饶毅在美国西北大学干到神经科学讲席教授那会儿，国际上不少地方都伸橄榄枝，实验室条件好，学生也稳。
2007年他却决定全职回来，之前从1999年起就陆陆续续帮国内搭研究所框架，2002年跟德国同行一起弄上海交叉学科研究中心，2004年又跟别人一块儿建北京生命科学研究所。回国后直接接北大生命科学学院院长，头几年重点抓制度。
学院新进年轻人一律从研究员起步，合同写得清清楚楚，十年里要过两次国际同行评审，第一次过关升高级研究员，第二次才正研究员。这套预聘制在当时国内高校算头一份，目的就是让大家靠真本事说话，不搞论资排辈那一套。
他还争取学校支持，新盖楼，改建共享空间，把心理学系的楼也盘活，仪器设备共享，减少浪费。2011年4月北大清华生命科学联合中心挂牌，中心不光自家学院用，还向化学、医学、心理学等院系开放，资源打通，合作项目多起来。
研究生轮转制也是他推的，学生能在北大、清华、北京生命科学研究所之间挑导师，先轮转再定方向，取消了以前毕业非得发SCI点数的硬杠杠。每年夏天他联系国外实验室，送四五十个本科生出去实习，回来开总结会，让低年级学生听听外面的做法。
那些年学院里年轻人留得住，国际合作多，研究生津贴低的时候他先从学院经费调一部分补上，后来联合五十多位教授反映情况，国家后来也提高了标准。
饶毅从1999年帮国内建所算起，到2011年已经干了十多年，2007年全职回来后动作更大。2011年5月他通过教育部渠道进了中科院院士有效候选人名单，当时外面呼声不低。结果8月17日初步候选人名单一出，145个人里没他。
他早在3月份就写好一份声明，存电脑里，没跟人说。声明很简单，就说从2011年8月17日后不再成为候选人。当天名单出来后，他直接把声明发到博客上，从此关上院士大门。
这十一年里，他干的都是实事：推预聘制、建联合中心、搞脑研究所、改教学流程、拉捐款、送学生出去见世面。同一时期，有些技术上只懂皮毛的人，靠关系或其他路子进了重要岗位，管项目、管经费、管团队。
饶毅这样国际认可的学者，成果摆在那儿，改革也见效，却连续多年没进院士行列。他没去争头衔，声明发完就继续手头工作。外界议论挺多，有人说他说话太直，批评科研经费分配里的关系户和形式主义，触动了一些人。
事实就是，他回国后一直坚持国际标准评审，坚持把钱用到真做事的人身上，坚持公开透明，这些做法在当时国内环境下并不容易被所有人接受。
落选和退出，不是能力问题，而是制度里某些环节还不够完善的表现。饶毅选择用行动回应，把精力放在实际建设上，而不是头衔上。
2016年他又兼北京大学理学部主任，协调跨学科事。2018年北京脑科学中心成立，他担任主任，推动脑科学和类脑研究，提出化学连接组新概念，用果蝇做模型，画神经递质和受体图谱，成果发在国际期刊上。
2019年6月25日他去首都医科大学当校长，一干就是到2025年3月，因年龄原因卸任。校长任上，他抓学科建设、医学研究、人才培养，学校在这些方面都有实打实进步。
他这些年就是这样，头衔没拿到，实事没少干。从美国回来后，国内生命科学和脑科学领域多了不少新机制、新平台、新人才，这些都是看得见的变化。
院士评选有它的规则，有些人技术一般却能通过别的渠道占位置，这现象确实存在，但饶毅没把时间浪费在抱怨上，而是埋头把自己的事做好。国家现在越来越重视真才实学，科研环境也在一步步改善，像他这样的人，贡献摆在那儿，大家心里都有数。
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