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免疫器官包括中枢免疫器官、外周免疫器官和组织。中枢免疫器官包括骨髓和胸腺，是免疫细胞发生、分化、发育和成熟的场所。外周免疫器官包括淋巴结、脾脏和黏膜相关淋巴组织，是淋巴细胞对外来抗原产生免疫应答的场所。
淋巴结（lymph node）是结构最完备的外周免疫器官，广泛分布于全身非黏膜部位的淋巴通道汇集处。淋巴结实质分为皮质区和髓质区两个部分。
皮质分为浅皮质区和深皮质区。靠近被膜下为浅皮质区，是B细胞定居的场所。在该区内大量B细胞聚集成初级淋巴滤泡或称淋巴小结。初级淋巴滤泡主要含未受抗原刺激的初始B细胞，无生发中心。受抗原刺激后，淋巴滤泡内出现生发中心（germinal center,GC）称为次级淋巴滤泡。含有大量增殖分化的B淋巴母细胞，后者可向内转移至淋巴结中心部髓质的髓索，分化为浆细胞并产生抗体。
浅皮质区与髓质之间的深皮质区又称副皮质区，是T细胞定居的场所。副皮质区含有自组织迁移来的树突状细胞，是专职的抗原呈递细胞。
髓质由髓索和髓窦组成。髓索由致密聚集的淋巴细胞组成，主要为B细胞和浆细胞。也含部分T细胞及巨噬细胞。髓窦内富含巨噬细胞，有较强的捕捉、清除病原体的作用。
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