林肯宣誓就任总统之际，南部同盟诸州中的四个军事要塞仍然在联邦手中，但它们都在南部同盟境内：佛罗里达群岛的泰勒和杰斐逊要塞，没有受到攻击的危险；佛罗里达州彭萨科拉县一个小岛上的皮肯斯要塞；以及查尔斯顿港的萨姆特要塞，恰好在南部同盟的炮台射程范围之内。

早在3月15日，《芝加哥论坛报》就建议林肯派一艘“装载补给品、但没有增援兵力”的舰船前往萨姆特要塞，而且“不执行秘密任务”。它写道，这将“使向美国公民提供救济的补给船开火的责任推到杰斐逊·戴维斯先生身上，否则就使它快速完成其使命的目标”。

由于他的内阁在行动方针方面存在深刻分歧，在一个月的犹豫不决之后，林肯采纳了这一方针。他宣布向被包围的部队运送食物和药物而不是武装部队的人道主义冒险。由于不愿意默认联邦权威的这种表现，南部同盟总统于4月12日命令向萨姆特开火。内战已经开始了。

随着萨姆特要塞的投降，林肯宣布脱离联邦的各州发生了“叛乱”。

国会已经休会（林肯要求7月4日开始召开一期特别会议），而这些行动是美国历史上最大胆的单方面行使行政权，它的不同寻常之处还在于，这个人是以反对滥用总统权力的政党成员进入政治的。到5月底，又有4个蓄奴州——弗吉尼亚、北卡罗来纳、田纳西和阿肯色——退出了联邦，而不是参与镇压他们的南部同胞。

无论林肯是否巧妙地操纵南部打响第一枪，还是仅仅蓄意冒战争的风险而创造一种将首先动武的责任归咎于杰斐逊·戴维斯而不是他自己的形势，其结果都刺激了北部的公众情绪。对萨姆特要塞的袭击在北部人的意识中使废奴主义者和许多共和党人长期坚持认为的自由社会与奴隶社会的直接对立具体化了。最后，北部将在围绕发动战争的问题上出现严重分歧。但是，在最初的几周，时人对舆论的几乎一致感到震惊。

斯蒂芬·道格拉斯火速赶往白宫，表示他对联邦政府的支持，然后到伊利诺伊州，在那里——距他英年早逝仅几周的时间——他向州议会发表演说，要求专心一意地忠于联邦。在伊利诺伊州的昆西市，由民主党人和共和党人发起的公众集会全体一致地采纳了布朗宁起草的决议，誓言“坚决支持”林肯政府努力“镇压叛乱、保存联邦、惩罚叛国等等”。在费城，西德尼·乔治·费希尔在日记中写道：“街道上到处都飘扬着国旗，从窗户、宾馆和商店上伸出来。……任何人敢于公开表达支持脱离联邦的情绪都必须冒生命的危险。”“十天前，我们的人民中间存在着严重的意见分歧”，曾在1840年代担任辉格党国会议员的伊莱亚斯·霍尔姆斯从上纽约州报道说。“今天他们是一个整体了。……全国潜藏的爱国主义火花被点燃了。”