1971年的“九一三”事件发生后，时任中央政治局委员、总后勤部部长的邱会作便自知大难临头，整个人精神恍惚，睡不好，吃不香。妻子胡敏曾多次问邱会作是怎么回事，但他只是摇头叹气。
9月24日早晨，邱会作从家里出去到人民大会堂开会，就再也没能回来。那天上午8点30分，周恩来以毛泽东的名义在人民大会堂宣布：“黄永胜、吴法宪、李作鹏、邱会作暂时离开工作岗位，反省自己的问题。”此后邱会作被带往位于顺义县的北京卫戍区第三师师部，在那里生活了5年零3个月。
1973年8月，中央决定开除邱会作的党籍，撤销其党内一切职务。1980年，中华人民共和国最高人民法院特别法庭对林彪、江青反革命集团主犯进行了公审。邱会作被推上了历史审判台。
邱会作在接受审讯时，认罪态度是比较好的，法官在询问他问题时，他多次表示：“这是我的罪行，我完全应当认罪。”邱会作还曾当庭向受他迫害致死的总后勤部副部长汤平的妻子刘伯音下跪请罪，这给在场旁听的人一个好印象，大家觉得他的认罪是真诚的。
1981年1月25日，是法庭对邱会作的罪行进行宣判的日子。审判长在宣判前向邱会作宣布：“你对指控的罪行可以进行辩护。”邱会作却站起来说：“我向法庭低头认罪，没有可辩护的。我承认自己追随林彪及其集团所犯的罪行，无论把我关起来或是判刑，我的态度都是服从。”
最终法庭考虑到邱会作的认罪态度较好，判处他有期徒刑16年，剥夺政治权利5年。当审判长宣读判决书时，邱会作只喊了一句：“毛主席万岁！”
1981年8月，党中央考虑到邱会作等人年事已高、曾经为革命事业立过功的事实，对他们作出了“保外就医”的决定。因为邱会作的妻子胡敏是陕西西安人，所以他和胡敏被安置到了西安居住，每个月发给生活费100元。
1987年9月24日，邱会作服刑期满，公安部来了一位官员向他宣布：就地安置，每月发给生活费200元，拿释放证到当地公安派出所报户口。
陕西省老干部局的一位官员曾这么回忆邱会作的晚年生活：
在当年西安普通民宅区，他俩真实生活条件很差，月生活费用才200多元，还雇了一个小保姆，生活艰辛。有50年军医史的胡敏为维持生计，一度重操旧业，办过“胡敏诊所”，上门求医者络绎不绝，后因年龄太大，不再行医。
1992年，有关部门将邱会作夫妇安排到西安市南郊某干休所安度晚年，这套住房面积约170平方米，与他们原来的住房相比，真是天上人间。邱会作夫妇刚搬进这个新家时，真可谓家徒四壁，偌大的住房空荡荡，唯一值钱的东西就是一台21英寸的日立牌彩电，这台彩电还是子女们给他们买的。
邱会作晚年每天都要坚持锻炼身体和练习书法，凡是见到他的人，都能强烈地感受到他的典型的军人气质。虽然邱会作已是年过八旬的老人了，但他坐有坐相，站有站姿，腰杆笔直，走起路来挺胸，昂头，收腹，说起话来声音洪亮，且头脑条理清晰，废话不多，这一切都与他多年来养成的良好习惯分不开。
邱会作的一生多半从事军队的财政经济工作，所以他晚年对中国的经济改革尤为关心。邱会作曾说：“好多问题，都是历史积累下来的。例如物价，稳而不涨行不通，工资增长速度又赶不上物价上涨指数，必然会形成矛盾。”
2001年末，邱会作病重，被接回北京，住进了协和医院。2002年7月18日，邱会作在北京协和医院病逝，享年88岁。
邱会作的丧事是以家庭的名义办的，来送别的人完全出于自愿，竟来了近千人，如此的热烈，如此的恭敬，如此的从容，恐怕邱会作自己也不会想到……
在送别仪式上哭得最凶的是黄永胜的大儿子黄春光，他说他要把邱伯伯一直送回家。是啊，1983年，黄永胜患肝癌去世时，他的丧事该多冷清？又有谁敢去送葬？邱会作幸运地多活了19年，于是得到了今天的哀荣。
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