两个原因。

第一、海瑞《治安疏》中说到的问题基本属实，杀了他，海瑞流芳千古，嘉靖彻底坐实昏君的骂名；第二、海瑞是一把利剑，留着他可以给裕王带来帮助。

先说第一个原因，海瑞上疏其实选择了一个绝佳的时刻，这时候没有能给嘉靖背锅的人了，严嵩和吕芳已经不在了，而嘉靖此刻精力也大不如从前，手下的人就连陈洪都开始巴结裕王。说白了，这是嘉靖一朝皇权最为松动的时候。

海瑞选择此刻上疏，朝中大臣和司礼监有谁能去为嘉靖挡这个骂名呢？徐高张注重名誉，断然不会去趟这浑水；赵贞吉有成为第二个严嵩的潜质，可以资历不够，还被海瑞扒出了老底；陈洪按道理可以，可是定罪还轮不着司礼监，况且海瑞背后曾经连着裕王，这个时候冲出去接刀子，以后裕王上位了要是清算起来怎么办？

所以，嘉靖只能自己出动，可最终也只留下八个字“无父无君，弃国弃家”，定罪在内阁扯皮不了了之。不得已嘉靖下了第二道旨“好雨，明月”，让徐阶猜两个人的名字。

“好雨”出自杜甫的《春夜喜雨》，全诗为：“好雨知时节，当春乃发生。随风潜入夜，润物细无声。”众人都猜对了，里面有“时”字，李时珍又是湖北蕲春人，后两联显然是让大家暗中送进宫。同时，也表明嘉靖身体确实不行了。

根据徐阶的解释，“明月”的意思是：“明”是指大明，由日和月组成，而明月，显然是有月无日。大家眼睛光去看“月”了，忘了大明朝的“日”，这个“日”就是指嘉靖帝！另一层意思就是说，海瑞无日，无日，就是指日子过到头了，暗示大家把海瑞秋后处决！

其实，这两人连在一起的意思就是：嘉靖身体不行了，而海瑞又如此置嘉靖的名声于不顾，他想找个人帮自己最后再挡一下。容忍海瑞相当于直接承认是昏君，但要是直接从自己的口中下旨杀掉他，那死了也要担着昏君的骂名。所以，这个时候需要有人给嘉靖一个台阶下。这个人无疑就是裕王，裕王必须找出海瑞的合理罪名，这也就是在向嘉靖表明依然臣服于他的皇权，对裕王顺利继位有好处。

而最终裕王手底下的人果然也不是吃干饭的，给海瑞定的罪名是“以儿子辱骂父亲的罪名判他绞刑，杀不杀儿子，皆是父亲一句话而已！”

嘉靖有了台阶下，又试探出了裕王这帮人的忠心，自然也就不会在下旨杀海瑞了，给自己博了一个明君在位的名声。

第二个原因比较好理解，裕王生性敦厚，旁边又皆是徐高张这样的老好人，打太极的高手，这些人平常做事都还可以，可真要到了豁出命维护皇权的时候，他们做不到。嘉靖手里不杀海瑞，等到了裕王手里就把他恩赦放出来。这相当于皇恩天赐，昭示裕王是明君的同时，也可以笼络人心，真正将海瑞为自己所用。