藤野先生是一个天性善良的人。
他出生于医学世家，小时候跟随福井藩校毕业的野坂先生学习过汉文，极其仰慕中华文化。长大后就读于日本爱知医学校 ( 现名古屋大学 ) ，毕业后分配到仙台医科专校任教。
鲁迅先生是仙台医科专校的第一位外国留学生，同时也是仙台医科专校唯一的中国留学生。
因为鲁迅先生的中国人身份，藤野先生对他另眼相看，他后来说：“我学习过汉文，我很尊敬中国人的先贤，同时也感到要爱惜来自这个国家的人们。这大概就是我让周君感到特别亲切、特别感激的缘故吧。”
鲁迅先生是 1904 年 9 月入的学， 1906 年 7 月就离开了仙台。
藤野先生和鲁迅相处的时间不足两年，却给予了鲁迅莫大的关怀和帮助，让鲁迅心存感激，铭记永远。
鲁迅先生在仙台看到播放时政新闻的电影，震惊于影片中观看杀人的中国人的麻木不仁，深感到医治肉体不如医治灵魂。
于是，他有了弃医之想，专门到藤野先生家话别。
藤野先生依依不舍，一再嘱咐要别后经常联系，并送给了鲁迅一张照片，背面写有：“惜别藤野谨呈周君。”
但鲁迅先生这一走，竟成永别，而且没写过一封信，没寄过一张照片。
渐渐地，藤野先生心中就没有了鲁迅先生这个人的影子了。
实际上，鲁迅离开仙台医专后没多久，即 1911 年，日本东北帝国大学成立，仙台医专被并入其中，藤野先生因为文凭不达到要求，被迫离开了教学岗位，为生活所奔波劳累。
藤野先生先是到东京的一家慈善医院担任实习医生，后因妻子去世，便回到了家乡福井县的芦原町乡下，开办了一家自己的耳鼻喉诊所，成了一名乡村医生。
1936 年 10 月，鲁迅先生逝世，《鲁迅文集》被翻译到了日本。
藤野先生的侄子藤野恒三郎无意中看到了《藤野先生》一文，心里直犯嘀咕，想：这个藤野先生是不是就是叔叔藤野严九郎呢？
他拿着书找叔叔求证。
藤野先生读了文章，大脑的阀门一下子打开，尘封多年的记忆，犹如潮水一般涌了出来，他激动不已，喃喃自语道：“这就是周君吗？真有出息了！”
这时，距离当年两人话别的时间已经过去 30 年！
知道了鲁迅先生已经故去，藤野先生有些悲伤地对侄子说：“如果我能早些和周君联系上的话，周君会该有多么欢喜啊。”
1937 年，日本发动全面侵华战争，藤野先生非常愤怒，认为中国是传授文化给日本的“先生”，日本不应该发动这种“愚蠢”的战争。
但是，藤野先生只是一个默默无闻的乡村医生，他只能表达自己的愤怒罢了，有谁能听得进呢？
甚至，他的长子藤野恒伲自日本东北帝国大学毕业后，还被分配到军队，成了一名军医，去了中国。
战争结束那一年，即 1945 年元旦，藤野恒伲在前线暴病身亡； 8 月，藤野先生也患病身亡，享年 71 岁。
藤野先生去世之后的第 4 天，日本宣布投降。
随着鲁迅先生的影响力不断扩大，日本政府渐渐注意到了藤野先生，于 1964 年 4 月，在其故乡建造藤野严九郎碑，碑上镌刻着《藤野先生》中提到的他所赠给鲁迅的照片及背面的“惜别”二字。碑上“藤野严九郎碑”六个字，为许广平所书。
后来，东北帝国大学设置了藤野先生纪念奖章，用以奖励优秀的中国留学生。
藤野先生的故乡芦原町与鲁迅的故乡绍兴市，也结为了友好城市。
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