、《新华日报》和《冀察冀日报》则没有陈氏去世只言片语的报导。
陈独秀晚年曾作过一首诗：
《寒夜醉成》
孤桑好勇独撑风，乱叶颠狂舞太空。
寒幸万家蚕缩茧，暖偷一室雀趋丛。
纵横谈心忌形健，衰飒心因得句雄。
自得酒兵鏖百战，醉乡老子是元戎。
或许只有在醉梦中，陈独秀才能回忆起曾经的荣光。
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