微生物学发展的第三个时期，被称为奠基期（1861—1897年）。在这短短36年的时间里，是以微生物之父巴斯德为代表的，他建立了现在微生物学，这个时期，是寻找人类动物病原菌的黄金时期。

法国化学家路易·巴斯德是世界公认的微生物学创始人。像牛顿开辟出经典力学一样，巴斯德开辟了微生物领域，创立了一整套独特的微生物学基本研究方法，开始用“实践—理论—实践”的方法进行研究，他是一位科学巨人。

美国学者麦克·哈特所著的《影响人类历史进程的100名人排行榜》中，巴斯德名列第12位。

细菌作为微生物生物，必有母体

19世纪时，科学家们普遍认为生物可以从无生物中自然产生。如不干净的衣物会自生虱蚤，污水中会自生蚊蚋。巴斯德坚决反对这一学说，他坚信任何生物都是有母体的，非生命物质不可能产生生命。巴斯德做了大量试验,证明最小生命———细菌并非在无生命物质中产生。

巴斯德研究了发酵现象，发现了酵母菌、乳酸菌。这是以前的人不知道的，但这些小东西是从哪里来的？古老的传说：破布可闷出小老鼠、腐草为萤的传说，说明许多生命是自然产生的。1859年自然发生论终于被巴斯德推翻了，原来在有些“生物是否自然发生”争辩的时候，达尔文的《物种起源》发表了，这给巴斯德一个重要的启示，生命是逐渐进化的，现代的生物是以前的生物演变来的。

巴氏灭菌法

巴氏灭菌法(pasteurization)，亦称低温消毒法，是由法国微生物学家巴斯德发明的低温杀菌法，是一种利用较低的温度既可杀死病菌又能保持物品中营养物质风味不变的消毒法。

巴氏杀菌是将混合原料加热至68～70℃，并保持此温度30min以后急速冷却到4-5℃。因为一般细菌的致死点在温度68℃、时间30min以下，所以将混合原料经此法处理后，可杀灭其中的致病性细菌和绝大多数非致病性细菌；混合原料加热后突然冷却，急剧的热与冷变化也可以促使细菌的死亡。

巴氏消毒利用病原体不是很耐热的特点，用适当的温度和保温时间处理，将其全部杀灭。但经巴氏消毒后，仍保留了小部分无害或有益、较耐热的细菌或细菌芽孢，因此巴氏消毒牛奶要在4℃左右的温度下保存，且只能保存3~10天。

巴斯德高温灭菌法即巴氏消毒法，没有申请专利，而把它公开了。利用研究结果获利是学者的耻辱，这种信念，终其一生都没有改变。

狂犬疫苗

路易·巴斯德被世人称颂为 “进入科学王国的最完美无缺的人”，他不仅是个理论上的天才，还是个善于解决实际问题的人。

1882年，巴斯德开始研究狂犬病，证明病原体存在于患兽唾液及神经系统中，并制成病毒活疫苗，成功地帮助人获得了该病的免疫力。1885年，人们把一个被疯狗咬得很厉害的9岁男孩送到巴斯德那里请求抢救，巴斯德犹豫了一会后，就给这个孩子注射了毒性减到很低的含有病原的狂犬病的延髓提取液，然后再逐渐用毒性较强的提取液注射。巴斯德的想法是希望在狂犬病的潜伏期过去之前，使他产生抵抗力。结果巴斯德成功了，孩子得救了。

在微生物历史上，奠基期除了巴斯德，还有两位重要的代表人物。一位是德国细菌学家罗伯特·科赫（Robert Koch，1843～1910年）提出的“科赫法则”；一位是是德国著名生物化学家布赫纳，布赫那是酵素化学的开拓者，无细胞发酵的发现者。