在郑成功收复台湾短短几个月里，他开始着力经营台湾的大业。他鼓励屯田，劝课农桑，在屯田政策仅实行数月后，台湾就出现了“田筹日盛，不让大陆”的繁华局面。

郑成功制定了不同于传统中国文化理念的发展思路：以商为本，台湾工商业日渐繁荣。使台湾这个曾经蛮荒的孤岛终成沃野千里的家园。

台湾以其丰富的物产，强大的生产能力，取代之前的福建，成为整个东亚海上贸易网的核心，郑家商船队更是北至日本，南抵印度洋。

经过他和后人的苦心经营，郑家终于拥有了一支更加强大的水师。这支水师的规模、火力都远远强于之前中国本土的任何一支海上力量。

郑成功采取了开明的民族政策，废除荷兰统治时期所制定的残暴法令，严禁部下侵扰少数民族，尊重各民族生活习惯。

严禁擅自侵夺少数民族的财产土地，并鼓励汉族与少数民族杂居互通。从此民族关系重归融洽。

这是郑成功一生里最繁忙的一段时期，他每日奔走在台湾各地，劝课农桑、督促生产，并整顿吏治，严查贪墨害民的劣迹。

为了经营好台湾，他日夜操劳，殚精竭虑。能干的活，能受的累，收复台湾后的郑成功全受了，日夜的操劳让他的身体超负荷运转。但就是这段时期不幸的打击接踵而至，都重创着他的身体。

就在郑成功收复台湾的这些日子里，他却又遭到了人生里另一个沉重打击：被软禁在北京多年的父亲郑芝龙及其一家十一口，被康熙帝以“图谋不轨”为名杀害。

为了劝降郑成功，清朝开始时对郑芝龙一家还是很优待的，但随着郑成功抗清态度越来越坚决，郑芝龙的利用价值也就越来越小。等到郑成功收复台湾后后，清朝终于明白，郑成功是不会投降的。

于是，郑芝龙彻底失去了利用价值，清朝就罗织罪名将其杀死。消息传到台湾后，郑成功悲痛万分。在多个不眠之夜里，他独自一人站在海边，望着北方的茫茫大海痛哭失声。

就在郑成功得知父亲被杀害后不久，他的“君父”也横遭劫难。南明永历十七年（1662年）三月，南明最后一位皇帝永历帝朱由榔在败逃缅甸后被吴三桂捕获，被吴三桂用弓弦勒死在云南。

持续近二十年的抗清风暴，此时已然尘埃落定，改朝换代的大幕就此落下。

永历帝的被害，是郑成功在短短几个月里遭到的第二场打击。得知消息的他当场呕血，数次痛哭失声，郑成功悲痛万分。

他一生忠君报国，而今“君”已蒙难，却还能忠谁？郑成功不再意气风发，身体健康每况愈下。

即便这样，郑家仍然沿用南明永历帝年号，做大明的孤忠之臣。

之后又一件事情的发生成了压垮他的最后一根稻草。他人生里又一场决裂到来了。这次是他的儿子郑经。

由于，当年是父母包办婚姻，郑经和原配夫人并没有什么感情，在郑成功远在台湾的时候，郑经喜欢上了自己弟弟的乳母并与她通婚，生下了一个儿子。

按照传统的封建伦理道德说，这属于“乱伦”大罪。但留守厦门的郑成功夫人董酉姑从旁遮掩，谎称这孩子是郑经的小妾生的，并派人给郑成功报喜。

这样，一件原本是见不得人的丑事，报到了郑成功那里，就成了一件大喜事。郑成功自然喜出望外，立刻派人给夫人董酉姑和儿子郑经送彩币，热热闹闹地庆贺了一番。

世上没有不透风的墙，郑经的岳父唐显悦愤然给郑成功写了一封信，不但详细叙述了郑经私通弟弟乳母乱伦败德的经过，还挖苦了郑成功。

郑成功本就是个脾气火爆的人，又撞上这样的丑事，再被亲家公这番羞辱，愤怒异常，命令厦门的部将把那个乳母和孩子、儿子郑经、发妻董酉姑处死。

郑成功的命令直接下给驻厦门守将黄廷、洪政、王秀奇等人，这几人都是郑成功的亲信，对郑成功的脾气心知肚明。

但即使这样，郑成功命令下来时，众人还是给惊住了，心想：说不定哪一天后悔了，难保将来不会迁怒于我们。

所以对郑成功的命令，几个人来回推三阻四，于是，郑成功又叫来族兄郑泰，让郑泰去杀人。但郑泰暗中和黄廷等人暗中商定，一旦郑成功苦苦相逼，就干脆造反。

而闯下大祸的郑经，在众人的拥立之下，也老老实实地窝在厦门静待时机。郑成功考虑到正是经营台湾的关键时期，后方不能起火，也就忍下了这口气，收回了处死郑经的命令。

对于郑成功来说，儿子的背叛更令他心痛。痛苦万分的郑成功偏偏又感染了风寒。

就在他养病时候，又传来了一个坏消息：当年从他这里叛逃的黄梧，竟然带人掘了他家的祖坟，这件事情将郑成功气得几乎昏厥，发誓有朝一日一定要挖黄梧的祖坟，为郑家报仇。在连番打击之下，郑成功终于支撑不住了。

南明永历十七年（1662年）五月八日那天，郑成功将十几年没穿过的冠带儒服，端端正正地穿在身上，然后恭恭敬敬地捧出明朝开国皇帝撰写的《太祖训》，供在香案上庄重行礼。

然后，坐在床上一边饮酒一边翻读，时而朗声大笑，时而高声呼喝，时而泪流满面。

郑成功再次昏阙，经过抢救苏醒后，他自知病入膏肓，拒绝吃药，长叹一声，道出一个孤忠臣子人生最后的呐喊：

“自国家飘零以来，枕戈泣血，十有七年，进退无据，罪案日增，今又屏迹避荒，遽捐人世，忠孝两亏，死不瞑目，天乎天乎！何使孤臣至于此极也。”

民族英雄郑成功病逝于台湾。