中国与吉尔吉斯斯坦有1100公里的共同边界，沙俄侵略中国西北边疆是中吉边界问题的源头。

19世纪50年代，英、法、俄等资本主义国家需要掠夺更多的原料和开辟更广阔的市场，以夺取更大的利润。在第二次鸦片战争期间，沙俄无中生有地提出所谓中国西部疆界“未定”论，1857年8月，沙俄给清政府的照会中提出“东北至海，西至伊犁等处，两国接壤极多，遗有未定疆界。清政府对沙俄的无理要求予以严正拒绝。

后来，沙俄同清政府订立《中俄天津条约》第九条规定：“中国与俄国将从前未经定明边界，由两国派出信任大员秉公查勘”，为沙俄掠夺我西北领土做了伏笔。

1860年10月，英法联军在沙俄的怂恿和支持下攻占北京。沙俄乘机一面借英法武力胁迫清政府就范，一面表示愿意出面“调停”。沙俄强迫清政府于1860年11月14日在丧权辱国的《中俄北京条约》上签字。

《中俄北京条约》第二条规定中国西部边界以山岭、大河及常驻卡伦为界，实际上是要在中国界内划界。

1862年，沙皇亚历山大-尼古拉耶维奇亲自主持关于划界的特别会议，命令谈判代表必须一丝不苟地执行《北京条约》，必须以中国常设卡伦（清代哨所名称）线作为两国划界的基础，控制从俄国边境通往南疆的所有最便捷的山口，将俄国单方编制的国界线向中国方面提出，并要求作出绝对的答复，如果同意谈判，只能全盘接受俄国的方案，如果不接受谈判，则将责任推给中国。为保证边界谈判的成功，沙俄军队奉命向战略据点推进，用刺刀挑开了边界谈判的序幕。

关于中国西北部的中俄边界谈判从1862年8月到1864年10月，历时两年余，其间由于沙俄破坏，中断两次。19世纪60年代，中国已经进一步衰弱和半殖民地化，沙俄正是利用当时的形势，交替使用武力威胁和外交讹诈两种手段，加紧掠夺我国西北部领土。1864年10月7日，清朝被迫在《中俄勘分西北界约记》上签字。

根据这一条约，沙俄侵占远超过《北京条约》的中国领土，沙俄割取我国八处卡伦及特穆尔图淖尔、巴尔喀什湖以东以南，斋桑湖、塔拉斯河流域等地，原在鄂博以内、卡伦以外的哈萨克族、柯尔克孜族游牧地全被侵占。

按卡伦划界，就是要在中国境内划界，而“按常驻卡伦”划界比之“按现有卡伦”划界失地更多。沙俄一开始就意识到“按常驻卡伦”划界的益处，沙俄代表巴布科夫充分利用清朝代表不懂俄文和地理知识缺乏的缺点，坚持“按常驻卡伦”划界，并以武力作为其后盾。用沙俄军队占领全部国界线上的各个战略据点，而并不超过中国的常设卡伦线。

但是在中国西部中俄边界谈判中，由于清朝代表不懂俄文，没有发现这个问题。清官员到后来已意识到“两种卡伦”的巨大区别，但为时已晚。

后来沙俄通过建立牌博进一步侵占中国领土，树立牌博的工作实际上完全是沙俄一手操纵下进行的。沙俄每签一次条约，每勘一次边界就把中国西北领土一块一块地割去。

清朝之所以在边疆问题上被沙俄欺负，第一个原因是国力衰败，充分展现了“弱国无外交”。第二个原因是清朝代表不懂俄文，所谈判边界内容和范围大不一样。第三个原因是地方官员软弱，欺上瞒下，敷衍了事，造成决策部门判断失误。第四个原因是卡伦到清末已不受重视，巡边制度间隔时间过于宽松。

在苏联时期，中苏边界谈判未完成，也没达成最终的边界协定，苏联解体后，俄、哈、吉、塔四国依然延续同中国友好协商的势头。四国均承认原中苏边界谈判的现有成果。

为了尽快解决中吉边界问题，两国协定组织实地联合测量，再以边界地图为第一手资料谈判，地图将送联合国备案。1993年9月中国与吉尔吉斯斯坦等四国边界联合野外测绘任务全部完成。

1996年7月，中吉两国签署边界协定，双方同意就未解决的区段继续进行谈判。1999年8月，双方签署边界补充协定，完全解决边界问题。吉尔吉斯斯坦成为继哈萨克斯坦之后第二个和中国彻底解决边界问题的中亚国家。

1999年8月，中吉两国举行《中吉国界补充协定》签字仪式。意味着两国1000多公里的边界线走向将全部获得解决。

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