潘汉年冤案，是建国以后很早的高干冤案，他的奇特之处在于充满神秘色彩，最终被最高领袖一句话定性。
潘汉年是一位传奇人物，1925年加入中国共产党，长期担任中共秘密情报战线的负责人。中华人民共和国成立以后，为上海市委副书记、常务副市长。

1955年３月下旬因为高饶问题，毛泽东说，高级干部本人历史上如果有什么问题没有交代的，都应当主动向中央讲楚，否则罪加三等。潘汉年于是在４月１日向陈毅讲了1943年奉党之命与李士群接触时，曾与汪精卫见面，并向中央写了书面材料。毛泽东看后批示：此人从此不能信用。第三天，潘汉年被捕。
1962年，毛泽东在七千人大会上说：“有个潘汉年，此人当过上海市副市长，过去秘密投降了国民党，是一个CC派人物，关在班房里头，但我们没有杀他。像潘汉年这样的人，只要杀一个，杀戒一开，类似的人都得杀。”

最高领袖的一句话判定了潘汉年的性质。
1963年1月，最高人民法院作出终审判决，认定潘汉年是“长期隐蔽在中国共产党和国家机关干部的内奸分子”，判处有期徒刑15年，剥夺政治权利终身。
潘汉年冤不冤？确实冤枉！曾任社会部部长的罗青长在1995年3月发表的《潘汉年冤案的历史教训》一文说，“根据档案材料，当时潘汉年所做的工作，如打入日寇内部，利用李士群等，中央都是知道的”，“见汪精卫是在李士群、胡均鹤突然挟持下发生的，当时已无法请示。”

李克农当时还提出5条反证:
1.中央一再有打入敌伪组织，利用汉奸、叛徒、特务进行情报工作的指示；
2.潘利用袁殊、胡均鹤、李士群，利用日本驻港副领事刻户跟木和小泉都有正式报告；
3.潘汉年提供了决策情报：一是关于德国进攻苏联时间的准确情报，二是苏德战争爆发后，日军究竟是南进还是北进的情报，三是太平洋战争爆发的情报；
4.组织机密一直未被泄露，直到上海解放；
5.潘所属的重要关系，当时还在起着绝密的现实作用。这是毛泽东、周恩来所了解的。
这些都没有改变潘汉年的命运。
办过此案的彭树华《潘汉年案审判前后》一书记述过此案过程。

中央于1962年决定对潘汉年案进行审判，命最高人民法院刑庭庭长曾汉周、最高人民法院刑事审判庭审判组组长丁汾和助理审判员彭树华三人组成合议庭，审理此案。丁汾和彭树华到关押潘汉年的秦城监狱，用一个月时间查阅了全部案卷，发现对潘汉年的主要指控，如在国共谈判中投降国民党，投靠日本特务机关，与汪伪勾结，包庇反革命分子，向台湾提供情报，都站不住脚，于是提出了八点质疑，向曾汉周汇报。三人达成共识，又向最高人民法院副院长吴德峰汇报。最后向谢觉哉院长汇报。
谢觉哉听完汇报以后说：“你们辛苦了。你们对潘汉年案卷材料看得很仔细，提出了你们的看法，很好。不过你们提出的问题，我们最高人民法院是搞不清楚的。德峰同志跟你们说过了吧，潘汉年案是中央交办的案子，我们只是办理法律手续。”
谢觉哉作为最高法院院长，也是无可奈何，最高人民法院不负责案件事实审查。

潘汉年案的复杂性，在于涉及很多历史机密和复杂的人事关系，王明、博古和潘汉年的关系以及毛泽东对潘汉年的看法。陈云在晚年郑重提出，1936年中共驻共产国际代表团派潘汉年回国去进行国共谈判，是由王明、康生和他3人决定的，王、康都已去世，只有他能为潘汉年作证明了。
潘汉年当时是被秘密逮捕的，因为潘是人大代表，大常委会第九次会议追请大会批准将对潘汉年的逮捕列为议程。因为根据宪法，逮捕人大代表必须经全国人大或人大常委会批准。
潘汉年的冤案历史悲剧在于，一个人有罪还没罪不是法律来决定的。历史告诉我们，没有法治社会任何人都有可能是受害者。